«Нас держат в жестокой осаде, если вы не придете [в ответ]’ на наши вопли, то дело кончится плохо. Самарканд был взят силами Андижана; если Андижан останется в ваших руках, то, с помощью божией, можно будет овладеть также и Самаркандом» [БН, л. 526, 53а].
Пробыв в Самарканде 100 дней, Бабур был вынужден оставить его. Но, добравшись до Ходжента, он узнал, что Андижан: захвачен Узун Хасаном, а его покровитель и духовный наставник Ходжа-кази взят в плен и казнен. Самарканд тем временем занял Султан Али и утвердил там свою власть. В Ход-женте была установлена власть Мухаммада Хусейн-гургена, в--Фергане торжествовали эмир Узун Хасан и его сторонник Султан Ахмад Танбал.
Около двух лет метался Бабур между Самаркандом и Андижаном, но овладеть ни тем, ни другим городом ему не удавалось [см., например: БН, л. 54а, 556, 586, 59а].
Однако власть Узуна Хасана в Фергане не была прочной. В Андижане, Аксы и Оше то и дело вспыхивали народные восстания [БН, л. 62а, 636]. Это было вызвано тем, что население, особенно крестьянство, подвергалось жестокой эксплуатации. Обремененные всевозможными налогами и трудовыми повинностями, которые в это время значительно возросли, жители Ферганы страдали от произвола и злоупотреблений чиновников Узуна Хасана.
Недовольство народных масс Аксы привело к всеобщему восстанию, которое возглавил Хасан Декча, принадлежавший, по всей вероятности, к среднему сословию. Выступление простого народа поддержали отдельные представители имущего-класса, недовольные внутренней политикой правящей верхушки. Гарнизон Узуна Хасана заперся в городской цитадели [БН, л. 62а]. Хасан Декча, благожелательно относившийся к Бабуру, пригласил в город его военачальников.
Массовое восстание населения произошло и в Андижане. Брат Бабура, Насыр-мирза, ловко использовал его в своих целях. Взяв инициативу в свои руки, он направил силы восставших на свержение власти Узуна Хасана. Ему удалось разбить войско врага его брата и захватить город, который потом был сдан Бабуру.
Вторичное воцарение Бабура в Андижане историки датируют месяцем зуль-каада 904 г. х. (июль 1499 г.).
Однако борьба за власть в Андижане между Бабуром и другими претендентами на этом не прекратилась. Главным соперником Бабура оказался теперь его брат Джахангир-мирза, которого поддерживал Султан Ахмад Танбал.
Война между братьями и поддерживавшими их феодальными группировками, в которой ни одной из сторон не удавалось добиться решающего перевеса, принесла много страданий населению страны.
Страшному опустошению подверглись земледельческие районы, остро ощущалась нехватка зерна и продовольствия.
В сложившейся ситуации часть феодальной знати, представителями которой были эмиры Бабура Али Дуст-тогай и Кан-бар Али-бек, начала переговоры с группировкой Джахангира. В результате в конце февраля 1500 г. стороны заключили мирное соглашение, в соответствии с которым Ферганский удел был разделен между Бабуром и Джахангиром. Границей между владениями братьев стала Сырдарья. Земли на север от реки с центром в Аксы получил Джахангир, а южный берег ее с центром в Андижане — Бабур [БН, л. 74а].
Тем временем Шейбани-хан захватил пограничную крепость Отрар и города Саурана и Ясы (ныне г. Туркестан) и стал угрожать Самарканду. В 1500 г. после неудачной попытки овладеть Самаркандом Шейбани-хан разгромил города Карши и Шахрисабз. Затем ему удалось разбить у крепости Дабуссии (развалины этой крепости находятся близ станции Зияуддин) войско шедшего на выручку самаркандцам наместника Бухары Мухаммада Баки-тархана и захватить сам город. Весть о взятии Бухары Шейбани-ханом усилила раздоры среди правящей верхушки Самарканда. Ряд эмиров, недовольных политикой Султана Али, обратились за помощью к Бабуру. Однако сын Ходжи Ахрара, Ходжа Яхья, являвшийся фактическим правителем города и заинтересованный в сохранении своих привилегий J0, выступил со своими приверженцами в защиту Султана Али. Все же острая нехватка хлеба, недовольство народа и раскол в правящей верхушке вынудили Султана Али начать переговоры с Шейбани-ханом.
Но было еще одно весьма важное обстоятельство, приведшее Султана Али к этому шагу. По данным историков, правитель Самарканда Султан Али был только номинальным хозяином страны, в действительности же власть находилась, как мы отмечали выше, в руках Ходжи Яхьи, а также Мухаммада Мазид-тархана, а в Бухаре (до взятия ее Шейбани-ханом) полномочным хозяином был Мухаммад Баки-тархан. Он, по сообщению Мухаммада Салиха, управлял еще Каракулем и Керми-не и. Бабур отмечает, что из доходов бухарской земли он никому ничего не давал [БН, л. 766]. Так же вел себя в Самарканде Мухаммад Мазид-тархан. Во всех округах города ключевые должности занимали его родственники и ставленники. Султан Али получал лишь небольшое содержание. Вот почему Бабур полагал, что в решении Султана Али известную роль сыграли сложившиеся отношения между ним и его эмирами.