Исследователь посвятил Средней Азии многие научные труды. Среди них обобщающая работа «Средняя Азия», выдержавшая три издания (1947, 1957, 1961), а также десятки статей, главы в коллективных трудах, в том числе, например, в таких капитальных изданиях, как том «Средняя Азия. Физико-географическая характеристика» (1958) и том «Средняя Азия» в серии «Природные условия и естественные ресурсы СССР» (1968), научным редактором которых был также Э. М. Мурзаев.
Со среднеазиатским направлением работ тесно связано и другое—физическая география Центральной Азии. В 1940— 1944 годах учёный ведёт полевые исследования в Монгольской Народной Республике.
Академия наук СССР издавна имеет прочные систематические контакты с научными учреждениями братской Монголии. Участие советских учёных в исследованиях природы этой страны— одна из форм этих контактов, помогающих в творческой научной —работе монгольским друзьям. Географические исследования природы Центральной Азии продолжают на новой основе и славную традицию отечественной науки, заложенную знаменитыми русскими путешественниками в историческом прошлом.
Общая протяжённость маршрутов Мурзаева по Монголии в течение четырёх лет — 26 тысяч километров. Не приводя здесь перечня этих маршрутов по отдельным годам, скажем лишь, что ими были охвачены различные районы страны, основные типы её природных ландшафтов. Путешественник проводил изыскания в Гоби и на высоких равнинах Восточной Монголии, в котловине Больших озёр и в горных районах — Монгольском Алтае, Хэнтэе, Хангае.
В экспедициях были собраны материалы, позволяющие охарактеризовать не только те или иные районы, географические объекты, отдельные типы ландшафтов, но и природу страны в целом — физическую географию всей Монгольской Народной Республики. Научные результаты монгольских исследований Э. М. Мурзаева — это путевые отчёты, статьи, карты и книги. Основной итог — монография «Монгольская Народная Республика. Физико-географическое описание». Этот труд, опубликованный в 1948 году, был удостоен Государственной премии СССР и в дополненном виде повторно публиковался в Советском Союзе и за рубежом. Конечно, создание такого труда потребовало наряду с использованием материалов, накопленных в собственных экспедициях, тщательного, всестороннего анализа совокупности всех прежних работ — описаний путешествий, различного рода специальных исследований. С этим связано написание ещё одной книги, озаглавленной «Географические исследования Монгольской Народной Республики» (1948). В ней дан общий исторический обзор всех сколько-нибудь существенных для науки путешествий и работ, начиная с XIII века вплоть до нашего времени.
Экспедиционные исследования природы Центральной Азии были продолжены Э. М. Мурзаевым во второй половине 50-х годов в Китае. К этому времени учёный уже выполнил ряд работ, относящихся к центральноазиатским территориям Китая. Но одно дело — знакомство с природой страны по литературным источникам, а другое — по собственным путевым наблюдениям. В 1956—1960 годах Э. М. Мурзаев в составе группы советских учёных принимает участие по приглашению Академии наук Китайской Народной Республики в Синьцзянской комплексной экспедиции Академии наук КНР.
Десятилетием ранее, во второй половине 40-х годов, с пустынями, оазисами и горами Синьцзяна, с крупнейшей азиатской пустыней Такла-Макан, с лабиринтом многочисленных русл реки Тарим, с блуждающим озером Лобнор и со многими другими примечательными географическими объектами этой части Азиатского материка Э. М. Мурзаев встречался неоднократно в ходе интересной и далеко не простой работы. Он был тогда научным редактором и комментатором первого в советское время переиздания трудов Н. М. Пржевальского о четырёх его путешествиях в Центральную Азию. Встречался он с этими объектами и позже, при написании общих обзоров физической географии Центральной Азии. Но всё это были встречи за письменным столом, в рабочем кабинете исследователя. Теперь он увидел и изучил многие из этих объектов в натуре во время своих синьцзянских маршрутов, общая протяжённость которых составила 33,5 тысячи километров (в эту цифру входят и повторные отрезки пути).
