19 февраля Верховный главнокомандующий войсками, прапорщик Н. В. Крыленко приказал начать вывозить из Ревеля ценное имущество и уничтожать остальное. Гарнизон крепости самостоятельно демобилизовывался. К середине февраля 1918 года в крепостной артиллерии сухопутного фронта осталось всего 2000 чел., которые могли обслужить 18 батарей[11]. 20 февраля немцы заняли Вердер (Виртсу), гарнизон острова Вормс (Вормси) отступил в Гапсаль (Хаапсалу). 21 февраля командование 1-го эстонского полка в Гапсале обьявило себя нейтральным в происходящих боевых действиях между немецкими и российскими вооруженными силами, а также декларировало независимость Эстонии. Было подписано соответствующее соглашение с представителями немецкого военного командования. Бывшая 1-я Эстонская пехотная дивизия стала называться просто Эстонской и просуществовала в составе 4 полков в распоряжении немецких окупационных властей до 5 апреля 1918 года, когда по требованию советской сторны на переговорах в Брест-Литовске, была ликвидирована, как бывшее соединение российской армии. В период этого существования выполняла на территории Эстонии задачи внутренних войск (в современном понимании)[12].
Утром 21 февраля немцы заняли Гапсаль. Последний комендант морской крепости Императора Петра Великого генерал-майор П. И. Изместьев сложил свои полномочия. 22 февраля были взорваны батареи Балтийского порта (Палдиски). В Ревеле царил хаос, поезда брали с боем солдаты и матросы. В полдень 23 февраля немцы заняли ст. Кегель (Кейла), в ночь на 24 февраля были взорваны батареи на полуострове Суроп. 24 февраля, в связи с принятием СНК РСФСР немецких условий, и предстоящей оккупации Эстляндии, объявили себя распущенными Совет депутатов и Эстляндский краевой комитет.
В условиях развала советской власти, 19 февраля Земский совет утвердил манифест о независимости Эстонии и организовал Комитет Спасения Эстонии. 24 февраля был опубликован манифест о независимости Эстонии и организовано Временное правительство. Председателем Временного правительства стал Константин Пятс.
Вооруженные представители новой власти — Союза самообороны («Омакайтсе»), начали разоружение солдат и красногвардейцев. 25 февраля немецкие войска вошли в город. Около 23 ч были взорваны батареи на полуострове Вимс. Караваны судов из Ревеля уходили в Гельсингфорс (Хельсинки). С 25 февраля по 27 февраля были уничтожены батареи на острове Нарген[13]. 1 2
16 марта 1918 года военная окупационная власть официально заявила, что Временное Правительство Эстонии не имеет юридических оснований. Весной 1918 года окупационные власти реорганизовали «Омакайтсе» в Bürgerwehr. Было избрано новое руководство прогерманской ориентации. После расформирования эстонских частей, членами этой организации стали многие эстонские офицеры, которые под его прикрытием продолжали работу по обьединению национально настроеных эстонцев[14].
Немцы в своей работе опиралась на немецкое остзейское рыцарство и немецкую диаспору. В Риге 12–13 апреля 1918 года был проведен Landesrat (земский совет), на котором делегаты Эстляндского и Лифляндского Landesversammlung (земельные законодательные собрания) приняли решение обратиться к Императору Германии с просьбой присоединить эти губернии к Германии через персональную унию с Пруссией. К. Пятс 11 июня 1918 года был арестован и помещен в концлагерь в Польше. Из Прибалтики вывозилось сырье и оборудование. За время оккупации из Эстонии в Германию было вывезено артиллерийских орудий на сумму более 3,5 млн золотых рублей и боеприпасов на сумму более 90 млн золотых рублей[15].
