Уже в июле-августе 1940 года в Эстонии начались коренные социально-экономические преобразования. 24–25 августа состоялась Чрезвычайная сессия Государственной думы Эстонской ССР, которая была преобразована во Временный Верховный Совет. На ней была утверждена Конституция Эстонской ССР[40]. В свете принятого постановления ЦК ВКП(б) «Вопросы Литовской, Латвийской и Эстонской ССР»[41], 22 августа 1940 года председатель правительства Й. Варес-Барбарус перемещался на должность председателя Временного Верховного Совета. На должность председателя СНК был назначен один из лидеров коммунистической партии И. Лауристин. Для контроля за выполнением решений руководства СССР в Эстонию назначался уполномоченный ЦК ВКП(б) и СНК СССР — В.Б. Бочкарев. В этот же день (22 августа) были утверждены первые решения по аграрному вопросу: крестьянам было разрешено владеть землей, но устанавливалось ограничение — не более 30 га. Это привело к тому, что богатые землевладельцы прибегали к фиктивному разделу своих хозяйств между родственниками, чтобы уложиться в разрешенные 30 га.
В конце августа временный Верховный Совет ЭССР утвердил новую Конституцию. Она отличалась от конституции СССР и союзных республик тем, что в ней была разрешена частная собственность и владение землей. Уже 21 сентября 1940 года было принято Решение Политбюро ЦК ВКП(б) «О составе бюро ЦК КП(б) Латвии, ЦК КП(б) Литвы и ЦК КП(б) Эстонии»[42]. Первым секретарем ЦК КП(б) Эстонии был утвержден Карл Сярэ. По сложившейся в СССР иерархии он был главным руководителем в республике. Сяре, до назначения, по линии Коминтерна работал в Китае и Норвегии.
С 8 октября эстонская компартия была принята в состав ВКП(б). До конца 1940 года был проведен обмен партбилетов. В его ходе из партии выбыли 54 члена партии и 21 кандидат в члены. 4 октября вторым секретарем таллинской партийной организации был избран К. Сеавер. С 17 января 1941 года он стал председателем Таллинского исполкома совета депутатов трудящихся. Сами выборы планировалось провести позже. К. Сеавер с 1925 года отбывал пожизненный срок заключения и был освобожден только 21 июня 1940 года. В феврале 1940 года была проведена первая конференция таллинской партийной организации. К этому времени она насчитывала 950 чел. (741 член и 209 кандидатов). В августе секретарем таллинской комсомольской организации стал А. Клинберг, а в конце года его сменил В. Пийрсоо. К началу февраля 1941 года в Таллине было 715 комсомольцев. В марте 1941 года Ф. Окк был избран секретарем ЦК КП(б) Эстонии по транспорту. Первым секретарем таллинского горкома компартии стал И. Лаубе. Он приехал в Эстонию из СССР в августе 1940 года[43].
До декабря 1940 года всем коммунистам Прибалтики были выданы партийные билеты союзного образца. Одновременно была проведена проверка коммунистов. Для увеличения численности коммунистов Прибалтики коренных национальностей, в марте 1941 года, решением Политбюро ЦК ВКП(б) «Вопросы приема в ряды ВКП(б) в парторганизациях Литвы, Латвии и Эстонии», был установлен упрощенный порядок приема в партию[44]. Для вступления в ряды ВКП(б) было достаточно рекомендаций трех членов партии, имеющих партийный стаж полгода и столько же времени знакомых с потенциальным кандидатом. Этот упрощенный порядок приема был установлен из-за низкой активности граждан Эстонии, Латвии и Литвы по вступлению в ряды ВКП(б). По официальным данным, к началу 1941 года численность коммунистов в Эстонии составляла — 2036 человек (1169 членов и 867 кандидатов, эстонцев — 75 %, русских — 23 %, другие национальности — 2 %)[45]. Однако необходимо учитывать, что в партийных организациях прибалтийских республик стояли на учете коммунисты Прибалтийских особого военного и пограничного округов, Краснознаменного Балтийского флота, а также сотрудники НКВД и НКГБ, партийные и советские работники, прибывшие из «старого» СССР. На состоявшемся с 5 по 8 февраля 1941 года партийном съезде КП(б)Э был выбран ее Центральный Комитет (33 члена и 7 кандидатов). В его составе так же было много представителей «старого» СССР. Членом бюро ЦК КП(б)Э стал командующий КБФ адмирал В.Ф. Трибуц[46].
