Однако сам исследователь оказался в тупике не столько концептуального, сколько методологического плана: в своих работах он едва ли сумел преодолеть структурный метод анализа, в том числе сквозь призму институционного развития. Создавая впечатляющую панораму XVI в., X. Шиллинг вынужден был во многом следовать классической методике структуралистов. Тем не менее большинство молодых немецких историков вышедших из семинаров Э. В. Цеедена (П. Мюнх, X. Клютинг), в основном поддержало концепцию X. Шиллинга.
Возражения последовали преимущественно из рядов историков-социологов. Винфрид Шульце скептически отнесся к желанию X. Шиллинга интерпретировать социальную жизнь через связующий компонент конфессий, что в конце концов превращает любые формы развития лишь в то или иное отражение богословских идей, без внимания к собственно социальным мотивам. Более продуктивным, считает В. Шульце, был бы анализ в первую очередь самого общества, внутри которого растворялась конфессия. Таким образом, методологическая схема — от церковной истории к всеобщей истории общества заменялась бы иной — от всеобщей истории общества к его религиозному составляющему.
Нельзя, впрочем, утверждать, что разногласия носят принципиальный характер. И у X. Шиллинга, и у его оппонентов мы видим желание всесторонне исследовать «всеобщую историю», на пути которого стоят и поныне во многом еще не разрешенные методологические препоны.
В любом случае, однако, невозможно не видеть широкого социально-исторического охвата, восторжествовавшего за последние годы в работах многих историков. В центре внимания оказалось и само сословное общество (проблемы города в работах Б. Меллера, крестьянства в исследованиях П. Бликле, дворянства у Ф. Пресса), и социально-политическая структура Старой Империи (император, рейхстаг и правительственные институты в работах Ф. Пресса и К. О. Аретина). При всех различиях постепенно стали заметны новые контуры, казалось бы, старых, хорошо исследованных процессов. Прежде всего наметилась переоценка политических структур старой Империи в конфессиональное столетие. Историками были выявлены ресурсы стабильности императорской власти, не позволившие Габсбургам окончательно утратить лидирующие позиции на форуме имперских князей и в годы Реформации, и после Аугсбургского мира, и — что особенно важно — после окончания Тридцатилетней войны. Имперские властные учреждения, авторитет самого императора, возможности традиционных рычагов управления позволили преодолеть острые кризисные моменты в конфессиональное столетие. Империя избежала крайности децентрализации, распада на территориально-государственные составные.
Под пером историков в новом свете выступают и отдельные общественные группы. Ф. Пресс и его ученики весьма последовательно проводили мысль о руководящей и стабилизирующей силе высшего имперского дворянства. Несмотря на религиозный раскол, конкуренцию со стороны бюргерства и экономические трудности, имперское дворянство сохранило доминирующие позиции в социальной жизни общества, оставалось главным гарантом незыблемости социального порядка, ценностей сословного общества. Конфессиональная эпоха, по мнению этих исследователей, не только не расстроила, но, напротив, укрепила ведущую роль дворянства в общественной жизни.
Переворот во взгляде на характер эпохи повлек изменения и в ее хронологии. Собственно уже в середине XX в. историки церкви, главным образом католические, пытались подвергнуть ревизии старое, унаследованное от Л. Ранке, трехчастное деление. Йозеф Лорц, один из крупнейших знатоков католицизма, предложил более усложненную схему, по меньшей мере для постреформационного (постаугсбургского) периода. С его точки зрения, невозможно отрицать самостоятельное внутрицерковное движение к обновлению, созревшее задолго до Реформации и лишь усиленное выступлением Лютера. Й. Лорц не ставил под сомнение наличие собственно «контрреформационного» движения в европейских странах, формировавшего особую фазу прямого военно-политического противостояния протестантизму. Но он видел и параллельное развитие самой католической Реформы, важнейшим актом которой стал Тридентский собор. Й. Лорц расчленил полувековой промежуток после Аугсбургского мира на два параллельных потока: политическую Контрреформацию и организационную Реформу самой Церкви. Тезис Й. Лорца в 1950-е гг. был подхвачен и окончательно обоснован Хубертом Йедином. автором многотомного исследования по истории Тридентского собора. С этого момента в католической историографии стали все более осторожно, с более или менее обширными комментариями употреблять термин «Контрреформация». Более частым заменителем выступили иные определения: католическая Реформа, католический ренессанс, католическое обновление. Смысл терминологической ревизии очевиден: политический окрас все более тускнеет под воздействием всестороннего анализа состояния Церкви и общества, когда собственно борьба с протестантизмом шла в тесной связи с внутренней Реформой Церкви и сложными процессами общественного развития.