К ноябрю 1918 года в самой Германии стала назревать революционная ситуация. Не желая возвращения большевиков, остзейские немцы с начала октября 1918 года начали создание сначала Балтийского земского ополчения (ландесвер), а затем и собственного государства. 6 ноября 1918 года в Риге было провозглашено независимое государство — герцогство Балтенланд. Оно состояло из Лифляндии, Эстляндии, Риги, Эзеля (Сааремаа), Курляндии и Латгалии. 8 ноября регентский совет избрал герцога Мекленбург-Шверина Адольфа Фридриха герцогом Балтенланда. Однако после Компьенского перемирия заключенного 11 ноября, начался вывод немецких войск из Прибалтики, что в корне изменило обстановку в этом регионе. В этот же день в Ревеле возобновило работу Временное правительство Эстонии во главе с Я. Поска. Bürgerwehr был официально распущен и начал свою деятельность Кайтселийт (эст. Kaitseliit), причем из членов организации были исключены только люди прогерманской ориентации. 19 ноября в Таллин вернулся К. Пятс[16].
13 ноября Советская Россия расторгла Брестский договор и начала готовить Красную армию к походу на запад. К концу ноября герцогство Балтенланд прекратило свое существование. 16 ноября в Эстонии была обьявлена мобилизация офицеров, врачей и военных чиновников, а также организация Вооруженных сил на добровольной основе для рядового состава. 26 ноября был заключен договор между Временным правительством Эстонии и представителями местных немецких организаций о формировании частей по национальному признаку. 29 ноября Временное правительство обьявило Эстонию на военном положении и приняло решение начать всеобщую мобилизацию с 1 декабря 1918 года.
Первое наступление частей Красной армии под Нарвой, 22 ноября 1918 года было отбито немецкими частями. 29 ноября в Нарве, было провозглашено правительство Эстляндской Трудовой Коммуны и в Эстонии началась гражданская война. 21 декабря 1918 года Красная армия заняла Дерпт (Тарту), 24 декабря Тапа. На стороне эстонских войск в гражданской войне приняли участие русские белогвардейцы, два финских соединения добровольцев (около 2000 чел.), шведский белый легион, рота датских добровольцев. На территории юго-западной Эстонии была сформирована латвийская бригада. Эскадра флота Великобритании привезла в Ревель 7500 винтовок, пулеметы и другое оружие, а в декабре захватила советские эсминцы «Автроил»[17] (27 числа) и «Спартак»[18] (26 числа) и передала их во временное пользование в начале 1919 года Эстонии. К марту 1919 года территория Эстонии в основном была освобождена от войск Красной армии.
Собравшееся в апреле Учредительное собрание республики приняло Декларацию о независимости, а в октябре 1919 года Закон о земле и Конституцию. Аналогичный закон о земле был принят в Латвии. Эти законы вызвали недовольство остзейского рыцарства, так как у них отбиралась большая часть земель. В Латвии недовольство немецких добровольцев, вызвало то, что им было отказано в предоставлении обещанной земли за помощь в войне с Красной армией. Немецкие добровольческие войска под руководством генерала Р. фон дер Гольца совершили мятеж и захватив Ригу начали наступление в Эстонию. В июне — июле 1919 года в боях в северной Латвии эстонские и латвийские войска остановили и заставили отступить отряды немецких добровольцев и Балтийского ландесвера. Поэтому 23 июня стало национальным праздником Эстонии — Днем победы. На немецкое командование оказали давление правительства Великобритания и Франция. В сентябре-октябре 1919 года левобережную часть Риги захватила Западная русско-немецкая добровольческая армия генерала П. Р. Бермонт-Авалова. Это была целенаправленная деятельность Германии для утверждения своего господства в Прибалтике и угрожала независимости Латвии и Эстонии. В ходе боев за Ригу эстонские и латвийские войска с помощью эскадры Великобритании подавили это выступление. Бои продолжались до конца ноября 1919 года, когда латвийская армия с боями освободила Курляндию от частей П. Р. Бермонт-Авалова. Он проходил в то время, когда Северо-Западная русская добровольческая армия генерала Юденича наступала на Петроград. С 2 ноября 1919 года армия начала отступление в Эстонию. Части, отступившие в Эстонию на западный берег в районе верхнего течения р. Нарова были интернированы. Остальные переформированные сражались юго-восточнее г. Нарвы, на восточном берегу р. Нарова, до начала перемирия 3 января 1920 года 2 февраля 1920 года в Тарту был заключен мирный договор, по которому РСФСР признало независимость Эстонской Республики. Так была создана первая Эстонская Республика.