През февруари Гоцевото завръщане в България беше станало повече от нужно. Главатаря трябаше да излезе начело, защото борбата ставаше съдбоносна. Върховния комитет почти беше обсебил вече граничните с България райони на съзаклятието. Трябаше прочее да се противодействува най-енергично и да се предотврати една катастрофа може би. И друго едно обстоятелство викаше Гоце в София. Неколцина безкористни юнаци се бяха нагърбили в името на революционната организация с едно твърде рисковано предприятие — и той беше необходим за полезния край на цялата работа. През Гевгелийско, Струмишко, Малешевско и Джумайеко, без да се спира някъде, Гоце пристигна в България около 10 март.
Ще пострада пълнотата на изложението ни, ако не поменем, че връщайки се, Гоце срещна в Малешевско покойния Софрони Стоянов44, който беше минал границата с 20-мина като върховнокомитетски агитатор. Подир едно твърде дълго обяснение, подир един истински принципиален диспут, Софрони беше признал голяма правда в Гоцевите думи и се беше върнал в България. — Ний ще се възполвуваме от отворената скоба, за да поменем още, чне на връщане Гоце намери в граничните места една поразителна развала сред населението. И сам той щеше да стане в кочанското село Разловца жертва на предателство, извършено от селския коджабашия. Наистина, предателят можеше да има пред вид обещаните от властта хиляди лири, но той беше ял и пил преди един ден и с някой си У, по-напред човек на революционната организация, а тогава човек на върховния комитет. Пази боже да обвиняваме комитета за постъпките на всевъзможни У-вци. Ний само отбелязваме голия факт, свидетелствуващ развращението, което внасяше сред македонския свят борбата между двете организации.
Гоце пристигна в София и видя всичката безполезност на по-нататъшни опити за помирение с върховния комитет. Затова той се зае веднага да изпрати в районните чети по-интелигентни сили, които биха могли да се противопоставят на върховнокомитетските агитатори. Той трябаше да направи нещо и за Одринско, което беше вече минало под крилото на революционната организация, но все пак си оставаше и широко поле на твърде шарени тенденции в агитацията. И по Великден Гоце беше на тайно събрание от най-видните работници из Одринско, дошли по негова покана в Пловдив. На това събрание бяха окончателно изгладени всички спорове и недоразумения. Подир събранието Гоце направи и една обиколка край одринската граница по ревизия на пунктове и пр…
Цялата пролет и цялато лято Гоце прекара в София, отдето направляваше и работите на съзаклятието в Турско, и борбата против комитета в България. Работите в Турско не отидоха много лошо, защото с време организирания отпор, който се даде на изпращаните от върховния комитет хора, ограничи междуособицата почти само в каазите Джумайска, Петришка, Малешевска и Поройска. Но борбата в България предизвика десетки измежду най-големите дружества да откажат поддръжката си на върховния комитет. И редовният юлски конгрес даде на разстроената легална организадия два върховни комитета: един — преизбрания стар45, против революционната организация — и друг — отцепнишкия нов46, солидарен с вътрешните дейци.
Борбата с върховния комитет беше за Гоце само една безкрайна мъка. Тая борба не увличаше до самозабрава като работата в Турско. Гоце оставаше съвсем чужд на озлоблението, което обземаше двете противни страни. В интимен кръг той често въздишаше болезнено. „Клета Македония! Нейните херои почти забравиха общия враг, за да са изпоядат едни други; разпрата с върховистите ни се налага, но тя би могла да бъде и по-малко отвратителна.“
Ефрем Чуков, Климент Шапкарев и Гоце Делчев
През това време хората често виждаха Гоця да снове по работа из цяла София — с кой знае от кое гюбре вземена шапка, с негодно вече и за битпазар късо палто, с панталони — случайно запазени и предлагани досега на шестима голтаци, за да бъдат шест пъти презрително отхвърлени. Обаче твърде малцина го виждаха било в събрания за „обсъждане важни работи“, било в историческия No. 9 на хотел „Батенберг“ при цял куп шифровани писма. Твърде малцина го виждаха, когато говореше или мислеше — с нервозен вид на потрес и досада, готов сякаш да хракне и върху другари, и върху противници, и върху цял свят…
Прев месец септември върховния комитет обяви въстание в Джумайско и Петришко, което свърши твърде печално: без колко-годе сериозна полза две каази бяха почти напълно съсипани. Оная част от свободното българско общество, която даваше поддръжка на комитета, почна да отрезвява. И твърде скоро върховния комитет щеше да остане без необходимите средства да продължи работата си. „Всяко зло за добро — надяваше се Гоце, — Джумайско и Петришко ще спасят останала Македония.“