Важным фактором нарастающего социально-политического кризиса в Прибалтике являлся кадровый голод на руководителей. Прежние руководители в массовом порядке увольнялись с руководящих должностей. В новых советских республиках только началось формирование новой управленческой элиты. Если Западные Украина и Белоруссия были включены в состав ранее существовавших, соответственно, УССР и БССР, а в Молдавии республиканский и местный аппараты власти развертывались на основе аппарата Молдавской АССР, то в Прибалтике все происходило иначе. Государственные служащие бывших прибалтийских государств доверием у советской власти не пользовались. Прибалтийские эмигрантские общины в СССР понесли значительные потери в ходе массовых репрессий 1937–1938 годов. За эти годы за шпионаж в пользу Эстонии было арестовано[47] 9432 чел.
Из местного населения у советской власти была опора лишь на немногочисленных коммунистов, выживших в условиях подполья, а также на немногочисленный пролетариат и беднейшее крестьянство. Так, например, коммунистическая партия Эстонии за год, к 1 июня 1941 года выросла до 3732 членов, из них 37 % (1380 членов) составляли прибывшие, из других районов СССР. Таким образом, за год нахождения в составе СССР, в компартию Эстонии вступило всего 2219 новых членов.
Одним из главных шагов по советизации республик была национализация промышленности, банков, торговых и других предприятий. В промышленности национализировались предприятия с числом рабочих свыше 20 человек, а также особо важные, с числом рабочих не менее 10 человек. На национализированные предприятия назначались правительственные комиссары. Они же назначались и в банки. Вместе с банками национализировались ссудо-сберегательные кассы, страховые общества, ломбарды и сейфы частных лиц. Частные лица могли получать со своих счетов не более 100 крон (в Эстонии) в месяц и только с разрешения комиссара банка. 25 ноября были национализированы все частные вклады более 1000 крон. Все драгоценные металлы и камни, находившиеся в ювелирных магазинах, подлежали изъятию и сдаче на хранение в банк. В конце 1940 года национализация была распространена на частные кинотеатры, фильмопрокатные конторы, гостиницы, аптеки и предприятия химико-фармацевтической промышленности. К весне 1941 года было национализировано 12,5 тысяч домовладений с жилым фондом в 4 миллиона квадратных метров жилья. В руки государства переходили автобусы и суда. К июню 1941 года в частных руках оставалось всего 10 % от всех магазинов.
С января по июль 1940 года под эстонским флагом в водах Европы погибли 16 грузовых пароходов (мины, торпедирование, авиация и т. д.). После обьявления в 1940 году национализации морского транспорта и получения капитанами судов приказа прибыть в ближайший порт СССР, это распоряжение выполнили следующие суда: «Osmussaar» прибыл в ноябре 1940 года в Архангельск; «Kajak» в августе 1940 года был в аргентинском порту Буэнос-Айрес, после отказа части команды возвращаться в ноябре 1941 года ушло в Монтевидео, затем с грузом зерна в Иран (порт Шатт-эль Араб), где и подняло советский флаг; «Elna» в 1940 году остался в Англии и в сентябре был потоплен в порту немецкой авиацией, позже был поднят и востановлен, в конце 1941 года судно в составе конвоя пришло в Архангельск, команда отказалась остаться в СССР и добилась возвращения назад в Англию. Эстонские суда, которые не вернулись в СССР и остались в портах следующих стран: Ирландия — 6, Англия — 20, Канада — 5, Цейлон (Англия) — 1, США — 5, Швеция — 2, Дания — 3. Из этих судов во время войны погибли 6 пароходов. После 1945 года интернированные в Швеции два парохода были переданы СССР, а остальные суда были возвращены старым владельцам[48].