После оккупации Франции немцы получили в свое распоряжение Бискайскую военно-морскую базу и возможность судам снабжения проникать в центральную Атлантику. К концу 1940 г. область операций подводных лодок была расширена на центральные и южные районы Атлантики у африканского побережья. 11 декабря 1940 г. U 65 серии IX В стала первой немецкой подлодкой, которая во время войны впервые пересекла экватор, держа курс на юг. Однако медленно растущий выпуск подлодок вынудил немецкое командование использовать подлодки IX серии в групповых соединениях (в так называемых волчьих стаях) против вражеских конвоев в Северном канале и в восточной Атлантике. После вступления в войну Италии в июне 1940 г., а позже после оккупации Греции, захваченные военно-морские базы сделали возможным боевое применение подлодок VII серии в Средиземном море и позволили убрать из этого района боевых действий подлодки IX серии. Хотя они создавались именно для этого района боевых действий. К тому же средние подлодки VII серии лучше соответствовали условиям этого сравнительно ограниченного района боевых действий.
U 172 с модернизированной рубкой II-го типа в центральной Атлантике во время заправки топливом из подлодки U 847, едва заметной сзади, 24 августа 1943 г. Спустя 3 дня U 847 была потоплена. Из-за большой угрозы воздушных атак было усилено наблюдение. Лодка помимо двух 2-см зенитных автоматов была вооружена двумя дополнительными зенитными спаренными пулемётами MG 81Z. Шахта штыревой антенны перестроена в верхней части для установки выдвижной вращающей антенны локатора FuMO 30.
В каждом случае указана первая подлодка верфи с новым вооружением.
| Дешимаг | верфь Везер | Дешимаг, верфь Зеебек | «Дойче Верфт», Гамбург |
| Рубка I типа | U 193 | ||
| Рубка II типа | U 194 | U 80I(U 170?) | U 538-544 |
| Рубка IV типа (2x2 -см С38,1х2-см счетверённый) | U 865 | ||
| Рубки IV типа (2x2 -см C38II ,1х2-см счетверённый) | U 804 | U 1225 | |
| Рубка IV типа (2x2 -см C38II ,1x3,7-см М42) | U 877 | U 806 | U 1232(1231?) |
| С ограждением для 3,7-см M42 | V 877 | V 806 | U1234? |
| Без 3,7-см SK С/30 | U 843 | U 802 | U540-545 |
| Без опорной плиты 3,7-см SK С/30 | V 857 | U 803? | U 1221-1224 |
| Без 10,5-см SKC/36 | U 867 | и 805(804?) | U 1225-1228 |
| Без опорной плиты 10,5-см SK С/36 | U 1231(1230?) |
С началом операций в районе североамериканского восточного побережья в январе 1942 г. и последовавшего расширения районов боевых действий на Карибское море и северо-восточное побережье Южной Америки была рассмотрена возможность использовать подлодки IX серии в качестве подводных танкеров. Эти «дойные коровы» создавались для дозаправки субмарин в открытом море. После выхода в море в боевой поход первой подлодки U 66 серии IXС 13 мая 1941 г., лодки типа С отныне стали основной продукцией IX серии .
Возобновление регулярных конвойных операций в Северной Атлантике в июле 1942 г. привело к широкому боевому использованию соединений новых подлодок типа С в этом районе. С октября 1942 г. подлодки серии IXС появились в районе Капстадта (ныне Кейптаун – ЮАР, район мыса Доброй Надежды), где ещё из- за слабого противодействия можно было получить хорошие боевые результаты. С января 1943 г. немецкое командование увеличило также присутствие подлодок серии IXС в центральной Атлантике против конвоев идущих на восток из США с важными военными грузами для североафриканского ТВД. Активизация борьбы против конвоев следующих в Англию заставила вновь отправить на их поиски подлодки IX серии из французских гаваней в Северную Атлантику. Однако уже к середине мая 1943 г. оказалось, что наибольшие потери в процентном соотношении несут подлодки серии VIIС, возникла реальная опасность потерять и другие подлодки. Па основании этого командование тотчас же вывело из района Северной Атлантики все подлодки IX серии, как более важные для океанских операций. Основной причиной возросших потерь стали неповоротливость и недостаточная устойчивость подлодок IX серии во время атак глубинными бомбами. Другой причиной этих неудач оказалось слишком большое время погружения после
получения сигнала тревоги, что делало лодку уязвимой во время воздушных атак. Гак же оказалось, что в Северной Атлантике чаще всего пустые хранилища запасных торпед, устроенные под верхней палубой, из-за недостаточной прочности при срочном погружении или при близком разрыве глубинных бомб частично разрушались вовнутрь. При этом резкое увеличение веса носовой части вследствие прибывающей забортной воды вызывало внезапное погружение, что часто заканчивалось гибелью лодки.
После катастрофических неудач в мае 1943 г. на коммуникациях в Северной Атлантике немецкое командование направило в конце июня того же года подлодки IX серии в Индийский океан. Ставка делалась на то, что в этом в районе со слабой противолодочной обороной подлодки кригемарине будут действовать в большей безопасности. Хотя попасть в этот район боевых действий было нелегко, требовалась по меньшей мере одна дозаправка.
Две незаконченных подлодки U1237 (спереди) и U1238 (позади) серии IXС/40 после окончания войны ни верфи «Дойче Верфт» в Гамбурге. Ясно видны 200-мм широкие шпигаты в верхней половине палубы.
Сдача кригсмарине подлодки U 869 26 января 1944 г. на верфи Везер в Бремене. Как предпоследняя лодка, построенная на этой верфи, она получила на вооружение устаревшую 2-см счетверённую зенитную установку 38/42U, которую из-за слишком малой дальнобойности заменил с октября 1943 г. 3,7-см зенитный полуавтомат Flak М42. Из-за недостаточного числа готовых новых зенитных установок перевооружение значительно задержалось до весны 1944 г. И середине нижнего уступа рубки («зимнего сада») сбоку видны 2 ёмкости для дежурных боеприпасов. К 1944 г. нормальное снаряжение боеприпасами новых подлодок серии IIС составляло 31)50 снарядов калибра 3,7 см и 10750 снарядов калибра 2 см.
2-см счетверённая зенитная установка подлодки U 869. Она снабжена складными металлическим щитами толщиной 15 мм не только для защиты расчёта от вражеского огня, но и от ударов волн. Их сильные удары часто даже вырывали из палубы лафеты. Из-за высокой скорострельности экипажи вражеских самолетов боялись огня зенитных автоматов.