В том же году Борис вызывает из Англии акушерку для помощи сестре. «Еще 15 августа 1585 года Борис прислал к Горсею своего конюшего с запиской, в которой настоятельно просил, чтобы доктор прибыл, „запасшись всем нужным“». Через Горсея же Борис обратился к лучшим английским медикам с просьбой осмотреть царицу Ирину и предложить подходящее лечение. Государыня за все время своего замужества довольно часто бывала беременна, но всякий раз неудачно разрешалась от бремени. Горсей пообщался с лучшими врачами в Оксфорде, Кембридже и Лондоне. Королеве Елизавете сказали, что царица Ирина уже на пятом месяце беременности, и попросили поспешить с исполнением ее просьбы. И вот, в конце марта 1586 г., Горсей получил от Елизаветы письма к царю Федору и вместе с королевским медиком и повивальной бабкой отплыл в Россию. Акушерка была задержана в Вологде. Замысел Бориса раскрылся, и это принесло ему много неприятностей. Ему пришлось приложить немало усилий и даже прибегнуть к хитрости, чтобы не допустить обсуждения этих событий в Боярской думе. Противники Годунова были взбешены тем, что Борис обратился за помощью к «иноверцам» и «еретикам». Сама мысль о том, что «еретическая дохторица» может быть причастна к появлению на свет православного царевича, приводила их в неистовство.
Позиции Ирины (и следовательно, позиции ее брата при дворе) были весьма сильными, и это вызвало негодование и зависть бояр, которые видели в ней верную помощницу Бориса Годунова. Последние неудачи Бориса только усугубляли ситуацию, и бояре стремились использовать зыбкое положение Годунова, чтобы окончательно избавиться от него.
В 1587 году был организован боярский заговор против Ирины. Заговорщики во главе с Дионисием, московским митрополитом и князем Шуйским, хотели, чтобы царь Федор оставил Ирину, которая не в состоянии подарить ему наследника. Они явились во дворец и подали Федору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». По словам историков, «прошение равнозначно было соборному приговору: его подписали регент князь Иван Шуйский и другие члены Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада – гости и торговые люди. Чины требовали пострижения Ирины Годуновой, а следовательно, и удаления Бориса. Выступление земщины носило внушительный характер». Однако Федор оказался категорически от того, чтобы разойтись с Годуновой. Они принял решительные меры против сторонников заговора. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде, крутицкого архиепископа Варлаама Пушкина заточили в новгородский Антониев монастырь, Василий Шуйский сослан в Буйгород.
Русские писатели XVII в. старались не упоминать о бесплодии благочестивой Ирины Годуновой и угрозе развода. Однако и в их произведениях можно найти намеки на сложившуюся в те времена ситуацию. Московский дьяк Иван Тимофеев в весьма туманных выражениях повествует о том, что Борис силой постригал в монастырь знатных девиц – дочерей первых после царя бояр, потому что опасался, что в одной из них Федор найдет замену Ирине: «…яко да не понудится некими царь принята едину от них второбрачием в жену неплодства ради сестры его». Иван Тимофеев не назвал имен «неких» лиц, понуждавших Федора ко «второбрачию». Умолчал он и о том, существовала ли угроза «понуждения» царя к разводу или «некие» лица привели ее в исполнение.
7 января 1598 года государь Федор Иванович умер, не оставив после себя завещания. В ходе избирательной борьбы на Земском соборе выстраивались разнообразные версии относительно его последней воли. Официальная версия Годуновых, по утверждению историков, была такой: «Как значилось в утвержденной грамоте ранней редакции, Федор „учинил“ после себя на троне жену Ирину, а Борису „приказал“ царство и свою душу в придачу. Окончательная редакция той же грамоты гласила, что царь оставил „на государствах“ супругу, а патриарха Иова и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками. Наиболее достоверные источники повествуют, что патриарх тщетно напоминал Федору о необходимости назвать имя преемника. Царь по обыкновению отмалчивался и ссылался на волю Божью. Будущее жены его тревожило больше, чем будущее трона. По словам очевидцев, Федор наказал Ирине „принять иноческий образ“ и закончить жизнь в монастыре».