Но премьер все еще надеялся, что Касадо одумается и вместо того, чтобы арестовать заговорщиков, собрал 2 марта в Эльде совещание высшего военного командования для обсуждения основных положений своей программной речи о целях правительства, с которой он намеревался выступить 6 марта. На этом же совещании было заявлено о перестановках среди военных. Расформировывалась группа армий центрально-южной зоны и все командующие армиями (с которыми уже успел договориться Касадо) переходили в непосредственное подчинение военного министра, т. е. самого Негрина. Миаха получил должность генерального инспектора армии (пост скорее церемониальный). Матальяна становился начальником штаба армии Центра, а Касадо — начальником Генерального штаба. На место Касадо командующим армией Центра назначался подполковник — коммунист Буэно (бывший командующий 2-м корпусом армии Центра). Модесто получил еще несформированную Маневренную армию, а Листер — Андалусский фронт. Другой видный коммунист-военачальник Франсиско Галан должен быть принять командование над главной базой ВМС в Картахене.
Группа Касадо поняла, что она лишается реальной власти в вооруженных силах и начала распространять слухи о коммунистическом перевороте в Народной армии. Медлить с путчем заговорщикам было нельзя еще и потому, что в своей предстоящей речи Негрин хотел подробно рассказать обо всех усилиях правительства по достижению почетного мира и о негативной реакции Франко на все эти инициативы. На совещании 2 марта премьер зачитал проект своего выступления, который звучал очень убедительно и, несомненно, укрепил бы в рядах республиканцев волю к сопротивлению.
Свой первый удар заговорщики решили нанести в Картахене. Однако капитулянты не знали, что параллельно в этом городе зрел мятеж «пятой колонны». Еще 10 февраля СИМ напала на след франкистских заговорщиков и произвела среди них аресты. Но затем часть арестованных снова по непонятным причинам выпустили на свободу, из чего те сделали вывод о полном параличе государственной власти в Картахене.
2 марта 1939 года командующий ВМС адмирал Буиса собрал на борту флагмана флота «Мигель де Сервантес» совещание высшего командного состава и комиссаров (членов ИСРП) на котором сообщил, что военное командование дало Негрину 24 часа, чтобы закончить войну. Если премьер не примет ультиматум, то флот покинет Испанию. Это было уже открытое неповиновение.
3 марта Негрин направил в Картахену министра внутренних дел и видного политика ИСРП Паулино Гомеса. Услышав от флотского командования, что все пропало и надо сдаваться, министр справедливо заметил, что этот вопрос должны решать те, кто рискует своими жизнями в Мадриде и Эстремадуре, а не те, кто всю войну просидел «в уютных каютах». Ни Гомесу, ни посланному позднее Главному военному комиссару Оссорио-и-Тафалю не удалось добром образумить капитулянтов.
4 марта в Картахену прибыл новый командующий базой Галан, имевший от Негрина указание «договариваться, договариваться, договариваться». Именно поэтому Галан нарушил указание своего партийного руководства и оставил под городом приданную ему 206-ю пехотную бригаду. Бывший командующий базой Бернал был пассивен и, не сопротивляясь, передал полномочия Галану. Дело было в том, что перед самым приездом Галана командующему базой позвонил из Мадрида ближайший сподвижник Касадо Матальяна и сообщил, что переворот переносится на 6 марта.
Но тут решила выступить «пятая колонна». Франкистские заговорщики под руководством начальника штаба ВМС Фернандо Оливы арестовали Галана и вывели на улицу морскую пехоту и артиллеристов флота. Утром 5 марта в Картахену прибыл отставной генерал Баррионуэво Нуньес и, обосновавшись в артиллерийском парке, взял руководство мятежом на себя. На улицы высыпали вышедшие из подполья фалангисты, которым в начавшейся неразберихе удалось захватить радио Картахены. Уже к концу дня 4 марта путчисты контролировали город и с криками «Вива Франко!» арестовали более 3000 сторонников республики. Командующий флотом Буиса потребовал от мятежников освободить Галана, угрожая огнем с кораблей. Мятежники вынуждены были подчиниться, но запретили Галану покидать пределы Картахены.
