За успехи в русско-шведской войне 20 марта 1809 года Барклаю было присвоено звание генерала от инфантерии. Одновременно он был назначен главнокомандующим в Финляндии и генерал-губернатором этой новой территории России.
В походе 1809 года проявилась еще одна черта Барклая — гуманное отношение к противнику, особенно к мирным жителям. Когда войска Барклая, перейдя Ботнический залив, вступили на землю Швеции, он издал приказ, в котором были такие слова: «Не запятнать приобретенной славы и оставить в чужом крае память, которую бы чтило потомство». Это были не просто красивые слова. Это был военный приказ, а неукоснительного выполнения своих распоряжений Барклай требовал всегда, ибо его отличала не только гуманность, но и жесткая требовательность, нетерпимость к беспорядку и распущенности. И в отношении к мирным жителям он тоже следовал заветам Суворова: «Обывателя не обижай! Он нас поит и кормит. Солдат — не разбойник».
Барклай-де-Толли — первый русский генерал-губернатор Финляндии и первый председатель Правительствующего совета — заложил добрые традиции уважительного отношения к местным устоям и обычаям, оставив по себе хорошую память и в Финляндии. Однако жизнь требовала от Барклая другого — ему надлежало вступить на новое, неизмеримо более важное и трудное поприще — возглавить военное министерство. Этого требовала обстановка, создававшаяся и в России, и вокруг нее, требовало время, неумолимо приближавшее великие испытания Отечественной войны 1812 года.
Приближалась большая война, и дело обороны страны следовало передать в руки умного и знающего профессионала, а не оставлять в ведении жесткого администратора и педанта Аракчеева. В январе 1810 года император Александр I уволил его с поста военного министра и назначил Барклая. С первого дня своей деятельности новый министр начал энергичную и всестороннюю подготовку армии к большой войне. Прежде всего следовало увеличить численность армии. Барклай исходил из того, что в нашествии на Россию может принять участие около трехсот тысяч солдат противника. Здесь он, конечно, весьма недооценил возможности французов, выставивших чуть ли не в два раза большую армию, которой должно было противопоставить примерно столько же солдат и офицеров, между тем как непрерывные войны привели к резкому сокращению численности русских войск. Следовало также произвести серьезные перемены в структуре армии, противопоставив передовой военной системе Наполеона, основой которой были пехотные и кавалерийские корпуса, не менее надежную, прочную и подвижную организацию войск. Барклай изменил структуру армии, сведя ее всю в дивизии и корпуса, причем каждый корпус состоял из войск трех родов — пехоты, кавалерии и артиллерии и, таким образом, мог решать любую тактическую задачу. Особое внимание он уделил резервам, создав накануне войны резерв из 18 пехотных и кавалерийских дивизий и 4 артиллерийских бригад.
Так как вторжение должно было произойти с запада, соответствующим образом готовился и будущий театр военных действий.
Однако, как только Барклай начал изучать общую дислокацию войск на юге, севере и западе страны, он тут же пришел к нерадостному выводу, что именно на западе, где Россия «должна будет для существования своего вести кровопролитнейшую войну, менее всего приуготовлена к надежной обороне». Нужно было такую оборону создавать. Создавать на тех направлениях, которые в предстоящей войне могли оказаться наиболее вероятными. Такими направлениями Барклаю представлялись Петербургское и Московское. Кроме того, он не исключал и движения противника на Киев.
Исходя из этого, было решено развернуть на западе три армейские группы — Северную, Центральную и Южную.
Самой сильной должна была стать Северная труппа, расположенная между Вильно и Гродно, где вероятнее всего могло произойти вторжение главных французских сил. Второй по численности планировалась Центральная группа, сосредоточенная в районе Белостока и Бреста. И наконец, возле Луцка решено было разместить Южную группу. Все эти группы должны были в случае вторжения помогать друг другу и на первых порах оказывать решительное сопротивление армии вторжения.
В случае продвижения противника в глубь русской территории войскам предстоял отход на заранее подготовленные позиции — к берегам Западной Двины и Днепра. Там должны были быть построены новые крепости и укрепленные районы, а также модернизированы старые фортификации. У Бобруйска, Борисова и Динабурга были построены предмостные укрепления, усовершенствованы старые крепостные сооружения Киева и Риги, построен новый большой военный лагерь у Дриссы. В этих же крепостях сосредоточивались и главные запасы продовольствия и фуража, главным образом мука, крупа и овес. Центральное место в системе занимал Дрисский военный лагерь. Туда должна была отойти Северная армия, а Центральная и Южная (впоследствии они назывались соответственно 1, 2 и 3-й армиями) должны были действовать во фланг наступающей армии Наполеона.