Рано утром 3 июля 1535 года армия из 700 испанских конкистадоров и 15 000 индейцев вышла из Куско и направилась в сторону Чили. После того как было пройдено 1000 км пути, Альмагро отдал приказ разбить лагерь и остановиться на отдых. В течение двух месяцев отдыхали солдаты Альмагро, в первое время довольствуясь золотом, награбленным у южных племен, перевозивших драгоценности с юга в северные районы, где жили инки.
Затем отряд под командованием Альмагро двинулся дальше на юг. Дав несколько сражений, испанцы смогли пересечь долину Чикоана. В одном из находившихся там поселений Альмагро купил для своих солдат лам и провизию. Однако животными солдаты пользовались недолго. Во время перехода через горный водопад бoльшая часть лам погибла.
Поход на юг материка оказался не таким легким, каким он представлялся на первый взгляд. Наиболее трудным отрезком пути стали Анды. Большое количество солдат остались навечно в холодных горных скалах. Но не только природа брала верх над испанцами, искавшими приключений и золота. Многочисленные военные стычки с местными жителями также не прибавляли сил и выносливости конкистадорам.
Несмотря на трудности пути и всевозможные лишения, отряд Альмагро достиг 30° южной широты. Однако на всей территории испанцам не удалось обнаружить даже самой крохотной крупинки золота или тонкой полоски серебра. В поисках сокровищ индейцев Альмагро приказал своему отряду двигаться дальше на юг. Но и там испанские солдаты не нашли того, что искали на протяжении уже нескольких месяцев. Тогда Альмагро отдал приказ о возвращении. Это случилось в сентябре 1536 года.
Отряд, возглавляемый Диего де Альмагро, возвратился в Перу в то время, когда страна была охвачена пламенем масштабного восстания, организатором которого стал Манко Капак. В течение шести месяцев местные жители держали в блокаде главный город инков, Куско, и находившихся там братьев Писарро, Эрнандо и Гонсало. К тому времени их брат Хуан был мертв. Его убили инки при попытке выбраться из осажденного города и направиться за подкреплением к Франсиско Писарро.
Отряд во главе с Манко Капаком вот-вот должен был уже взять город, как вдруг в один из дней у главных ворот города показались солдаты Альмагро. За считаные часы им удалось разгромить наголову войско Капака. И это несмотря на то, что испанцы еще несколько дней назад чуть было не погибли от жажды и голода в знойных песках гористой пустыни!
Тогда Диего де Альмагро объявил себя хозяином города. Братьям Писарро оставалось только подчиниться победителю. Спустя некоторое время, 8 апреля 1537 года, Альмагро распорядился арестовать Эрнандо и Гонсало Писарро. А себя назвал губернатором столицы Перу.
А в это время Франсиско Писарро, находившийся в Лиме, пытался отбить город у осаждавших его индейцев. Поскольку отряд его был немногочисленным, Писарро решил отправить своих курьеров в Панаму, а также в недавно появившуюся крепость Трухильо, войском которой командовал Алонсо де Альварадо. Прибывший к нему гонец передал приказ Писарро о том, чтобы тот спешно вышел с отрядом к осажденному индейцами Куско, в котором находятся Эрнандо и Гонсало.
Каково же было удивление Альварадо, когда, подъехав к городу, он не увидел там отрядов индейцев. Как оказалось, осада давно уже была снята, а город полностью находился во власти испанцев. Едва только Альварадо отдал приказ о возвращении в Лиму, как он и его войско были взяты в плен солдатами, находившимися под командованием самовольно взявшего город Диего де Альмагро. Тогда-то и решил Альмагро осуществить поход на Лиму, чтобы отнять власть у Франсиско Писарро. Действительно, теперь он был уверен в победе, поскольку его войско удвоилось за счет перешедших к нему на службу солдат Альварадо. Однако в какое-то мгновение он, видимо, испугался своих мыслей и надежд на то, чтобы стать губернатором большой провинции. Как бы то ни было, но Альмагро решил отложить поход на Лиму и отдал приказ отпустить солдат на отдых.
Кто-то из мудрых сказал: «Если Юпитер захочет погубить, он отнимет разум». Бравый полководец Диего де Альмагро, который в любом сражении мог одержать победу, на этот раз показал свое малодушие и недальновидность, упустив единственный шанс занять губернаторское место Писарро.
В то время, пока Альмагро размышлял над тем, пускаться в поход на Лиму или нет, Франсиско Писарро находился в осажденной со всех сторон Лиме и надеялся только на помощь, которая должна была прийти со дня на день из Панамы. Однако корабли все не приходили. Вот тут-то Альмагро и нужно было ставить свои условия. Но он трусливо затаился в Куско. Тем временем плененным братьям Писарро, Эрнандо и Гонсало, подкупив стражу, удалось бежать из тюрьмы. Альмагро потерял заложников и навсегда утратил возможность заполучить должность губернатора и наместника.