«Пустозерская казнь» совпала с развитием больших событий на юге и юго-востоке России. Уже с 1667 года, когда Стенька Разин покинул Дон и основал на северном берегу Каспийского моря казачий городок-базу для налетов на Персию, вся юго-восточная русская украина глухо волновалась. В конце 1669 года Разин вернулся на Дон, захватил там власть, а весной двинулся в новый большой поход, но на этот раз не на персиан, а на бояр и помещиков всея Руси. Как раз накануне «пустозерской казни», 13 апреля 1670 года, его войска взяли Царицын, а летом и осенью бунт разлился от Воронежа до Камы и от Астрахани до Лыскова у Нижнего Новгорода, где когда-то Аввакум служил священником. В сентябре пали Саранск и Пенза, и мятеж, казалось, переливался из казачьих украин в самый центр Московского государства. Но занявшись грабежом Астрахани, казаки Разина упустили время, и после их первых успехов пришли поражения. Социальный мятеж скоро остался без главарей — опытные и энергичные воеводы князь Юрий Алексеевич Долгорукий и князь Юрий Никитич Барятинский разбили главные силы разинцев, а 14 апреля следующего 1671 года сам Разин был схвачен домовитыми казаками и выдан на казнь в Москву. Пламя крестьянского и инородческого пожара пылало еще сравнительно долго, и воеводам и правительству пришлось применить самые жестокие меры, чтобы приостановить эту попытку расправы с правящим классом.
Само разинское движение было религиозно нейтрально. Часть старообрядцев поддержала Разина, и к нему примкнуло немало священников, недовольных и обрядом, и властями, и епископатом. Так, например, склонный к старой вере поп Никифор Иванов все время сопутствовал самому Разину. Некий поп Савва оперировал во главе повстанческих отрядов. Во многих селах и городах священники встречали повстанцев с иконами и колокольным звоном. Однако несмотря на свое паломничество в Соловецкий монастырь, сам Степан Разин был довольно безразличен к церковным, да и вообще религиозным вопросам и был настроен скорее антиклерикально, почему его трудно подозревать в склонности к «старой» или «новой» вере. Недаром, как после подавления восстания показывал атаман донских казаков Михаил Самаренин, Разин советовал своим казакам не строить церквей, не ходить на церковные богослужения и велел им вместо церковной свадьбы «венчатца около вербы». Во всяком случае при подавлении разинского бунта и последующей чистке бунтовавших областей, правительственные войска и их начальники расправлялись со всеми подозрительными им элементами, и тысячи и даже десятки тысяч виновных и невинных людей погибли от меча, виселиц и огня карательных отрядов. После их усердной работы в одном из нижегородских уездов число домов-хозяйств уменьшилось на 10000, а число официально казненных достигало 11000. Многие предпочитали скорее сжечься сами, избегая одновременно и палачей, и антихриста, чем подвергнуться пыткам и мучениям.
На связь нижегородских гарей с казнями указывал и Аввакум в своей «Книге Бесед», написанной вскоре после этих ужасных событий и во всяком случае не позднее 1675 года: «А по Волге той живущих во градех, и в селех, и в деревенках тысяща тысящими положено под мечь, нехотящих принять печати антихристовы. А иные ревнители закона суть, уразумевше лесть отступления, да не погибнут зле духом своим, собирающеся во дворы з женами и детьми и сожигахуся огнем своею волею».
Другие старообрядческие материалы тоже говорят о происходивших в это время гарях и насчитывают до 2000 добровольно сгоревших человек в районе Нижнего Новгорода, особенно по реке Кудме, на берегах которой родился и Аввакум. Немало последователей Капитона и его учеников кончали жизнь добровольным голодом — так в это время оба способа «самоубийственных смертей» были еще одинаково популярны среди «непокорников», убегавших от Антихриста и царских воевод. «В нижнегородской области многие бо тысячи огнем во овинах и избах сгореша, в луговой стороне в морильнях от своих учителей закрыты померли», — сообщал Фролов. Правительственные сообщения, к сожалению, подтверждают эти рассказы старообрядческих писателей. «В том же году, в Нижегородском Закудемском стану во многих селах и деревнях крестьяне к Божьим церквям не приходили и пенье церковное и таинств не принимали, и во всем от раскольников розвращалися, и многие по прелести их с женами и детьми на овинах пожигалися», — доносили царские власти с Волги.