Последняя идея принадлежала Барклаю, как и идея организации более далеких оборонительных центров, расположенных в глубине России, Эти центры он называл «главными базами» и к их числу относил Псков, Кременчуг, Смоленск и Москву. Кроме того, серьезное внимание было уделено вопросам снабжения армии. Склады с продовольствием и фуражом располагались по берегам Днепра, Двины и Березины. В них находились запасы, достаточные для удовлетворения 250-тысячной армии в течение полугода.
Первоначальный вариант Барклай разработал менее чем за два месяца, что еще раз свидетельствует о том, что основные идеи плана отпора сильному врагу были продуманы военным министром заранее.
2 марта 1810 года план был представлен Александру, и, судя по тому, что ранней весной начались работы по строительству фортификационных сооружений в Белоруссии и на Украине, план этот был императором принят.
Пока проводились работы по комплектованию резервных дивизий, уточнению позиций и строительству оборонительных сооружений, сам Барклай упорно работал над важным военно-законодательным документом, в котором излагались новые принципы управления войсками во время войны и устанавливалась более совершенная структура управления армией.
Документ этот как бы подводил итог всей проделанной военным министерством работы и назывался «Учреждение для управления большой действующей армии».
В «Учреждении» главнокомандующий получал всю полноту власти, освободившись от мелочной опеки бюрократических центральных военных органов. Большое значение придавалось Главному штабу армии и впервые вводилась не существовавшая дотоле в русской армии должность начальника штаба, облеченного большими и важными полномочиями.
«Желал бы я, — писал Барклай, — чтобы государь не пожалел издержек на приведение генерального штаба в более цветущее состояние и для пополнения его более способными людьми. Можно найти их в нашей армии в достаточном числе, стоит только дать себе труд поискать их: истинное достоинство не навязывается…»
«Учреждение» доказало свою жизнеспособность, действуя до 1846 года, да и после этого продолжало оставаться основой для других документов, как, впрочем, и иные нововведения Барклая: созданный им военно-ученый комитет, который почти без изменений функционировал до начала XX века, постоянные дипломатические миссии за границей — так называемые «военные агентства», представлявшие за рубежом интересы русской армии. Последнее, хотя и в иной форме и при ином содержании, действует и поныне в виде военных миссий и атташатов.
Существенным вкладом в дело повышения боеспособности войск Барклай считал изменение морального и нравственного климата в армии. Он придерживался той точки зрения, что боевой дух армии тем выше, чем крепче узы товарищества и взаимоуважения между солдатами и офицерами. Вступив в должность Военного министра, Барклай обратил особое внимание на положение в армии солдат. Новый министр понимал, что в крепостническом государстве и армия строится на крепостнических порядках. Шпицрутены и палки, рукоприкладство, издевательства, бессмысленная муштра — таков был «педагогический» арсенал офицеров-крепостников. «Армию, — писал Барклай в одном из своих циркуляров 1810 года, — отличает неумеренность в наказании, изнурение в ученьях сил человеческих и непопечение о сытной пище». Он констатировал, что в строю господствует «закоренелое в войсках наших обыкновение, всю науку, дисциплину и воинский порядок основывать на телесном и жестоком наказании; были даже примеры, — признавался министр, — что офицеры обращались с солдатами бесчеловечно, не полагая в них ни чувства, ни рассудка. Хотя с давнего времени мало-помалу такое зверское обхождение переменилось, но и поныне еще часто за малые ошибки весьма строго наказывают».