Борясь за привлечение народных масс на свою сторону, Болотников не ограничивался одной рассылкой прокламаций. Наряду с «листами» Болотников направлял в города своих агентов, задачей которых было поднимать народ на восстание. В источниках сохранилось несколько упоминаний об этих представителях Болотникова. Замечательна глубокая убежденность этих людей и их стойкость, отмечаемая источниками. Исаак Масса называет и имя одного из таких агентов Болотникова, «атамана Аничкина», «который разъезжал повсюду с письмами от Димитрия и возбуждал народ к восстанию». Захваченный Василием Шуйским в плен, Аничкин до конца остался верен своему делу и, уже будучи посажен на кол, стремился «возбудить в Москве новое волнение в народе». Об аналогичном случае сообщает и английская записка, рассказывая о том, как одного из «захваченных в плен мятежников» «посадили на кол, а он, умирая, постоянно твердил, что прежний государь Димитрий жив и находится в Путивле».
Особенно интересно и существенно свидетельство Исаака Массы, у которого мы находим не только характеристику положения в Москве, но который вместе с тем прямо связывает планы самого Болотникова с борьбой внутри Москвы: «Болотников нимало не сомневался, что отправленные им войска займут Москву… это могло случиться по причине великого смущения и непостоянства народа в Москве».
Главной силой, использованной В. Шуйским для идеологического воздействия на массы, была церковь. Особенно непримиримую позицию по отношению к восстанию Болотникова занимал патриарх Гермоген, грамоты которого, рассылавшиеся патриархом из Москвы во время осады ее Болотниковым, являются ярким памятником борьбы церкви против восстания. В этих грамотах, призывавших «всех православных христиан» на борьбу с Болотниковым, делалась попытка изобразить участников восстания Болотникова как людей, которые «отступили от бога и от православный веры и повинулись сатане и дьяволским четам», а Василия Шуйского — как «воистину свята и праведна истиннаго крестьянского (т. е. „христианского“) царя». Наибольшего размаха идеологическая деятельность церкви достигла к середине октября 1606 г., когда положение внутри осажденной Москвы было особенно острым. Именно в этот момент появляется написанная протопопом Благовещенского собора в Кремле Терентием «Повесть о видении некоему мужу духовному», изображавшая восстание Болотникова как проявление божьего гнева, как наказание, посланное богом за грехи общества, и объявлявшая единственным путем спасения всенародное покаяние, прекращение «межусобной брани» и объединение всего народа вокруг царя. «Повесть» протопопа Терентия была использована правительством В. Шуйского для развертывания грандиозной агитационной кампании с церковными церемониями и молениями о том, чтобы «господь бог отвратил свой праведный гнев и послал бы милость свою на град свой святой и на люди своя во граде сем, не предал бы в руце врагом и злым разбойником и кровоядцем».
Особое место в политике В. Шуйского занимала борьба за разложение сил, восставших изнутри, путем политической интриги. Возможность такой интриги крылась в самом составе лагеря Болотникова. Наличие в войсках Болотникова столь разнородных в социальном отношении групп, как крепостные крестьяне и холопы, с одной стороны, дворянско-помещичьи отряды — с другой, делало неминуемым рост классовых противоречий и борьбы внутри войска Болотникова. Эти противоречия делались все более острыми, по мере того как расширялся размах восстания Болотникова и определялась его социальная программа. Грамоты Болотникова с призывом к холопам восстать против господ были столь же неприемлемы для дворянских элементов внутри лагеря Болотникова, как и для дворян вообще. Все это создавало благоприятную почву для завязывания тайных сношений В. Шуйского с отдельными военачальниками из войска Болотникова — сношений, имевших целью подготовить разрыв этих лиц с Болотниковым и переход их в лагерь В. Шуйского. Итогом действий Шуйского по разложению лагеря Болотникова явились «измены» — сначала Г. Сумбулова и П. Ляпунова, перешедших с своим отрядом на сторону В. Шуйского, а затем — Истомы Пашкова, также «изменившего» Болотникову и превратившегося из одного из руководителей восстания в его врага.
Центр войска Болотникова находился в селе Коломенском. Именно здесь был устроен укрепленный лагерь, называемый в русских источниках «острогом», а в иностранных источниках — «шанцами» или «обозом». Другим центром сосредоточения войск восставших было село Заборье (точное местонахождение села Заборья пока не установлено).