Отделение церкви от государства и школы от церкви вызвало отрицательную реакцию духовенства. Она усиливалась по мере развертывания при Республике развязной и крикливой антирелигиозной пропаганды, поощряемой вождями республиканцев, преклонявшимися перед светской Французской Республикой. Их кумирами были одиозные среди верующих личности: Вольтер, Мирабо, Дантон, Клемансо.
Пример показывал закоренелый враг католической иерархии, премьер-министр Асанья. В кортесах и на митингах он твердил, что решительных мер против религии и церкви требует «общественное здоровье». На местном уровне развернулись массовые антицерковные бесчинства. Тон в них обычно задавали анархисты, но от них мало отставали каталонские националисты, социалисты и коммунисты.
Погромы и поджоги храмов и монастырей, их осквернение, сожжение икон, оскорбления верующих и духовенства, изнасилование монахинь («превращение в невест революции») имели место и при монархии. Однако в то время бесчинства быстро и жестоко пресекались силами правопорядка. Теперь же власти большей частью бездействовали, потворствуя безбожникам. Полиция и пожарные команды откровенно медлили с выездом к пылающим храмам.
Духовенство и большая часть верующих масс, особенно в глубинке, в короткий срок превратились во врагов Республики. Верующие все чаще слушали рассуждения приходских священников о захвате власти «сатанинскими силами».
Правители Республики не могли да и не хотели налаживать сотрудничество с влиятельными военными кругами. Такая возможность была, когда бывший король из эмиграции — и это делало ему честь — призвал военных к верности новому строю. Почти все офицеры тогда присягнули Республике. Но Республика заняла столь решительную антимилитаристскую позицию, что ее можно было истолковать как антипатриотическую и антиармейскую. Правительство снизило военные расходы, урезало военные пенсии, аннулировало служебные преимущества «африканистов», уволило со службы часть престарелых офицеров. Оно запретило богослужения в армии и закрыло созданную при Альфонсе XIII единственную в стране Сарагосскую военную академию. Высвободившиеся (не особенно большие) средства Республика направила на нужды образования и социальной помощи.
Многие из предпринятых мер были необходимыми и назревшими. Но их претворяли в жизнь безо всяких предварительных объяснений, в спешке. Многие испанские военные поэтому увидели в политике нового правительства сознательное и незаслуженное оскорбление вооруженных сил. К тому же почти все офицеры были дворянского происхождения, и их вместе с грандами страшила грядущая земельная реформа. Солдат же, выходцев из глубинки, раздражала антирелигиозная политика новой власти.
Пацифистская Республика стала непопулярной в армии. Военные стали первыми, кто открыто бросил вызов новому строю.
В 1932 году группа офицеров и грандов-монархистов во главе с «африканистом» генералом Санкурхо подняла мятеж в Мадриде и Севилье. Выступление было слабо подготовлено и плохо законспирировано. Республиканские силы правопорядка подавили его за сутки. После небольших стычек малочисленные мятежники сдались или бежали в Португалию. Арестованный Санкурхо вместе со 140 сообщниками предстал перед судом и был приговорен к казни, но помилован президентом Саморой, заключен в тюрьму, а затем выслан за границу. Его соратники отправились в ссылку в Западную Сахару.
«Санкурхиада» на первый взгляд была триумфом Республики. Премьер-министр Асанья с сигарой в зубах, всем своим видом выражая равнодушие, величественно наблюдал с балкона за перестрелкой в центре столицы. Но при ближайшем рассмотрении блеск победы меркнул.
Антиреспубликанские силы получили вождя с репутацией смелого и бескорыстного «старого солдата». Республиканское правительство помилованием мятежного генерала рассчитывало образумить оппозицию. Но оно только поощрило ее. Враги Республики радостно говорили: «Не посмели расстрелять Санкурхо! Здорово нас боятся».
Республике так и не удалось упрочить свой авторитет. Уверенная победа республиканцев и социалистов на выборах 1931 года сменилась их разгромом на внеочередных выборах двумя годами позже. К власти пришел правореспубликанский кабинет Лерруса — Роблеса, который остановил земельную реформу, отменил пособия безработным, нарушив конституцию, восстановил цензуру и взял курс на примирение с церковными и военными кругами. Антицерковные бесчинства снова стали подавлять, и они сразу пошли на спад. Среди министров Лерруса были три крайне правых республиканца, которых левые круги необоснованно считали фашистами. На их назначение профсоюзные центры ВСТ и НКТ ответили восстанием 1934 года. Позже его прозвали «генеральной репетицией гражданской войны».