По-видимому, реформа корпуса в царствование Павла Петровича все же не устранила некоторых серьезных недочетов в деле подготовки офицеров флота, так как в рескрипте Александра I от 21 июня 1802 года на имя Морского министра адмирала Мордвинова говорилось: «По донесению Вашему о неисправностях и худому положении Морского кадетского корпуса, нашел я нужным определить в оный директором вице-адмирала Карцева». Михаил Бестужев в своих воспоминаниях о брате Николае, учившемся в период деятельности в корпусе Гамалеи, описывает положение вещей, значительно отличающееся от мрачной картины, нарисованной Штейнгелем. Николай Бестужев отзывался о Платоне Яковлевиче Гамалее как о благодетеле, о человеке которому он был обязан лучшей частью своего нравственного достояния. Пламенная любовь к науке, неутомимость в занятиях, «нрав тихой, ровной, кроткой… оттенок дружеский, – отеческой любви в обращении с кадетами» характеризовали этого замечательного педагога. «Любите науку, братцы, для самой науки, а не для того, чтобы надеть эполеты; невежда офицер похож на животного… под золотым чепраком с длинными ушами», – убеждал он выпускников-гардемарин. Но и Гамалея не смог сразу полностью наладить обучение в корпусе. Бестужев говорит, что в образовании, даваемом кадетам, «был какой-то хаос, отсутствие всякой системы, какое-то бессмысленное препровождение времени в классах… учебников никаких не было; каждый преподавал, что и как ему вздумалось по бестолковым запискам». Диктование этих записок занимало большую часть классного времени. Гамалея поставил себе за цель искоренить это зло и принялся за составление руководств по всем предметам наук, проходимых в корпусе. Свой труд он начал с астрономии, навигации и высшей математики. За этими курсами последовали учебники алгебры, теории и практики кораблевождения. Влияние Гамалеи на воспитанников корпуса было огромное. Бестужев передает со слов брата, что «мы нетерпеливо дожидались, чтобы бежать в класс к Платону Яковлевичу… с какой любовью и почтительным уважением мы смотрели на этого худенького, сгорбленного старика…»
Декабрист Д.И. Завалишин, поступивший в корпус в 1816 году, назначенный в третью роту, которой командовал капитан-лейтенант М. М. Геннинг, упоминает в своих «Записках», что ротный командир очень заботился об удобстве и доброкачественности обмундировки кадет. Однако, по-видимому, в других ротах дело обстояло далеко не так хорошо, как у Геннинга, так как в своих записках Завалишин пишет о неуклюжих и рваных мундирах, тесных сапогах, нечистом белье, грязных стенах и полах ротных помещений корпуса, неподведомственных его ротному командиру.
Состав преподавателей был по главным морским предметам на более высоком уровне по сравнению со временами Штейнгеля. Завалишин упоминает, что преподавателем высших математических наук, навигации и астрономии в его классе был Алексей Кузьмич Давыдов, флотский офицер, окончивший первым в своем выпуске. Состав корпуса в период Завалишина был очень многочислен – он пишет в своих воспоминаниях о тысяче человек обучавшихся. В это число он включает воспитанников училища корабельных инженеров и гимназии. Содержание учеников этих училищ было, по словам Завалишина, гораздо хуже, чем кадет и гардемарин корпуса. Они обедали после воспитанников корпуса. Относительно стола Завалишин говорит, что он был здоров, но далеко не роскошен, хотя Морской корпус, как и Пажеский, пользовался высшим окладом отпуска средств на пищу по сравнению с другими военно-учебными заведениями. Ржаной хлеб, квас и булки были отличного качества. Чаю не полагалось. Желающим разрешалось пить собственный, но в ротных помещениях чаепитие запрещалось, чтобы не возбуждать у других зависти, и пить чай ходили в людскую, где жили корпусные служители.
Из спорта процветало фехтование, а зимой – катание на коньках на корпусном катке, причем катались в одних мундирах, без шинелей. Танцам обучались все, а музыке – только желающие. Оркестр корпуса считался в то время лучшим в Петербурге. Летом кадеты выходили в лагерь на Лагерном дворе корпуса, а гардемарины шли в плаванье в две смены. Корпусные помещения содержались хорошо. Стены белились каждый год. Полы красили также ежегодно.
По утверждению Завалишина, по всем общеобразовательным предметам, за исключением математики, учителя были крайне неудовлетворительные. В это время было два инспектора классов: один по иностранным языкам, другой по всем остальным наукам. Должность первого при Завалишине занимал граф Лаваль, «один из первых чинов двора». Надзор за порядком преподавания был настолько слаб, что некоторые учителя совсем не ходили в классы. Особенно грешили этим учителя английского языка. Один из последних, некто Руммель, никогда не появлялся на утренние уроки. Один из учителей французского языка читал кадетам вместо своего предмета лекции по политической экономии, сообщал политические новости и даже обучал желающих латинскому и итальянскому языкам. Отношения между учителями иногда были крайне враждебными, и они переругивались между собой, совершенно не стесняясь воспитанников. Так, преподаватель французского языка, притворив дверь в соседний класс, кричал учителю немецкого: «Белоус, синеус, красноус, черноус». Тот не оставался в долгу и кричал в ответ: «Пудель ты итальянский, французская собака ты проклятая» и, вскочив с места, бросался к двери. Преподаватель русского языка ограничивался заданием тем для сочинений и не умел внушить кадетам основных правил грамматики.