Чтобы добиться отставки Амиранте, кардинал Портокарреро обвинил его в том, что он "околдовал" короля859, и при сообществе генерального инквизитора Ж. Тома де Рокаберти, попытался заточить Амиранте в тюрьму Св. Уффици, вместе с королевой Марией-Анной. Смерть инквизитора, с одной стороны, энергия королевы, сумевшей защитить себя и своего друга, — с другой, помещали этому. Тем не менее Амиранте был лишен титула Великого Кабальеро, а Людовику XIV посоветовали добиться его изгнания.
Второй брак Амиранте продлился недолго — его жена умерла 16 декабря 1698 г. Тогда он обратил свои взоры на королеву860, а она, со своей стороны, наверно, не отвергла его. Амиранте истратил огромные суммы, чтобы понравиться Марии-Анне. Он устраивал праздники и спектакли всему двору и городу, ради одной королевы861. Он был красив862, и тем более нравился ей, что обладал природным даром художника, скульптора и музыканта. Он говорил на нескольких языках, что в то время было в Испании большой редкостью, любил окружать себя учеными и искал их общества863. Что касается королевы — она была высокой, хорошо сложенной женщиной, белизна ее кожи подчеркивалась светлыми волосами, образующими вокруг нее очаровательный ореол красоты864. Она блистала умом и эрудицией, и была рада найти в нем те же качества, которыми обладала сама. Ощущая себя в изгнании, окруженная строгими запретами, она не отклонила дружбу и любовь Амиранте. Новейшие работы о том времени считают достоверным тот факт, что между ними, действительно, завязался любовный роман865.
1700 г. был для Испании трагичным. Карл II умирал866, никакой наследник не был назначен, несмотря на то, что наследство было прекрасным: Испания, Королевство обеих Сицилии (Юг Италии с Сицилией), Тоскания, Миланская область, Сардиния, а также самые плодородные земли Америки. Тогда вокруг Карла 11 началась беспощадная борьба, и неизвестно было, чья возьмет: Австрия или Франция.
Верх одержала Франция благодаря интригам кардинала Портокарреро867. Договор, составленный в строжайшей тайне государственным секретарем Антоном де Убиллой, был предложен королю на подпись 20 октября в полдень в Буэн-Ретиро. А 1 ноября в 3 часа дня Карл II умер868.
Под именем Филиппа V герцог Анжуйский начал свою деятельность с того, что попытался привлечь на свою сторону испанскую знать869. Одним из первых был Амиранте, и, несмотря на сопротивление кардинала Портокарреро, его назначили чрезвычайным послом при Людовике XIV. Но архиепископ Толедский добился изменения города назначения и должности на должность простого посла. Гордый Амиранте, оскорбившись, что ему предлагают то, что он рассматривал как изгнание, стал готовиться к отъезду, отчитав при этом и кардинала Портокарреро, и королеву Марию-Луизу, жену Филиппа V, правившую в его отсутствии (он был в Италии) и даже (в 1702 г.) самого короля.
Вдовствующая королева Мария-Анна давно уже была вынуждена покинуть Мадрид из-за вражды архиепископа Толедского870. Она пожаловалась Филиппу V. Тот ответил, чтобы она выбрала себе испанский город по своему вкусу, "среди тех, которые он ей предложит"871. Несмотря на это, кардинал Портокарреро отправил ее в Толедо, обещав верность872.
Тем временем Амиранте предпринимал большие, но медленные шаги для того, чтобы добраться до места назначения. "Он уехал позже (13 сентября 1702 г.) и двигался черепашьим шагом. Его сопровождали его незаконнорожденный сын (?), несколько доверенных вельмож873 и его исповедник — иезуит Сиенфуэгос874. Взял он с собой все драгоценные камни, все, что мог, из cepeбpa87S; остальные деньги и вещи876 спрятал в надежном месте. Приблизившись к Наварре, он исчез вместе со своими спутниками и обходными путями, на которых у него заранее были оговорены переправы, добрался до границы Португалии раньше, чем новость о его побеге дошла до Мадрида, так что догнать его никто не успел"877.
По прибытии в Лиссабон, он встал на сторону императора и австрийского дома, которому пообещал оказать поддержку. Говорят, тогда он и вспомнил о некоторых правах своей семьи на перуанскую корону, через своего племянника, потомка инков878.