Уверенный в своих силах, Убайдулла убеждал своих родичей поддержать его и вместе выступить против Бабура. Однако те отреагировали на этот призыв отрицательно. Одни просто посмеялись над Убайдуллой, другие пытались доказать ему, что этот поход непременно окончится неудачей 61.
В апреле 1512 г. Убайдулла во главе пятитысячного отряда 62 выступил из Аркука и через несколько дней уже был в Гиждуване. Оттуда он двинулся на Бухару. Наместник Бухары укрылся в крепости.
Узнав о выступлении Шейбанидов, Бабур разделил свое войско на две части и отправил один отряд к Ташкенту, где сидел назначенный им правитель Ахмад Касим Кухбар, а са?н с 40-тысячным войском 63 двинулся в Бухару. По свидетельству не вполне беспристрастного Фазлуллаха бен Рузбехана, армия Бабура в походе шла нестройно, толпой, как будто направлялась на охоту64. Убайдулла, видимо опасаясь вступать в бой, оставил свои позиции под Бухарой и отступил в пределы Хайрабадского тумана. При первых сообщениях об уходе Убайдуллы бухарский наместник принялся слать гонца за гонцом к Бабуру, убеждая того поторопиться, чтобы настичь кочевых узбеков. Наконец у озера Кули-Малик, между Хайраба-дом и Каракулем65, противники встретились, и 28 апреля 1512 г. произошел решающий бой. Результат его оказался совершенно неожиданным: «общипанные воины Убайдуллы, которые восемь месяцев тому назад опрометью бежали от Бабура... теперь наголову разбили великолепное войско на конях в полном вооружении» 66. По словам Фазлуллаха бен Рузбехана 67, Бабур, задумав окружить противника, не заметил контрманевра Убайдуллы и сам оказался обойденным.
После битвы при Кули-Малик Бабур отступил в Бухару. Проведя ночь в арке, он на рассвете с величайшей поспешностью уехал в Самарканд, где также не рискнул задержаться. По образному выражению автора книги «Сулук-ул-мулук», «восседавший [раньше} в полном великолепии на прекрасном коне, Бабур [теперь] верхом на верблюде должен был галопом нестись в Самарканд» 68. Собрав своих приближенных и домочадцев, он навсегда покинул столицу Мавераннахра, в которой на этот раз пробыл восемь месяцев.
В. В. Бартольд, касаясь причин этого поражения Бабура, указывает на его чрезмерную беспечность во время наступления войск Убайдуллы-хана69. А. А. Семенов по этому поводу пишет: «Трудно сказать, какие были причины столь необычайного факта полного разгрома ничтожным отрядом узбеков армии, в 10—15 раз превышавшей численностью своего противника, причем ни у той, ни у другой стороны не было огнестрельного оружия и орудий, сражались в конном строю только холодным оружием». И далее: «Может быть, видную роль в этом сыграли всегда вероломные, беспринципные и нестойкие в бою моголы, с которыми судьбе суждено было связать Бабура» 70.
Как уже указывалось, армия Бабура, прибывшая в Маве-раннахр, была разношерстной. Подавляющее большинство ее состояло из отрядов шаха Исмаила, примкнувших к Бабуру в Бадахшане, а также моголов, которые до этого служили у Шейбани-хана и после его поражения под Мервом в 1510 г. перешли к Бабуру. Сравнительно небольшое количество составляли чагатайцы, представители горных племен и других народностей Афганистана, которых Бабур набрал в Кабуле перед походом в Мавераннахр. После установления господства Бабура в Самарканде выявились острые противоречия между иранскими военачальниками и местной феодальной и духовной знатью. По косвенным данным можно предположить, что сам Бабур, хотя и соблюдал лояльность по отношению к шаху Исмаилу, одновременно в какой-то форме и выражал недовольство действиями кизилбашей. Так, один из военачальников шаха, служивших в армии Бабура, по имени Мухамма-джан, сообщал своему повелителю, что Бабур после победы над Самаркандом и Бухарой стал высокомерным и намеревается порвать союз с Ираном71. Получив это сообщение, Исмаил Сефеви в начале 1512 г. отправил в Мавераннахр эмира Наджима Сани во главе сильного отряда, по-видимому для того, чтобы принудить Бабура к полному повиновению.
Тем временем армия Убайдуллы-хана захватила Бухару и Самарканд и, преследуя Бабура, двигалась в Хисар. Поэтому Наджим Сани вопреки своим первоначальным замыслам вынужден был сосредоточить все силы для отпора Убайдулле-хану. Он обратился к Бабуру с просьбой объединить их войска, тот дал согласие, и у Дарбанд-и Ахании они встретились. Борьба с кочевыми узбеками возобновилась. Однако союз Бабура с шахом Исмаилом становился все более непрочным. Жестокая расправа с мирным населением захваченного у кочевых узбеков Карши, которую учинил Наджим Сани, окончательно оттолкнула Бабура от иранцев.