Однако оставаться там тоже было нельзя т. к. над кораблями летали вражеские разведчики. В 18.00 при помощи спасательного судна «Максим Горький» начал разворачиваться для выхода из пролива, через 12 мин он отдал буксир и пошел самостоятельно. Крейсер шел не по фарватеру, а вблизи берега по малым глубинам, имея под килем не более 1,5 м воды.
25 июня в 1.50 отряд прибыл на Таллинский рейд. Три буксира повели крейсер в Купеческую гавань, и он ошвартовался у Северного мола.
После тщательного обследования повреждений офицеры техотдела флота подтвердили, что крейсер может идти в Кронштадт. Было решено идти по прибрежному фарватеру. 27 июня в 2.16 крейсер в охранении трех эсминцев и катеров МО вышел за тралами шести БТЩ. На переходе тральщики подсекли 4 мины. Из Нарвского зал. в Лужскую губу отряд прошел через сложный пролив Хайлода, где до войны не проходил ни один крупный корабль. В 18.30 «Максим Горький» пришел на Большой Кронштадтский рейд. С помощью буксира корабль прошел ворота гавани, а в 20.44 был введен в док им. Велещинского.
Выполнять срочные восстановительные работы поручили заводу № 189 (Балтийский завод). Было решено взамен оторванной, построить на стапеле завода новую носовую оконечность, спустить на воду, отбуксировать в Кронштадт и затем соединить ее в доке с корпусом корабля.
Крейсер «Максим Горький» в сухом доке — идет формирование новой носовой оконечности.
До 6 июля в доке была произведена обрезка и зачистка рваных участков обшивки и набора корпуса, определены места пристыковки новой носовой оконечности, произведен ремонт отдельных поврежденных участков корпуса. После этого корабль вывели из дока и поставили к стенке Морского завода.
С 3 по 18 июля на стапеле завода № 189 была изготовлена новая носовая оконечность массой около 150 т. 18 июля ее спустили на воду, а в ночь с 20 на 21 июля отбуксировали в Кронштадт. Стыковка началась 21 июля. Сначала в док завели носовую оконечность, а затем и сам поврежденный крейсер. После откачки воды из дока, отсек подтянули, состыковали и заклепали. 2 августа корабль вывели из дока, а 12-го он вышел на рейд для проверки механизмов, оборудования, размагничивающего устройства и проведения ходовых испытаний. Во время ремонта с крейсера была снята катапульта и 45-мм орудия, а на их месте установили 10 37-мм автоматов. Вместо намеченных трех месяцев для восстановления крейсера понадобилось 43 дня.
18 августа при помощи четырех буксиров крейсер вошел в Лесную гавань и ошвартовался к Угольной стенке. Уже на следующий день его 100-мм орудия открывали огонь по самолетам противника. 24 августа «Максим Горький» перебазировался из Кронштадта в Ленинград. В 18.05 он ошвартовался у Хлебного мола Ленинградского торгового порта и был включен в систему артиллерийской обороны города.
4 сентября артиллерия крейсера впервые открыла огонь по наступающим в районе Белоострова финским войскам. Затем «Максим Горький» участвовал в отражении сентябрьского штурма Ленинграда. С 7 по 17 сентября, в наиболее критические дни напряженных боев, он систематически обстреливал наступавшие вражеские войска в районе Красное Село, Тайцы. Особенно напряженным был день 11 сентября, когда главный калибр выполнил 10 стрельб, выпустив 285 снарядов по наступающим немецким войскам.
Начиная с 12 сентября, 100-мм орудия крейсера ежедневно открывали огонь по немецким самолетам, бомбившим порт. К середине сентября линия фронта настолько приблизилась к городу, что артиллерия противника получила возможность вести огонь прямой наводкой по неподвижному кораблю. 16 сентября в корабль попал один 127-мм снаряд, а 17-го — четыре. Два пробили верхнюю палубу и надводный борт, третий — трубу, а четвертый надстройку, 7 моряков были убиты, 28 ранены, возникшие пожары быстро ликвидированы. Чтобы корректировать огонь своей артиллерии по кораблям, немцы в этот день в районе Красного села подняли аэростат с наблюдателями. Артиллеристы «Максима Горького» сделали по нему несколько выстрелов, после чего аэростат взмыл вверх и исчез (вероятно, был перебит привязной трос).
21 сентября в крейсер попали три тяжелых снаряда, в результате был разбит ходовой мостик, 9 моряков были убиты и 7 ранены. Дальнейшая стоянка на открытой позиции грозила кораблю гибелью. Командир крейсера капитан 1 ранга А.Н. Петров с разрешения штаба эскадры сменил огневую позицию. Так как крейсер не мог развернуться в акватории порта, то он задним ходом, без помощи буксиров, против течения, прошел Морским каналом и укрылся в Гутуевском ковше, затратив на переход и швартовку всего 20 минут. Это был маневр, на который едва ли кто-нибудь отважился бы в мирное время.