Конечно, 33,5 тысячи километров — цифра внушительная, впечатляющая. Всё же сам исследователь считал, что это и много и мало. Много потому, что удалось посетить районы, в прошлом труднодоступные и очень отдалённые, мало потому, что остались ещё и районы, не посещённые им, а их тоже хотелось бы видеть. Ведь сколько ни путешествовать по необозримым просторам азиатских пустынь, всегда останутся примечательные места, которые ещё следовало бы посетить.
В предисловии к своему капитальному труду, удостоенному премии имени В. А. Обручева Академии наук СССР, «Природа Синьцзяна и формирование пустынь Центральной Азии» (1966) Э. М. Мурзаев писал: «Главное, к чему стремился автор, — показать в работе взаимосвязи и взаимодействия природных процессов, протекающих в Синьцзяне — самой сухой области Азии. Раскрытие причинных связей и закономерностей, присущих географической среде Синьцзяна, представляется увлекательной задачей, хотя её окончательное решение — дело будущего».
Эти слова очень точно и отчётливо характеризуют общую направленность всех научных работ исследователя по региональной физической географии.
Работами в Синьцзяне завершается период многолетних экспедиционных исследований Э. М. Мурзаева в Средней и Центральной Азии, охвативший два десятилетия и ознаменовавшийся крупным научным вкладом в географическое познание Азиатского материка.
В 1963 году по просьбе Комитета наук ДРВ Институт географии Академии наук СССР командировал Э. М. Мурзаева в Демократическую Республику Вьетнам. Это была уже не длительная экспедиция, а сравнительно кратковременная зарубежная поездка, но она оставила глубокий след в памяти учёного и нашла отражение в его работах. Основная цель этой трёхмесячной поездки — научные консультации, дружеская помощь вьетнамским географам. Но конечно, в программу работы входили и географические маршруты в разные районы страны, ознакомление с её природой, ландшафтами.
Путешествию во Вьетнам посвящена одна из книг автора, относящихся к циклу его «Записок географа». Называется она «Путешествие в жаркую зиму» (1967). Вот что сказано в начале её, во вступительном обращении к читателю: «Эти записки рассказывают о мирных днях, проведённых в Демократической Республике Вьетнам. В конце 1963 — начале 1964 года мне довелось посетить многие города и селения страны, тогда ещё не знавшие ужасов войны. А теперь, когда слушаешь по радио и читаешь в газетах о бомбардировках удивительно чистого Виня, пальмового Донгхоя или просторного Тханьхоа, сердце наполняется горечью и гневом. Ведь я хорошо помню эти и другие города, где спокойно жил и трудился вьетнамский народ, полный смелых созидательных планов».
Книга написана с любовью к народу Вьетнама, с проникновенным вниманием к его повседневной жизни, культуре, обычаям, к природе вьетнамской земли, далёкой и всё же очень близкой советскому человеку.
С путешествием во Вьетнам связана и научная работа Э. М. Мурзаева «Географические названия Вьетнама». Самое заглавие этой работы напоминает об устойчивом интересе её автора к сложным, зачастую запутанным проблемам топонимики. О происхождении географических названий, их рождении, эволюции и закономерностях в распространении Э. М. Мурзаев читал лекции в Ханое, там же он вёл семинар, на котором обсуждались вопросы топонимики Вьетнама, в дискуссиях участвовали вьетнамские друзья учёного — географы, историки, языковеды.
С 40—50-х годов топонимика становится одним из основных направлений работ исследователя. Ныне и в этой области Э. М. Мурзаеву принадлежит значительный вклад. Им написано около 100 работ по вопросам топонимики (общее количество его работ приближается к цифре 600) и составлен совместно с В. Г. Мурзаевой первый в нашей стране «Словарь местных географических терминов» (1959).