Помимо сотрудничества с такими группами, как в Никарагуа, где начиналась вооруженная борьба против диктатуры Сомосы — эти группы позднее образуют Сандинистский национально-освободительный фронт, — Че сосредоточил свое внимание на территории, занимаемой Андами.
В конце 1962 года Че в Гаване провел с перуанскими революционерами, среди которых были Эктор Бехар и поэт Хавьер Эрауд, переговоры по поводу возможности открытия партизанского фронта и поддержки той замечательной работы, которую проводил Уго Бланко в Вальес-де-ла-Конвенсьон. Бланко, руководившего мощным движением, в котором принимали участие кампесинос и индейцы одной из наиболее нищих областей Перу, преследовали власти — он был обвинен в налете на полицейский участок. Мануэль Пиньеро отвечал за организацию действенной операции в поддержку движения.
Было решено, что лучше всего попасть в зону действий партизан можно будет по самому короткому, судя по карте, маршруту через границу с Боливией. Че обратился к Коммунистической партии Боливии (КПБ) с просьбой о поддержке в организации сотрудничества с перуанскими партизанами, и КПБ вскоре устроила сеть опорных пунктов. Луис Тельерья, член центрального комитета БКП, участвовавший в деятельности этой сети, пользовался содействием членов организации молодых коммунистов, таких, как Хулио Сесар "Эль Ньято" Мендес, Орландо Хименес и Лойола Гусман. 9 января 1963 года группа перуанских партизан прибыла в Боливию.
Политические отношения там представляли собой запутанный клубок. Националистическое революционное движение (НРД) Боливии, возглавляемое президентом Виктором Пасом Эстенсоро, находилось в конфликте с военной диктатурой Перу и поэтому закрывало глаза на эту группу, готовящую вооруженную борьбу против соседней страны. Коммунистические партии и движения не желали оказывать никакой поддержки Уго Бланко — согласно их неистребимой сектантской логике, такие, как он, деятели считались троцкистами.
В конце концов, после многократных проволочек и изменений в планах, группа пересекла перуанскую границу вблизи Пуэрто-Малдонадо. Перуанская полиция, заранее получившая предупреждение от некоего доброжелателя, оказала нарушителям границы сопротивление, началась перестрелка, в ходе которой погиб Хавьер Эрауд. Операция была отменена, и перуанцы отступили обратно в Боливию. Хулио Мендес "Эль Ньято" стал для части группы проводником по джунглям Бени.
Видимо, в то же самое время, когда Че принимал меры для поддержки Перуанской национально-освободительной армии в ее попытках развернуть широкую партизанскую войну, он помогал и в разработке акции, которую готовил один из его немногочисленных близких друзей, аргентинский журналист Хорхе Рикардо Масетти. С ним Че обсуждал предварительные наброски плана еще в конце 1961 года. Совместно с Пиньеро и Че Масетти подготовил операцию "Сегундо Сомбра", целью которой была организация очагов партизанской войны в Аргентине. Затем Масетти возвратился в Алжир, где в течение предыдущих двух лет помогал в развитии революционного движения. После того как Че, посетив Алжир, встретился с Масетти, последний взялся за изучение тактики действий партизан в городских условиях. "Мы ожидали, затаив дыхание, в течение четырех с половиной месяцев, — Масетти писал жене в начале 1963 года. — Все время оказалось сожрано изучением товаров". Той весной Масетти и несколько товарищей, снабженные алжирскими дипломатическими паспортами, отправились в Бразилию в качестве членов торговой делегации. Так же, как и перуанские повстанцы, они, воспользовавшись помощью Боливийского движения молодых коммунистов, переправились через границу в Боливию, а в сентябре оказались в Аргентине.
