Таким образом, к исходу 16 мая положение наших войск, державших оборону на подступах к переправам, несколько стабилизировалось.
Немцы прорвались как раз на участке стыка оборонительных позиций 44-й и 51-й армий. Поэтому 16, 17 мая Д.Т. Козлов трижды указывал командарму-44 на необходимость усилить этот стык. Командарму предлагалось связаться с действующим в том районе отрядом Ягунова и использовать его для указанной цели. Но сделать это не удалось [1; 47].
За 16 и 17 мая с пристаней Жуковка, Еникале, Опасное была перевезена на Таманский берег 41 тысяча человек [1; 47].
Не укреплённый, слабый стык между позициями 44-й и 51-й армий к концу 17 мая оказался всё же прорван. Немцы вышли на побережье пролива в районе Жуковка, Маяк. Однако отдельные группы обороняющихся продолжали оказывать яростное сопротивление противнику, используя для этого складки местности и развалины строений [1; 48].
Как уже упоминалось, к исходу 17 мая Военный совет Крымского фронта вместе с оперативной группой штаба с разрешения Ставки переправился через пролив. На Таманском полуострове в Кордоне Ильича был развёрнут командный пункт [1; 49], [25; 59], [26; 354].
17 мая противник стал теснить наши войска и на участке Аджимушкай, Колонка. Обороняющиеся сводные группы 44-й армии отходили в район Капканы, Еникале. Действовавший в данном районе бронепоезд № 74 пришлось взорвать [1; 50].
В ночь с 17 на 18 мая немцам удалось захватить высоты вокруг завода имени Войкова. Находящиеся на территории завода войска продолжали оборону, но эвакуацию с его пристаней пришлось прекратить, так как шквальный немецкий огонь с высот сделал её проведение невозможной [1; 50].
В эту же ночь на Тамань переправилось управление 44-й армии в количестве девятнадцати человек во главе с генералом С.И. Черняком [1; 50].
Отряд полковника П.М. Ягунова, с которым С.И. Черняк не мог связаться 16–17 мая, эти дни дрался в полном окружении, обороняя район посёлка Аджимушкай. Приказа на отход отряд не имел, да и сил для самостоятельного прорыва у него уже не было. Все попытки арьергардов 51-й армии пробиться на помощь отряду успехом не увенчались. После окончания эвакуации советских войск с Керченского полуострова остатки отряда полковника П.М. Ягунова ушли в Большие (Центральные) Аджимушкайские каменоломни и продолжали борьбу с гитлеровцами [1; 50, 63].
С 18 мая эвакуацию трудно было проводить в светлое время, так как вражеское кольцо вокруг остававшихся переправ Капканы и Еникале сжалось настолько, что суда подвергались уже не только бомбёжкам, артиллерийскому и миномётному, но и ружейно-пулемётному обстрелу [1; 50].
Днём 18 мая Д.Т. Козлов потребовал у адмирала А.С. Фролова закончить эвакуацию войск в ночь на 19 мая, для чего начальнику КВМБ необходимо было направить в Еникале все наличные суда и выехать туда лично. А.С. Фролов стал возражать, ссылаясь на невозможность руководства переправой из Еникале [1; 50]. На этот раз Л.З. Мехлис, находившийся на Керченском берегу, поддержал А.С. Фролова:
«Фролову организовать эвакуацию войск из любого места, обеспечивающего руководство переправой» [1; 50].
18–19 мая в руках обороняющихся осталась небольшая территория на берегу пролива около Еникале, Капканы. Вся она была разбита на сектора, за оборону которых отвечали полковники В.В. Волков, М.К. Зубков, Н.И. Людвигов, подполковник П.М. Татарчевский. Под их командой находились сводные отряды из остатков 77-й горнострелковой, 302-й и 404-й стрелковых дивизий, 95-го пограничного полка. Бои носили крайне напряжённый характер. Наши бойцы, отбивая наседающего противника, часто переходили в контратаки [1; 50-51].
19 мая небольшой плацдарм в районе Еникале обороняло около 3500 солдат, командиров и политработников, вооружённых стрелковым оружием и гранатами. Артиллерии у них уже не было. Правда, с противоположной стороны пролива обороняющихся поддерживала береговая артиллерия [1; 51].
Во второй половине 19 мая с пристаней Еникале было отправлено на Таманский берег командование 51-й армии [1; 51].
В ночь с 19 на 20 мая из района Еникале эвакуировались последние защитники, среди которых находился и представитель Ставки Верховного Главнокомандования, заместитель народного комиссара обороны армейский комиссар 1-го ранга Лев Захарович Мехлис [25; 59], [26; 354], [11; 281].