На следующий день буксиры вывели корабль в Неву, поставив к левому берегу у завода № 194 им. А. Марти, а 23 сентября крейсер подошел к стенке завода № 189 для ремонта. Устранение повреждений продолжалось до 8 октября, но уже 3 октября буксиры перевели «Максим Горький» от завода к Железной стенке торгового порта вблизи устья Фонтанки. 22 и 24 октября противник обстреливал стоявший у стенки корабль. Поэтому, до того как устье Невы покрылось льдом, крейсер для выполнения стрельб с помощью буксиров менял позицию. 1 и 2 ноября корабль выполнил 4 стрельбы по району поселка Володарского, 22 и 23 — обстреливал батареи противника. Несмотря на то, что крейсер менял места стоянки противник обстреливал корабль. 22 ноября снаряд попал в полубак перед 1-й башней. 29 ноября впервые огонь по позициям противника вели 100-мм орудия крейсера. Последнюю стрельбу в 1941 г. артиллеристы крейсера выполнили 27 декабря.
28 ноября 1941 г. Военным советом КБФ было принято решение о прекращении нефтяного отопления кораблей. С 5 декабря «Максим Горький» был переведен на отопление углем, на корабле был оставлен лишь аварийный запас — 60 т мазута. Для утепления помещений корабля верхнюю палубу покрыли толстым слоем шлака, на люки и входы сделаны тамбуры. Для маскировки борта и надстройки корабля покрасили белилами.
«Максим Горький» у стенки Торгового порта, зима 1941/42 г.
Все стоявшие на Неве и ее притоках корабли были объединены в группы, «Максим Горький» вошел в состав группы № 2 базировавшейся в торговом порту. На зимний период кораблю была установлена оперативная готовность 6 суток, в постоянной готовности он должен был иметь одну башню главного калибра. 7 января 1942 г. командиром крейсера был назначен капитан 1 ранга И.Г. Святов.
Зимой 1941–1942 гг. неподвижно стоявший крейсер неоднократно обстреливала немецкая артиллерия. 21 января 1942 г. в корабль попал 6-дюймовый снаряд, в результате попадания было выведено из строя 100-мм орудие. Главный калибр корабля привлекался к контрбатарейной борьбе. 8 и 9 февраля «Максим Горький» обстреливал батареи противника на Вороньей горе израсходовав 29 180-мм снарядов.
С 28 марта по 30 апреля 1942 г. противник осуществил операцию «Айштосс» с целью уничтожить корабли КБФ. При отражении налетов отличились артиллеристы «Максима Горького». 4 апреля немецкие бомбардировщики сбросили на корабль более 70 бомб, две из них разорвались на стенке в 5–7 м от борта в районе 2-й башни, а одна — в воде в 3–4 м от правого борта напротив боевой рубки. Однако «Максим Горький» отделался незначительными повреждениями. На следующий день налет повторился и опять без результатов для люфтваффе. 22 апреля крейсер обстрелял батареи противника в районе Лигово, содействуя войскам 42-й армии. Самым тяжелым днем для кораблей стоявших на Неве было 24 апреля когда «Максим Горький» атаковали 10 бомбардировщиков Ju-88, 12 пикировщиков Ju-87 и 15 истребителей Me-109. Налет сопровождался артобстрелом, радисты крейсера засекли работу вражеского корректировщика, находившегося в районе стоянки корабля. Свыше 150 бомб и 50 снарядов разорвались вблизи корабля. Прямых попаданий в крейсер не было, но осколками были убиты 3 краснофлотца и 5 — ранены. От попаданий бомб и снарядов загорелся стоявший по носу крейсера транспорт, а также портовый склад, для их тушения были посланы аварийные партии. Зенитчики крейсера в этот день сбили два самолета. Следовало сменить стоянку, но лед был еще крепок, а буксиры и ледоколы не имели топлива. Налеты повторились 25 и 27 апреля, когда вслед за начавшимся артобстрелом корабль подвергся новым воздушным атакам. Всего 27 апреля вблизи корабля разорвалось 15 авиабомб и около 100 снарядов, осколки которых сделали множество мелких пробоин. В этот день зенитчиками корабля были сбиты два Ju-87. При отражении налетов авиации противника зенитчики крейсера израсходовали в апреле 504 100-мм, 1377 37-мм снарядов и 2181 12,7-мм патронов. Прямых попаданий в корабль противник не добился, но от сотрясений вышли из строя большинство приемников и передатчиков, дальномеры, котел № 3. Только вечером 28 апреля крейсер перевели к стенке завода № 196 (Судомех). Во время ремонта на крейсере дополнительно установили три 37-мм автомата и два счетверенных пулемета «Виккерс».