С утра 5 марта береговые артиллерийские батареи в свою очередь потребовали от кораблей ВМС сдаться в течение 15 минут. Но за ультиматумом стрельбы не последовало, так как путчисты уже вызвали по радио десантные корабли франкистов и авиацию, чтобы захватить Картахену вместе с флотом. Прилетевшие вскоре итальянские бомбардировщики потопили два эсминца. В середине дня в порт на автомобиле прибыл Галан в сопровождении нескольких офицеров. Они заявили, что город в руках Франко, а Негрин приказал не проливать больше крови. После этого адмирал отдал приказ всей эскадре из 11 боевых кораблей выйти в открытое море, чтобы не попасть в руки мятежников. Галана взяли на один из кораблей. Его попытки задержать выход флота ни к чему не привели. Были арестованы все коммунисты — члены экипажей, возражавшие против ухода флота из Картахены.
Но уже утром 5 марта в Картахену на грузовиках ворвались поднятые руководством КПИ передовые части 206-й бригады, которые были обстреляны восставшими. Тогда бойцы бригады с помощью местных коммунистов и прибывших из учебного центра Арчена нескольких танков перешли в решительное наступление, отбили у мятежников радиостанцию флота и с боями дошли до центральных улиц. Весь день 5 марта в Картахене шла ожесточенная борьба. Утром 6 марта правительственные войска сняли блокаду с героически оборонявшегося местного комитета КПИ. Окопавшиеся в артиллерийском парке 2000 путчистов вынуждены были сдаться в течение этого дня. Один из их командиров взорвал себя гранатой с криком «Вива Эспанья!».
Негрин срочно приказал Буисе вернуть флот на базу. Но почти одновременно адмирал получил ложное сообщение Касадо, что артилерийские батареи Картахены все еще находятся в руках восставших. После этого Буиса продолжил движение на Алжир, где французские власти приказали эскадре следовать в Бизерту (в этом же тунисском порту нашли в 1920 году свой последний причал остатки белого флота армии генерала Врангеля). Там корабли были разоружены, а 4000 моряков направлены в лагерь для интернированных лиц в Сахару. В лагере остался и Буиса, вступивший в начале Второй мировой войны во французский Иностранный легион, чтобы на полях сражений загладить свою вину.
Потеря флота еще больше подорвала позиции Негрина. И на этом фоне не слишком обрадовало потопление в Картахене десантного корабля мятежников «Кастильо де Олите» с 3500 солдатами на борту (400 франкистов было взято в плен). Франко отдал приказ о десантной операции в Картахене еще 5 марта. Корабли вышли в море, но, поняв, что главная база ВМС вновь оказалась в руках республиканцев (самолеты мятежников были обстреляны зенитными батареями города), «генералиссимус» по радио приказал десантной группировке вернуться обратно. Но на «Кастильо де Олите» не было рации, что и решило его судьбу. Помимо войск и артиллерии, на потопленном корабле находился и специальный трибунал, который планировал немедленно приступить к расправам над сторонниками республики.
Последние очаги мятежа в Картахене были подавлены 8 марта, а его руководитель Барринуэво был взят в плен. Провал путча показал франкистам, что республика готова оказывать действенное сопротивление и будущее генеральное наступление не будет легкой прогулкой.
Негрин созвал совещание правительства с участием высших военных чинов в Эльде. Но Касадо отказался прибыть, ссылаясь на плохое здоровье (у генерала подозревали язву желудка и он действительно время от времени соблюдал постельный режим), и удерживал в Мадриде нескольких министров, убеждая их, что война проиграна. Негрин послал за Касадо и членами кабинета самолет, но на нем вернулись только министры.
А Касадо направился с Бестейро и другими заговорщиками в капитальное здание Министерства финансов, в подвалах которого и разместился штаб путчистов (они боялись бомбежек находившейся в руках коммунистов авиации). Касадо прямо сказал собравшимся, что восстал против правительства Негрина. А это самое правительство в 9 часов вечера 5 марта прервало свое заседание на ужин.