1 июля 1941 года, на следующий день после занятия Львова германскими войсками, он обратился к пастве с приветственным посланием по этому поводу.
В июле того же года А. Шептицкий встретился с руководителем ОУН (Организация украинских националистов) С. Бандерой и как глава церкви дал согласие на борьбу бандеровцев с большевиками.
Вместе с тем, следует отметить, что приписываемые А. Шептицкому высказывания с призывами о сотрудничестве с немецкими оккупационными властями противоречивы.
14 января 1942 года Шептицкий во главе группы националистических руководителей подписал письмо Гитлеру:
«Мы заверяем Вас, Ваше превосходительство, что руководящие круги на Украине стремятся к самому тесному сотрудничеству с Германией, чтобы объединёнными силами немецкого и украинского народа… претворить в жизнь новый порядок на Украине и во всей Восточной Европе».
Митрополит Андрей помогал гитлеровцам вывозить украинскую молодёжь на принудительные работы в Германию, опубликовав обращение по этому поводу. «Пребывание на чужбине в чём-то принесет вам пользу и выгоду.
«Научитесь чужому языку, узнаете мир и людей, наберетесь житейского опыта, получите много знаний, которые могут пригодиться вам в жизни».
Хотя нацисты в то время не отличали евреев от большевиков, Шептицкий выступал против уничтожения евреев и межнациональной розни.
Он сам участвовал в спасении более сотни еврейских детей и нескольких семей еврейских раввинов, распорядившись укрывать их в своей резиденции, монастырях и церквях епархии, в том числе раввина Львова Давид Кахане, которого прятали в Соборе святого Юра.
Активную помощь также оказывали крестьяне окрестных сел, предоставлявшие продукты питания, а также монахи и монашки, которые обеспечивали убежище раввинам и их семьям.
В конце лета 1942 года Шептицкий организовал кампанию спасения евреев.
Это, по большей части, были люди, бежавшие из гетто или из Янивского лагеря.
14 августа 1944 года 2000 еврейских детей были тайно вывезены в разные монастыри.
Их прятали в криптах, в монастырских школах, детских приютах Львова и окрестностей, им были выданы фальшивые удостоверения о крещении. Шептицкий организовал подпольные группы людей, которые помогали прятать евреев.
Были разработаны специальные маршруты, которыми тайно переправляли евреев в Венгрию, где было более безопасно.
В спасении евреев А. Шептицкому также оказывала значительную помощь сестра монастыря св. Иосифа Елена Витер.
Вместе с Климентием Шептицким они помогли спрятать 53 человека на обувной фабрике и в монастыре монахов-студитов.
В 1946 году, в период ликвидации большевиками УГКЦ, сестра Елена Витер была арестована за участие в ОУН и осуждена в общей сумме к 30 годам лишения свободы. Брат Климентий был арестован в 1947 году, осуждён к 8 годам лишения свободы, умер во Владимирской тюрьме.
В январе 1942 года Шептицкий вместе с другими общественно-политическими деятелями Украины направил А. Гитлеру письмо-протест против немецкой политики на Востоке.
А. Шептицкий был единственным представителем церкви в Европе, кто обратился с письмом к Папе Римскому и лично к Гиммлеру, протестуя против геноцида евреев.
В 1943 году руководимое Шептицким униатское духовенство помогало оккупантам в создании 14-й гренадерской дивизии СС «Галичина», в составе которой воевали, главным образом, униаты из Западной Украины, в том числе семинаристы.
Подразделение было снабжено греко-католическими капелланами, причём униатское духовенство агитировало галичан за вступление в дивизию.
Ещё в начале 1944 г. Шептицкий предписал своим клирикам передавать немецким властям церковные колокола с целью их последующей переплавки для нужд фронта.
В своей полемике с инициатором создания дивизии бургомистром Львова В. Кубийовичем, призывал его обдумать политическую целесообразность и моральную ответственность таких шагов.
Отношения с советской властью после освобождения Западной Украины.
В 1944 году, сразу после входа во Львов Советской армии, Шептицкий отправил Сталину поздравительное послание.
В послании глава галицких греко-католиков именовал советского лидера «Верховным вождем» и «Правителем СССР, главнокомандующим и великим маршалом непобедимой Красной Армии».
7 сентября 1944 г. Шептицкий выступил на праздничной (впервые после освобождения Львова) сессии собора с речью, в которой высказался о коммунизме как доктрине с широкими мировыми тенденциями, осудил бандеровщину и призвал духовенство к деятельному сотрудничеству с советской властью. Шептицкий успел подготовить и воззвание к ОУН-УПА с призывом сложить оружие и выйти из леса.
В Москву была выслана делегация, которая посетила московскую патриархию, Верховный Совет СССР и НКВД.
В беседе с уполномоченным Совета по делам религиозных культов при СНК УССР С.Даниленко-Кариным Шептицкий говорил: