В то время как войска Бабура двигались в направлении Хисара, султаны кочевых узбеков Кучкунчи-хан, Джанибек-сул-тэн и Суюнч-хан совершили нападение на Касан. Гарнизон Султана Саид-хана при поддержке жителей города (Мухаммад Хайдар употребляет термины халк и авам-ан-нас — соответственно «народ» и «простой народ») оказал отчаянное сопротивление. Тем не менее вражеским войскам удалось разрушить часть крепостных стен. Одновременно на Андижан напал кашгарский хан Абу Бекр, который до этого захватил Ош и Узгенд 46.
Однако, несмотря на численное превосходство противника, Султан Саид-хан разбил войско кашгарского хана, чему в немалой степени способствовала активная поддержка широких народных масс.
Одновременно узбекские султаны, узнав о поражении Абу Бекра и отчаявшись добиться успеха, сняли осаду Касана.
После неудачи кочевых узбеков под Касаном и утверждения в Андижане власти Султана Саид-хана Бабур выступил из Кундуза в Хисар, где в то время находились Хамза-султан, Махди-султан и Мамбак-султан, на помощь к которым прибыл еще Тимур-султан47. Получив сообщение о продвижении Бабура в Хисар, они немедленно отправили гонцов в Самарканд и Бухару, для того чтобы как можно быстрее собрать силы для отпора противнику 48.
К этому времени борьба за власть среди узбекских султанов прекратилась, основные разногласия были урегулированы: вместо Суюнч-хана верховным правителем объявили Кучкунчи-хана. Узнав о наступлении Бабура, военачальники кочевых узбеков Севинчак-султан, Джанибек-султан, Убайдулла-хан н другие собрались в Карши на совет, чтобы обсудить вопросы, связанные с обороной Мавераннахра. Тем временем войско Бабура дошло до реки Сурхаб и остановилось у моста Пул-и Сангин. С другой стороны моста стояли отряды Хамзы-султана и Махди-султана. Только через месяц, усыпив бдительность противника, Бабур решился дать сражение. Оно закончилось полным поражением кочевых узбеков.
Автор «Тарих-и Рашиди», бывший очевидцем битвы, основной причиной успеха Бабура назвал неудачно выбранную кочевыми узбеками позицию. Их лагерь, например, был расположен далеко от реки, в низине, его окружали горы, а узкие горные тропы ухудшали маневренность войск и затрудняли отступление.
Атака армии Бабура, отборный отряд которой возглавлял Мирза-хан, оказалась для кочевых узбеков неожиданной. Начавшись после полудня, к вечеру сражение закончилось. Хамза-султан, Махди-султан и некоторые другие военачальники были захвачены в плен. Бабур «сделал с ними то же самое, что Шейбаниды сделали с ханами моголов и султанами чага-тайцев»49, т. е. казнил. Победители долго преследовали противника. После битвы у Пул-и Сангина Бабур уже не встречал серьезного сопротивления.
Теперь армия Бабура двинулась на Карши, где укрепился Убайдулла-хан. Подойдя к городу и убедившись, что он хорошо укреплен, Бабур решил не осаждать его, а попытаться захватить другие, менее защищенные города. Когда же эта задача будет выполнена, изолированный и оставшийся без союзников Карши не сможет долго сопротивляться. Поэтому он повернул свою армию в Бухару, где, по его сведениям, гарнизон был небольшой. Однако Убайдулла-хан, догадавшись о замысле Бабура, оставил Карши и, опередив Бабура, успел войти в Бухару первым.
Но в самый решительный момент, когда войска Бабура вступили в окрестности Бухары, Убайдулла-хан не принял боя, оставил город и ушел в Туркестан. Вслед за ним отступили в Туркестан и узбекские войска, находившиеся в Самарканде.
Махмуд бен Вали50 объясняет паническое отступление узбекских войск крайней непопулярностью Шейбанидов в Ма-вераннахре, население которого сохранило симпатии к представителям династии Тимура. Бабур торжественно вступил в Самарканд51. Как выразился Мухаммад Хайдар, такого величия и пышности, с которыми вошел в Самарканд Бабур, еще не видели человеческие очи 52. Воцарившись в Мавераннахре, Бабур первым делом щедро наградил своих союзников и приближенных. Мирза-хан получил Хисар, Хутталан и Бадахшан, т. е. удел своего отца Султана Махмуд-мирзы, Фергана досталась Султану Саид-хану, в Бухаре правителем стал Ширим-тогаи53, остальные области Мавераннахра Бабур оставил себе 54.
На первый взгляд положение Бабура выглядело прочным. Шейбаниды вроде бы отказались от притязаний на Маверан-нахр и находились далеко, в степях Туркестана, а других соперников не было. Отношение населения к новому правителю казалось абсолютно лояльным. Однако это благополучие было призрачным.
Власть Бабура распространялась на сравнительно небольшую территорию, но и здесь он не был полноценным хозяином. Исполняя обещание, данное иранцам, Бабур приказал провозглашать хутбу и отчеканить монеты на имя шаха Исмаила и двенадцати имамов. Но так как подавляющее большинство населения Мавераннахра исповедовало ислам суннитского толка, а шах Исмаил был шиитом, эти меры Бабура были восприняты весьма болезненно.