Группа получила название Народной партизанской армии (НПА, ПА). Масетти взял себе псевдоним "Командир Сегундо", в честь гаучо Сегундо Сомбры, главного героя аргентинского народного эпического повествования "Дон Сегундо Сомбра". Че в качестве "почетного члена" ПА выбрал псевдоним "Мартин Фьерро" — по названию поэмы X. Эрнандеса, также превратившейся в народный эпос. В одном из выступлений спустя несколько лет Фидель признал, что участие Че не ограничивалось почетным представительством, что действия ПА были "его" операцией, которой он руководил с Кубы. По мнению нескольких его товарищей, Че планировал присоединиться к партизанам на более поздней стадии. В первоначальный состав группы входили двое кубинцев - капитан Эрмес Пенья, на протяжении нескольких лет бывший личным охранником Че, и Альберто Кастельянос, в прошлом его адъютант и водитель. В числе потенциальных участников группы рассматривался и майор Фернандес Мель, но позднее было решено не привлекать его к операции.
То, что две партизанских кампании, в Перу и Аргентине, развернулись в 1963 году, вовсе не является совпадением. Несомненно, они входили в "Андский проект", разработанный Че.
21 июня 1963 года ПА прибыла на ферму Эмораса и приступила к обучению в провинциях Салта и Жужуй, тех местах, по которым Че, будучи подростком, путешествовал на мопеде. Один из оставшихся в живых участников ПА рассказывал о Масетти: "Он никогда не говорил о своей личной жизни. Мы знали, что у него есть жена и дети, потому что он однажды упомянул о них. Было время, когда он даже говорил о Масетти в третьем лице. Но я не знал, что это был он сам, а на фотографиях, которые мне позже довелось увидеть, сходство с ним было не такое уж большое. Когда я общался с ним, у него была большая иссиня-черная борода. Когда я попробовал фамильярно заговорить с ним, то нарвался на неприятность. Он представлял из себя впечатляющую личность".
Прибыв на место, участники ПА увидели, что с политической точки зрения время было выбрано не слишком удачно. Аргентинцы в массе были довольны властью правительства Гражданского радикального союза народа, возглавляемого избранным президентом Артуро Ильиа, хотя сторонники прежнего президента Хуана Перона бойкотировали выборы.
В июле 1963 года в Боливию прибыл человек, который, судя по всему, был тесно связан с латиноамериканскими проектами командующего Гевары. Его задача состояла в том, чтобы организовать приграничную сеть опорных пунктов для ПА. Это был Хосе Мария Мартинес Тамайо, известный также как Папи или Рикардо, видный сотрудник Министерства внутренних дел Кубы. В сопровождавший его отряд входили выдающиеся участники повстанческого боливийского Движения молодых коммунистов, такие, как братья Передо, Роберто (Коко) и Гидо (Инти), Роберто Салданья и Хорхе Васкес Вианья.
В августе 1963 года Луис Ла Пуэнте Уседа, лидер левого крыла перуанской организации Американский народно-революционный альянс, прибыл в Гавану. Он только что освободился из тюремного заключения, но успел под воздействием "кубинского" примера основать Левое революционное движение (ЛРД). Представляется очень странным, что Уседа прежде не встречался с Че, несмотря на то что входил в число друзей Ильды Гадеа, а в пятидесятых годах также был выслан из страны и находился в Мексике. Зато нет никаких сомнений в том, что в середине 1963 года он обсуждал с Че свои планы возобновления партизанской кампании против перуанской диктатуры, основывая эту деятельность на опыте Уго Бланко. Пару лет спустя Уседа сообщил о том, какое из основных положений его программы оказалось созвучно концепции Че: охватывающее весь континент сражение, опирающееся прежде всего на наиболее развитые страны Латинской Америки - Мексику, Чили, Уругвай, и Аргентину, - в этой области идеология обеих программ имела значительное сходство.
Мартинес возвратился в Гавану в сентябре, основав в Боливии сеть опорных пунктов для аргентинских партизан. У него сложилось великолепное впечатление о небольшой группе своих молодых сподвижников, зато о структуре партии в целом он ничего хорошего сказать не мог.
Тем временем партизаны Масетти продолжали обучение и проводили среди кампесинос политическую работу по подготовке к вооруженному восстанию. Масетти писал жене: