Войны между Россией и Турцией к тому времени велись уже более ста лет. К 1788 году Россия добилась значительных успехов — под ее власть перешел Крым, под ее покровительством оказалась Грузия, ее корабли вышли на просторы Черного моря. Военные успехи России подкреплялись успехами экономическими — на присоединенных землях, названных Новороссией, строились порты и крепости, города и села, распахивались десятки тысяч десятин земли, основывались мануфактуры и фабрики. Наместником новых территорий стал фаворит императрицы Григорий Александрович Потемкин, получивший после присоединения Крыма титул светлейшего князя с добавлением «Таврический». Под его началом и предстояло теперь служить Барклаю-де-Толли.
В войнах с Турцией выросла замечательная плеяда русских военачальников и флотоводцев. Азовскими походами начал свою полководческую деятельность Петр I. В войнах с Турцией мужало воинское искусство Румянцева и Суворова, в битвах против турецкого флота стяжали свою славу Спиридов и Ушаков — прославленные адмиралы России. А теперь наступили «времена Очакова и покоренья Крыма».
Очаков был обложен армией Потемкина с конца июня 1788 года. Старый фельдмаршал Румянцев, обиженный назначением Потемкина на свое место, называл действия фаворита под стенами крепости «осадой Трои». Только 6 декабря, в сильные морозы, начался общий штурм крепости. Одной из штурмовых колонн, наносившей удар непосредственно по крепости, командовал принц Ангальт. Его солдаты выбили турок из ретраншемента — вспомогательного полевого укрепления, а затем прижали противника к стенам Очакова. После упорного и кровопролитного штыкового боя, в котором Барклай был в первых рядах наступавших, солдаты ворвались через Стамбульские ворота в крепость. Ров перед цитаделью глубиною в три сажени был завален трупами почти доверху — таким невероятно упорным оказался накал этого боя. За Очаков Барклай получил свой первый орден — Владимира 4-й степени, штурмовую Очаковскую медаль и первый штаб-офицерский чин — секунд-майора.
Летом 1789 года на театре военных действий наступил решительный перелом: в июле русские войска, объединившиеся под общим командованием Потемкина в одну, Южную армию, медленно двинулись к турецкой крепости Бендеры. На пути к Бендерам и произошли два сражения, коренным образом изменившие общую стратегическую обстановку в войне. 21 июля Суворов, сражавшийся под командованием Потемкина, под городом Фокшаны разбил тридцатитысячный корпус визиря Османа-паши, а 11 сентября наголову разгромил главные силы стотысячной армии Юсуфа-паши. Это сражение, происшедшее неподалеку от Фокшан, на берегу реки Рымник, вошло в историю военного искусства как пример боя, когда внезапность удара и быстрота маневра приносят победу армии, в четыре раза уступающей противнику в численности.
За эту победу генерал-аншеф Суворов был возведен «в графское Российской империи достоинство» с повелением впредь именоваться графом Суворовым-Рымникским.
13 сентября авангард армии, подошедший к местечку Каушаны в 23 верстах от Бендер, решительной атакой выбил турок из укреплений. Отрядом, в котором находился и Барклай, командовал уже знаменитый казачий полковник Матвей Иванович Платов. Его казаки и конные егеря Барклая рассеяли турецкие войска, захватили сто пленных вместе с их командиром Сангалой-пашой, заняли Каушаны и тем создали серьезную угрозу уже осажденным русскими войсками Бендерам. В конце сентября Платов, под командой которого находился секунд-майор Барклай, занял крепость Аккерман. Эта победа была намного значительнее дела у Каушан: 32 знамени и 89 пушек стали трофеями победителей.
Вслед за тем 11 октября без боя сдались Бендеры.
Война между Россией и Турцией привела в движение все антирусские силы. По сложившейся традиции на помощь Турции выступила ее постоянная северная союзница — Швеция. Летом 1788 года шведский король Густав III объявил России войну, и в непосредственной близости от Петербурга начались маневры и боевые действия шведского флота, а в незначительном отдалении от столицы, в юго-восточной Финляндии, появились войска шведов.
Ранней весной 1790 года главнокомандующий русскими войсками граф Н. И. Строганов вызвал Ангальта в действующую армию и поручил ему взять хорошо укрепленную деревню Керникоски, расположенную западнее Выборга. Барклай и на этот раз был рядом со своим начальником. 18 апреля, утром, во время атаки на Керникоски, принц был смертельно ранен — пушечным ядром ему оторвало ногу. Умирая, он передал свою шпагу Барклаю, который с тех пор никогда с нею не расставался.