Волна расправы со всеми противостоящими властям и церкви мятежниками и недовольными захватила также и Москву и другие оставшиеся в стороне от Разиновщины города. Дворецкий боярина Салтыкова, некий Исайя, был сожжен, а с ним, по всей вероятности, пострадали и другие менее известные старообрядцы. Молодой князь Иван Хованский был бит батогами. Старец Авраамий после долгих попыток духовенства во главе с митрополитом Павлом переубедить его был 13 августа 1670 г. расстрижен, брошен в новую гражданскую тюрьму и зимой 1671–1672 годов сожжен. В это время власти, по словам Аввакума, «и иных поборников Христовых, многое множество погубили». Имена многих из них сообщает он сам: «На Кольском полуострове рассекли на пятеро соловецкого старца Иону, который проповедовал в Поморье; в Киеве сожгли стрельца Илариона; в Нижнем Новгороде одного и в Казани тридцать человек; в Холмогорах был сожжен юродивый Иван, во Владимире шесть». Сосланный в Печенгский монастырь за обличения царя Иван Красулин был сожжен в 1671 году. В июне того же года был обезглавлен соловецкий дьячок Иван Захаров.
Начатая в 1668 году блокада Соловецкого монастыря была не эффективна, и поэтому правительство неоднократно обращалось к монастырю с предложением прощения, если он покорится и примет новую веру. Но братия каждый раз с негодованием отвергала предложения правительства. Население берегов Белого моря, вполне сочувственно относившееся к защитникам монастыря, снабжало монахов дополнительными, к имевшимся уже в обители на складах, запасами продовольствия, по преимуществу рыбой и овощами. Только весной 1674 года А.И. Мещеринов, сменивший полковника Клементия Евлева, второго командира блокировавших монастырь войск, высадил свои войска на главном острове архипелага и начал регулярную осаду крепости. Вокруг монастырских стен были построены бастионы и окопы и установлены стенобитные орудия.
В последние годы осады в монастыре среди его защитников начались раздоры. По мере того, как осада затягивалась, начал замечаться союз между наиболее фанатичными противниками новых книг и политическими радикалами из среды мирян, пришедших на помощь монастырю. По некоторым донесениям часть разинцев после разгрома основных сил казачьего восстания в 1670 году проникла в монастырь и призывала монахов «стоять и биться против государевых людей за воров, за сотников и помереть всем заодно».
Никанор и служка Федюшка Бородин стали с 1674 года вдохновителями сопротивления. Несмотря на все попытки царских войск Мещеринова овладеть монастырем, братия и мирские ее сторонники отбивали правительственные отряды. Зима 1675–1676 года была наиболее тяжелой для Соловков, так как теперь осада уже не прерывалась и сообщения с внешним миром были почти что совершенно отрезаны. Правда, большой штурм 23 декабря 1675 года был отбит, но настроение осажденных падало. В январе перебежавший из монастыря к осаждавшим войскам монах Феоктист указал Мещеринову на существование неохраняемого ночью тайного пути в монастырь. Ночью 22 января 1676 года стрельцы проникли через этот тайный путь внутрь монастырских укреплений и открыли ворота войскам. Защитники старообрядческой твердыни проснулись слишком поздно и были почти все перебиты. Никанор и вождь мирян, видимо разиновец, казак Самко были повешены. Перед казнью Никанор, по данным С. Денисова, смело заявил воеводе: «Не боюсь я тебя, ибо и самодержца душу в руце своей имею». Немало и других защитников Соловков погибло в страшных мучениях от рук палачей.
Почти что десятилетнее стояние Соловков за старую русскую веру произвело очень сильное впечатление на всю Россию и особенно на преданное традиции население Севера и Востока России. Еще в середине XIX века на Севере и среди казаков продолжали петь песни о Соловецком стоянии. Действительно, в умах людей старой веры осада Соловков была ничем иным, как лишним проявлением попыток епископов и царя ввести в России вместо древлего православия новую, наполовину греческую, наполовину латинскую веру. Поэтому на Севере России, где падение обители тяжело переживалось большинством населения, оно вызвало большое религиозное напряжение и большую злобу против людей нового обряда. Кроме того, немало соловецких монахов, успевших оставить монастырь до его падения сыграли значительную роль в религиозной радикализации Поморья. Спасшиеся при разгроме монастыря и разбредшиеся по Северу монахи, как, например, старцы Игнатий, Савватий, Евфимий, Иосаф и другие, составили в Поморье наиболее упорные кадры распространителей старой веры. Некоторые из них стали проповедниками самосжигания.