На многих заводах и фабриках отбывали наказание осужденные на каторжные работы.
При переходе казаков к земледелию усилился процесс выделения казацкой верхушки и обеднение массы казачества. Особенно страдало от произвола старшин Яицкое казачье войско, которое охраняло юго-восточные границы России от нападений ногайцев, хивинцев и других кочевых народов. Богатая старшинская верхушка со временем захватила рыбные промыслы, табуны лошадей и землю. Рядовые казаки утратили свои прежние вольности. Старшины во главе с войсковым атаманом Андреем Бородиным заставляли рядовых казаков работать на рыбной ловле и, пользуясь их неграмотностью, присваивали себе львиную долю доходов.
В январе 1772 года начались волнения среди Яицкого войска. Казаки отказывались идти на рыбную ловлю и выполнять приказы атамана. За это многих бросили в тюрьму. Казаки послали в Петербург выборных во главе с сотником Иваном Портновым, которым удалось подать жалобу на имя Екатерины II.
По приказанию Екатерины II для расследования причин недовольства яицких казаков была создана комиссия, в которую вошли капитан лейб-гвардии Семеновского полка Дурново и генерал-майор фон Траубенберг. Генерал Траубенберг начал свою деятельность с того, что приказал наказать плетьми семерых выборных, обрить им бороды (что считалось у казаков величайшим позором) и под конвоем отослать их в Оренбург на регулярную службу. Узнав об этом, казаки взбунтовались. Им удалось отбить арестованных. Произошло вооруженное столкновение между старшинами и рядовыми казаками.
Казаки во главе с Максимом Шигаевым, неся перед собой иконы, пришли к Траубенбергу, чтобы начать переговоры. Но генерал отдал приказ открыть по ним огонь. Казаки не отступили. Они отбили пушки и начали стрелять из них по отступающим солдатам Траубенберга.
Отряд генерала Траубенберга был разгромлен. Самого генерала казаки схватили и изрубили на куски. Капитан Дурново был ранен и жестоко избит. Новый войсковой атаман Тамбовцев и наиболее ненавистные старшины были повешены. Остальные старшины (до 70 человек) были приведены к присяге и поклялись, что будут действовать заодно с войском. Казаки сами стали управлять Яицким войском.
Но вскоре из Оренбурга в Яицкий городок прибыл карательный отряд генерала Фреймана. Восстание было жестоко подавлено. После этого яицкие казаки полностью утратили свои вольности. Казацкий круг, выборная должность атамана и войсковая канцелярия были упразднены.
В конце апреля 1773 года оренбургский генерал-губернатор фон Рейнсдорп получил из Петербурга указ Военной коллегии с окончательным приговором по делу яицких казаков, восставших в январе 1772 года. В этом приговоре было определено: 16 человек наказать кнутом, вырвать им ноздри и выжечь знаки «вор», а потом навечно сослать в Сибирь на каторгу в Нерчинские рудники; 38 человек, наказав кнутом, сослать с женами и малолетними детьми в Сибирь на поселение; 25 человек наказать плетьми и распределить: молодых — в разные армейские полки, а престарелых — в сибирские гарнизонные батальоны.
Емельян Иванович Пугачев родился в станице Зимовейской на Дону в 1742 году. Отец его Иван Михайлович был простым казаком. Девятнадцатилетний Пугачев участвовал в Семилетней войне с Пруссией. Служил он в казачьей команде полковника И.Ф. Денисова и за «отличную проворность» был взят к Денисову в ординарцы. Однажды в темную ночь на казачий лагерь налетели прусские кавалеристы, и Емельян в суматохе упустил одну из лошадей Денисова, за что был бит «нещадно, плетью».
В 1768 году Пугачев отправился на войну с Турцией. Он храбро сражался с турками и особенно отличился при взятии крепости Бендеры, за что и получил младший казачий офицерский чин хорунжего. Любопытно, что служил Пугачев в войсках, которыми командовал генерал-аншеф граф Петр Иванович Панин, впоследствии сражавшийся во главе царских войск против армии Пугачева.
Тяжелая болезнь заставила Пугачева покинуть в 1771 году действующую армию и вернуться домой. В этом же году он был арестован за помощь в побеге родной сестры с мужем на Терек, но на третью ночь после ареста бежал. В январе 1772 года Пугачев перебрался на Терек, где был приписали к станице Ищорской. Через некоторое время он был послан в Петербург в Военную коллегию с ходатайством о прибавке жалованья и провианта, но, не доехав до Петербурга, снова был арестован. Подговорив караульного солдата Лаптева, Пугачев вместе с ним в ночь на 14 февраля бежал из-под ареста. Он снова вернулся в родные края, но был там опять арестован и отправлен в Черкасск. По дороге казак Лукьян Худяков, участвовавший вместе с Пугачевым в Семилетней войне, вызволил его из-под стражи и помог скрыться.