Второй причиной, не менее значительной, было то, что понятие "школа" очень тесно соприкасалось с понятием "ересь" (мы сознательно оставляем в стороне филологический аспект этой проблемы). С одной стороны, обучение в школах было одним из путей распространения ересей, а с другой - сами еретики открывали собственные школы. Такие школы существовали, например, у маркионитов (о них сообщает Евсевий (HE V,13)), а Родон укоряет Апеллеса в том, что он "называя себя учителем, не знает, как доказать то, чему учит" (Ibid.). Тот же Евсевий сообщает об обучении у артемонитов, современников Иринея: "Священное Писание они спокойно подделывали, отвергали правила древней веры, Христа не понимали, до смысла Писания не доискивались и усердно старались найти некий силлогизм для утверждения своего безбожия. Если кто-либо обращал их внимание на изречение Писания, они доискивались, будет ли оно силлогизмом объединяющим или разделяющим. Оставив Святое Божественное Писание, они занимались геометрией: от земли взятые, от земли говорят, не зная Сходящего с небес; а некоторые прилежно занимаются геометрией Евклида; они восхищаются Аристотелем и Теофрастом; Галена чтут почти как Бога. Злоупотребляя языческой наукой для своего еретического учения, они с ловкостью безбожников разбавляют цельную истину Божественного Писания. Нужно ли говорить, что с верой они и рядом не стоят?" (HE V,28,13-17). "Уже отмечено, сколь тесны сношения еретиков с многочисленными магами, шарлатанами, астрологами, философами - с теми, конечно, которые преданы любострастию" (Tert. Praescr. 43). Все это налагалось на представление о том, что "как раз от философии сами ереси и получают подстрекательство". Получалось, что, с одной стороны, тот, кто учит, мог оказаться если не язычником, то еретиком, а с другой - учащийся приближался в процессе изучения языческой мудрости к ереси. "И если тебе что-то кажется или двусмысленным или затемненным неясностью, то, конечно, всегда найдется какой-нибудь ученый брат, одаренный благодатью знания, кто-нибудь, кто вращался среди искушенных; разыскивая вместе с тобою… он определит, наконец, что лучше тебе пребывать в неведении, дабы ты не узнал того, чего не должен" (Praescr. 14).
Следующей причиной нелюбви к школам было культивируемое в то время стремление к практическому благочестию, а не к теоретическому знанию (это характерно не только для христиан, но и язычников). Идеалом считался человек, у которого "слово заодно с делом, дело заодно со словом". Есть основания полагать, что пять исповедников - Харитон, Эвелпист, Иеракс, Пеон и Либериан - претерпевших мученичество вместе с Иустином, были его учениками. Евсевий, для которого Ориген был образцом для подражания, сообщает интересные подробности о начале его учительской деятельности. Когда к Оригену начали приходить язычники, то первого из них, некоего Плутарха, Ориген довел до мученичества. Александрийцы не испытывали в этом сомнения: "он едва не был убит согражданами, видевшими в нем виновника смерти Плутарха" (HE VI,4,1). То, с каким успехом осуществлял свою деятельность Ориген в Александрийском училище, показывает следующая цитата: "После Плутарха вторым мучеником был Серен, Оригенов ученик, в огне доказавший принятую им веру. Третьим мучеником из того же училища был Ираклид, за ним четвертым - Ирон; первый - еще оглашаемый, второй - только что крещенный; обоих обезглавили. Из этой же школы вышел пятый борец за веру - Серен второй. После пыток, перенесенных им с величайшим терпением, он был, говорят, обезглавлен. Ираида, из оглашаемых, получив, по его словам, крещение в огне, скончалась" (HE VI,4,2-3). Если даже большинство из мучеников и не имели к Оригену никакого отношения (хотя в училище он остался один: "угроза гонения разогнала всех"), то это никак не умаляет значение отрывка, а прямо демонстрирует, что считалось идеалом учителя. С этих позиций еретики, учившие отрекаться во время гонения, не могли встретить понимание.
Вообще, проблема гонения и отречения стояла очень остро. Было понятно, что прямо учить отрекаться - это предательство по отношению к Церкви, и если иногда изгонялись павшие, не вынесшие пыток, то что могли ожидать те, кто учил отрекаться? С другой стороны, стал бы чему-нибудь учиться человек, который мечтает о мученическом венце? Нам не известно ни одного достоверного свидетельства о пострадавших за веру из валентиниан; попытки отождествить валентинианина Птолемея с одноименным римским мучеником успеха не имели. Гностики же, опиравшиеся на слова Писания "Ищите и найдете" (Мф. 7,7), только дискредитировали себя отличным от большинства пониманием праведности и методами, которыми они его пытались доказать. "Из еретиков же некоторые недостаточно ясно понимая Господа, питают нечестивую привязанность к сей жизни и утверждают, что истинным исповедыванием состоит уже и познание Бога. Дело это, конечно, хорошее, но когда они называют посягателями на свою личность и самоубийцей всякого христианина, который своей смертью прославил бы Бога, то в этом мы видим уже нечестие. Подтверждают они свое мнение софизмами, внушаемыми им трусостью. Они несогласны с нами в самых принципах касательно сего, и мы их опровергнем, когда придет минута для того" (Clem. Alex. Strom., IV,5).