В отечественной исторической науке антифеодальный и антицерковный аспекты богомильских традиций пытались выявить и на древнерусской почве. В частности, Д. А. Казачкова рассматривает вышеупомянутых волхвов на севере Руси как богомильских лидеров, а волнения в Суздале в 1024 году на том же Белоозере, в Новгороде, Ростове в 1070-х гг. как антифеодальные движения под флагом богомильства118. Аналогичные выводы делает и О. Г. Жужунадзе119. Этими же исследователями иноверные булгары, упоминаемые в ПВЛ, отождествляются с богомилами, поскольку в Западной Европе богомилов и патаренов в средние века действительно зачастую именовали "болгарами". Совершенно очевидно, что такая трактовка летописного понятия "булгары" несостоятельна. В данном случае этот термин в летописи относится к населению волжской Булгарии, исповедывавшему ислам120. И. Я. Фроянов, не соглашаясь с богомильским объяснением мировоззрения волхвов, указал на возможность языческих истоков подобной концепции121.
Ещe в конце прошлого века П. И. Мельников обнаружил, что в летописной статье 1071 года отразилась финно-угорская языческая обрядность (при описании сбора продуктов для жертвоприношения)122. А рассказ волхва о сотворении человека также находит ближайшие параллели в языческой мифологии финских племен. Впоследствии аналогичный вывод сделал и П. Н. Третьяков123. Д. С. Лихачев в свою очередь предположил, что христианская терминология, присутствующая в речи волхва, была добавлена уже самим Яном Вышатичем или летописцем124.
Но данным сюжетом богомильская проблема в древнерусском христианстве не исчерпывается. По-видимому, уже с середины XI в. на Руси получает широкое распространение апокрифическая литература разного рода. Значительная часть ее, заимствованная из Болгарии, несла в себе явные признаки богомильского влияния. К таким произведениям относятся "Тивериадское море", "Вопросы Иоанна Богослова", многочисленные сказания об Адаме, отчасти - "Беседа трeх святителей" и др. памятники. Ю. К. Бегунов высказал точку зрения, согласно которой подобные книги воспринимались на Руси безотносительно их догматического содержания в составе всего комплекса болгарского переводного материала125. К такому выводу побуждает отсутствие достоверных сведений о богомильстве на древнерусской почве в источниках. С другой стороны, хорошо известно о хождении в Киевской Руси уже во второй половине XI в. антибогомильских болгарских произведений (в частности "Беседы" Козьмы Пресвитера). Поэтому Бегунов предполагает наличие интереса к богомильству у отдельных образованных представителей древнерусского общества126.
Необходимо добавить, что есть и немало других косвенных подтверждений существования элементов богомильского вероучения на Руси. Это, например, известие Никоновской летописи под 1004 г. о заточении митрополитом Леонтом монаха Андреяна. "Укоряше бо сей церковныа законы, и епископы, и пресвитеры, и иноки…"127. Интересна личностная безадресность критики Андреяна, т. е. он "укорял" Церковь как таковую. Кроме того, в летописи сказано, что этот инок был скопцом. Можно предположить болгарское происхождение Андреяна или вероятность его пребывания когда-либо до этого в Болгарии, где он мог воспринять богомильство. Та же летопись под 1123 г. упоминает о "злом еретике Дмитре", который тоже попал в темницу при митрополите Никите128. Летописное известие не дает возможности охарактеризовать ересь Дмитра, но богомильский след и здесь вполне вероятен.
Скорее всего, элементы богомильского учения имели место в среде духовенства и монашества, знакомого с апокрифической литературой, но не получили там широкого распространения. В противном случае в древнерусской духовной письменности должны были появиться собственные противобогомильские памятники. Богомильское мировоззрение могло найти благоприятную почву в некоторых языческих представлениях восточных славян и финских племен, расселявшихся на территории Киевского государства. Таким образом, вполне был возможен стихийный синтез богомильских и традиционных языческих черт, тем более что славянское язычество тоже в определенной степени дуалистично.