Между тем к осени 1607 г. положение в стране стало вновь складываться неблагоприятно для В. Шуйского. Прежде всего длительное стояние под Тулой не только ослабляло войско В. Шуйского в результате потерь от военных действий, но и действовало разлагающим образом на ратных людей, составляющих его полки. Вторым моментом, определявшим обстановку в стране и оказывавшим воздействие и на положение В. Шуйского под Тулой, была непрекращавшаяся борьба крестьян и холопов. Если В. Шуйскому и удалось запереть в Туле основное ядро восстания, то отдельные отряды крестьян и холопов продолжали вести свою борьбу против феодалов, в частности в непосредственной близости от Тулы — в Рязанском уезде. Такое положение дел вынуждало В. Шуйского выделять часть своих сил для борьбы против «воюющих» мужиков, что еще более ослабляло его тульский лагерь. К названным факторам внутреннего порядка к осени 1607 г. прибавился еще фактор внешний в лице нового Самозванца, провозгласившего себя в июле 1607 г. в городе Стародубе-Северском «царем Димитрием».
В данной обстановке, стремясь любой ценой добиться прекращения военных действий под Тулой, В. Шуйский предпринимает новый маневр в виде переговоров с Болотниковым об условиях капитуляции Тулы. Основу этих переговоров составляло обещание В. Шуйского в случае капитуляции Тулы сохранить жизнь и свободу участникам восстания и их руководителям, в том числе самому Болотникову и «царевичу» Петру. Переговоры закончились заключением «контракта», который В. Шуйский скрепил торжественной клятвой.
В. Шуйский, однако, не намеревался выполнить условия заключенного им договора. Одновременно с переговорами, ведшимися В. Шуйским с Болотниковым, В. Шуйский имел тайные сношения с определенными кругами в Туле, причем целью этих тайных сношений был захват и выдача царю Болотникова и других руководителей восстания.
В результате такой вероломной тактики В. Шуйского, когда 10 октября 1607 г., после заключения соглашения о капитуляции, Тула открыла свои ворота воеводам В. Шуйского, то именно в этот момент Болотников и «царевич» Петр были захвачены агентами В. Шуйского из числа «тульских сидельцев» и привезены «в полки» к царю.
Однако расправа с попавшими в руки В. Шуйского вождями восстания была затруднена наличием соглашения и «целования креста» В. Шуйским с обещанием помилования Болотникова и «царевича» Петра. Прямое и открытое нарушение этого обещания было слишком опасно для В. Шуйского, особенно если учесть то, что вся основная масса капитулировавшего войска Болотникова находилась на свободе и, очевидно, сохраняла и свое вооружение.
Выход В. Шуйским был найден в том, чтобы, прежде всего, как можно скорее добиться ликвидации войска Болотникова как организованной силы и тем самым завершить ликвидацию восстания. Этому мероприятию был придан вид жеста великодушия со стороны царя, распустившего «восвояси» «тульских сидельцев».
Тогда же, сразу после падения Тулы, В. Шуйский рассылает грамоты по городам с извещением о взятии Тулы, в которых создает свою официальную версию об обстоятельствах падения Тулы, где тщательно скрывался факт соглашения с Болотниковым об условиях капитуляции и падение Тулы изображалось как результат «битья челом» «тульскими сидельцами», в том числе и Болотниковым, царю с признанием своей вины и с выдачей В. Шуйскому самозванного «царевича» Петра.
Вслед за тем В. Шуйский вернулся в Москву, куда были доставлены «в оковах» и Болотников с «царевичем» Петром.
Падение Тулы означало конец восстания Болотникова.
За возвращением В. Шуйского в Москву последовала казнь «царевича» Петра, повешенного, по сведениям, сообщаемым «Карамзинским хронографом», «под Даниловым монастырем, на Серпуховской дороге».
С Болотниковым же В. Шуйский решился расправиться лишь через несколько месяцев, уже в 1608 г., когда Болотников был отправлен в Каргополь и там сначала ослеплен, а затем утоплен.