Параллельно шла война и на Балтийском море. Король Швеции Густав III, воспользовавшись тем, что главные силы русской армии ушли на юг, начал войну на море и суше летом 1788 года, чтобы вернуть земли, потерянные в предыдущих войнах с Россией. Однако наступление из пределов Финляндии на Санкт-Петербург не удалось, а шведский флот потерпел поражение в сражении при Гогланде против русской эскадры адмирала С. К. Грейга и был блокирован до зимы в Свеаборге. В 1789 году русская эскадра В. Я. Чичагова после Эландского сражения заставила шведский флот укрыться до конца кампании в Карлскроне, а гребной флот К.-Г. Нассау-Зигена нанес поражение шведскому армейскому (гребному) флоту при Роченсальме. В 1790 году эскадра В. Я. Чичагова отбила атаку превосходящего противника на рейд Ревеля (Таллина), затем А. И. Круз с кронштадтской эскадрой отразил попытку шведов приблизиться к Кронштадту. Соединенные русские силы под флагом Чичагова на месяц заблокировали неприятельские корабельный и гребной флоты в Выборгском заливе, при этом особенно отличился И. А. Повалишин. Корабли вырвались из плена с большими потерями. Не уничтожив шведский гребной флот при Выборге, Нассау-Зиген потерпел от него поражение во втором Роченсальмском сражении. Тем не менее война на севере завершилась успехом, что способствовало заключению мира с султаном.
Победы на севере и юге настолько упрочили положение России на морских театрах, что Екатерина II, пользуясь революцией во Франции, постоянном политическом противнике Российской империи, приняла участие в разделе Польши, чем укрепила западную границу. Так как развитие революционного движения начинало угрожать спокойствию Европы, Императрица оказала поддержку французским роялистам, но участие в антифранцузской коалиции ограничила действием эскадр у французских берегов совместно с английским флотом.
Анализируя эпоху Екатерины II, приходишь к выводу, что флот для Императрицы стал не менее (если не более) важным, чем армия, инструментом внешней политики. Господство на Черном, Балтийском и Средиземном морях, а временами и в отдельных пунктах Атлантического океана (окрестности Лисабона, мыс Норд-Кап) обеспечивало стране такие позиции в международных отношениях, которые могли служить основательным фундаментом российской дипломатии.
Павел I, вступив на престол, сохранил за собой чин генерал-адмирала и в качестве главнокомандующего флотом даже пытался руководить учениями в 1797 году. После этих учений в отставку ушли В. Я. Чичагов и И. А. Повалишин, оскорбленные тем, что им давал указания молодой любимец Императора Г. Г. Кушелев. Первоначально венценосный флагман, чтобы сократить расходы, отозвал из-за границы все русские эскадры. Однако политика буржуазной Французской республики заставила Императора активно поддержать антифранцузскую коалицию, направив войска в Европу, а эскадры — на Средиземное и Северное моря. Эскадра Ф. Ф. Ушакова в 1799 году овладела Ионическими островами, в том числе сильной крепостью Корфу, способствовала освобождению от французских войск государств, находившихся на территории современной Италии. На севере русские эскадры обеспечили перевозку десанта в Голландию (1799) и блокировали вместе с англичанами берега Франции. В этих плаваниях начинал свою морскую карьеру A. C. Грейг. Все прекратилось в 1800 году, когда Павел I, возмущенный вероломством союзников, отозвал армии и эскадры. Он готовился к войне на стороне Наполеона, но был убит заговорщиками.
Для Александра I основной силой служила армия, на переоснащение которой преимущественно и шли средства. Тем не менее, благодаря усилиям П. В. Чичагова, возглавлявшего Министерство морских сил России, были введены усовершенствования как в кораблестроение, так и в организацию морской службы. В начале XIX века было организовано первое кругосветное плавание, за ним последовали другие дальние походы русских судов. Эти плавания прерывали войны то с Турцией, то с Англией и Швецией, то с Наполеоном. В этих войнах A. C. Грейг участвовал как моряк и дипломат. Лучшая часть флота была направлена под командованием Д. Н. Сенявина на Средиземное море, где Грейг командовал эскадрой. Силы, оставшиеся на Балтике, оказались слишком слабы для господства и были нейтрализованы англо-шведским флотом. Черноморский флот не получил при этом достаточного развития. После разгрома Наполеона Император старался избегать войн. Для флота дела не находилось, он постепенно приходил в упадок.
Николай I считал флот средством, которое, наряду с армией, придавало ему авторитет в мире и позволяло выполнять взятую на себя роль руководителя мировой державы. В результате к середине столетия даже в мирное время Россия имела чуть ли не крупнейшие флоты на Балтике и Черном море, хотя, в отличие от других великих морских держав, не располагала большим торговым флотом как резервом моряков и судов военного времени. Победа при Наварине показала боеспособность русского флота. Здесь, в Наваринском сражении боевое крещение получил П. С. Нахимов. Еще большее значение для развития флота имела русско-турецкая война 1828–1829 годов, в ходе которой Черноморский флот, воссозданный усилиями адмирала A. C. Грейга, под его командованием овладел рядом турецких крепостей. За взятие Варны Грейг получил орден Святого Георгия II степени.