Когда Ходжа Яхья и Мухаммад Мазид-тархан узнали об этом намерении Султана Али, они спешно снарядили своих представителей к Бабуру, чтобы предложить ему напасть на Самарканд. Однако Бабур опоздал. К 1500 г. при содействии Султана Али Самарканд был без боя сдан Шейбани-хану. Но властитель кочевых узбеков и не собирался щадить Султана Али. Началась жестокая расправа с Тимуридами, погиб и сам Султан Али. Все это послужило поводом для заговора группы влиятельных эмиров, целью которого было изгнать Шейбани-хана из Самарканда.
Заговорщики во главе с шейхом Абул-Макаррамом впустили в город Бабура, который внезапно атаковал гарнизон Шей-бани-хана, разбил его и стал полновластным хозяином Самарканда. Сам Шейбани-хан, находившийся в это время в Кани-Гиле, был вынужден отступить в Туркестан.
Вторичный захват Бабуром Самарканда историки датируют 906 г. х. (1500). Но и на этот раз Бабур продержался у власти недолго.
Хорошо осведомленный о ситуации в Мавераннахре, Шейбани-хан весной 1501 г. начал стремительное наступление на Самарканд. Его армия была снаряжена гораздо лучше армии Бабура. Кроме того, Бабур не получил помощи, обещанной ему могольским ханом Султаном Махмудом. Несмотря на это, он собрал войско и с незначительными подкреплениями из соседних областей выступил навстречу врагу. В апреле 1501 г. в местности Сери-Пул произошла битва, судьбу которой решил примененный Шейбани-ханом маневр «тулгама», т. е. охват флангов противника с последующим ударом в тыл. Бабур потерпел поражение и был вынужден укрыться за стенами Самарканда. Началась осада, которая длилась четыре месяца. В «Бабур-наме» рассказывается об активном участии в обороне города простых горожан, об их смелых вылазках против врага. Все же голод оказался сильнее.
Историографы Шейбани-хана Мухаммад Шади и Мухаммад Салих рассказывают о неслыханных страданиях населения Самарканда. Как сообщает Мухаммад Шади, были случаи, когда жители не брезговали есть собачье мясо, а собаки — человечье. С мечетей вместо слова «Аллах» произносили слово «хлеб». С этим же словом на устах умирали и старые и молодые 12.
Вот что рассказывает сам Бабур:
«Настала уже пора созревания хлебов, однако никто не привозил нового хлеба. Дни осады продлились, и люди терпели большие лишения, дошло до того, что бедные и нуждающиеся стали есть собачье и ослиное мясо. Так как корм для коней сделался редкостью, то люди давали коням листья деревьев. При этом по опыту оказалось, что из всех листьев лучше всего годятся для коней листья тута и карагача. Некоторые строгали сухое дерево, бросали стружки в воду и давали коням» [БН, л. 936]. В городе начались грабежи, для охраны имущества состоятельных жителей была выставлена стража.
Бабур понял, что в создавшейся обстановке удержать город в своих руках ему не под силу. Покинув Самарканд, он с остатками войска прибыл в Ташкент, где правил его дядя Султан Махмуд, и обратился к нему с предложением о совместных действиях против Шейбани-хана: «У нас появился такой враг, как Шейбани-хан; вред от него одинаковый и для тюрков, и для моголов; подумать о нем нужно теперь, пока он не совсем захватил наш удел и не очень возвысился» [БН, л. 1016].
Бабур подробно описывает свой приезд в Ташкент и рассказывает о тех усилиях, которые ему пришлось приложить, чтобы объединить силы своих родственников для борьбы против Шейбани-хана. Благодаря его стараниям был заключен военный союз Султана Махмуда с правителем Кашгара Султаном Ахмад-ханом. Они решили сначала обеспечить безопасность внутри страны, положить конец двоевластию в Фергане, разгромив узурпировавшего власть в Андижане Султана Ахмада Танбала.
В 1503/04 г. 30-тысячная армия союзников выступила в Фергану (БН, л. 1036] 13. Получив в пути весть о том, что Султан Ахмад Танбал оставил Андижан и сосредоточил свои силы в более укрепленной крепости, они отправили Бабура в Ош и Узгенд, чтобы нанести удар по врагу с тыла.
Однако этот шаг союзников вынудил Султана Ахмада Танбала обратиться за помощью к Шейбани-хану, для чего он отправил к нему своих братьев Бек Тельбы и Шах Баязида 14. Шейбани-хан дал согласие. Он сразу выступил из Самарканда, куда только что вернулся после похода на Хисар, и, проведя свое войско через Ура-Тюбе, Шахрухию, Ходжент, Канибадам, Нусух и округ Хакан, достиг селения Архиен под Ташкентом, где и дал сражение могольским ханам.