В конце октября 1740 года Бирон и Ушаков устроили принцу Антону Ульриху форменный допрос, предъявив ему показания некоторых арестованных сторонников.
Вот некоторые подробности. Принц Антон Ульрих был очень недоволен завещанием Анны, ведь ему хотелось переменить постановление о регентстве, но недоставало смелости и умения воспользоваться минутой. Он обращался за советом к Остерману, Кейзерлингу, но те сдерживали его. В то же время происходило брожение в гвардии, направленное против герцога Бирона. Заговор был открыт. И отчаянные головы, главари движения кабинет-секретарь Яковлев, офицер Пустошкин и другие были наказаны кнутом, а принц Антон Ульрих, который тоже оказался скомпрометированным, был приглашен в чрезвычайное собрание кабинет- министров, сенаторов и генералитета. Здесь 23 октября, в тот самый день, когда был дан указ о ежегодной выдаче родителям юного императора 200 тысяч рублей, «ему было строго внушено, что при малейшей попытке его к ниспровержению установленного строя с ним поступят, как со всяким другим подданным императора». Вслед за этим униженного принца заставили подписать просьбу об увольнении от занимаемых им должностей: подполковника Семеновского и полковника Кирасирского Брауншвейгского полков, и он был совершенно устранен от дел правления.
Конечно, эта поучительная история подзабыта. Однако заметим, что это один из немногих случаев, когда судьба возведения человека на первый пост в Русском государстве происходила при прямом давлении органа тайного сыска и личном участии в этом его руководителя.
И это только Антон Ульрих отделался допросом у Бирона с Ушаковым, по этому же делу в те дни были арестованы и подвергнуты пыткам десятки противников регентства Бирона. На вопросы в ушаковском ведомстве, зачем они призывали выступить против власти Бирона, один из них, Максим Толстой, потомок «первого русского с холодной головой и горячим сердцем», отвечал: «Править должны такие генералы, как мой славный дед, а не такие, как Бирон».
Военный переворот фельдмаршала Б.Х. Миниха свергнет уже в ноябре 1740 года регента Бирона, просидевшего в своем регентстве всего 22 дня. И это никак не повлияло на судьбу Ушакова и его Тайной канцелярии. Он, не задумываясь, быстро перешел на сторону новой власти и вскоре уже лично допрашивал опального Бирона. Теперь у власти прочно и, как казалось, на долгие годы обустраивалась Брауншвейгская семья. Анна Леопольдовна фактически становилась правительницей России при своем малолетнем сыне Иване Антоновиче, отец мальчика-царя Антон Ульрих планировал стать главой российской армии, Бурхард Миних метил в кабинет-министры. В этой же колоде был и известный гений сыска Ушаков — в привычной роли главы спецслужбы. Он, конечно, не забывал, что главного из них, Антона Ульриха, всего месяц назад сам же пугал арестом и дыбой. Сменилась политическая власть в России, а Андрей Иванович Ушаков оставался на службе уже у новой власти. Но случилось так, что вскоре и эту непрочную власть Бра- уншвейгов сметет гвардейский переворот.
Следуя политической конъюнктуре, после гвардейского переворота 1741 года Ушаков немедленно присягнул новой императрице Елизавете Петровне, с чьими «заговорами» и тайными сторонниками так долго боролся при Анне Иоанновне. При этом он же вел следствие против «немецкого заговора» вчерашних аннинских ставленников и ближайшего окружения Брауншвейгов.
Андрей Иванович допрашивал уже арестованного вчерашнего союзника Б.Х. Миниха. В подвалах Тайной канцелярии теперь давали показания Ушакову арестованные деятели «немецкой партии» Бирон, Левенвольде, Остерман, Миних, Менгден и другие, с кем Ушаков еще год назад громил оппозиционную партию Волынского. Из этого списка преступников лишь один фельдмаршал Миних держался гордо и достойно, но данных о том, что его пытали, не встречается в документах.
Этих деятелей 1730-х годов также приговорили к смерти, но короновавшаяся новая императрица Елизавета, славная дочь Петра, проявила снисхождение к опальным «немцам», выслав их в ссылку. По разным углам империи вчерашних фаворитов развозила та же канцелярия Ушакова, которая несколько лет так рьяно служила их могуществу при царице Анне. К возку, увозившему вчерашнего союзника Бирона в далекий Пелым, генерал-майор Ушаков вышел лично с инструкциями бдительного надзора за ссыльным. Теперь же Ушаков, как несгибаемый при любых политических катаклизмах и режимах оловянный солдатик, готов был вместе со своей Тайной канцелярией служить делу политической безопасности при императрице Елизавете Петровне.