Его известный труд «Самодержавие Духа» (1993 г.) – книга, посвященная истории русской государственности в свете учения о симфонии светских и духовных властей. В ней митрополит Иоанн бескомпромиссно встал на защиту царя Иоанна Васильевича, посвятив ему две главы и написав, в частности о царе следующие слова: «И свет во тьме светит, и тьма не объяла его. Это евангельское изречение, пожалуй, точнее всего передает суть многовекового спора, который ведется вокруг событий царствования Иоанна Грозного… Не было никакого «тирана на троне». Был первый русский царь – строивший, как и его многочисленные предки, Русь – Дом Пресвятой Богородицы и считавший себя в этом доме не хозяином, а первым слугой».
Владыка Иоанн собрал тогда под свое крыло многих из тех, кто в конце 90-х годов прошлого века и в начале нашего продолжил его труды по очистке русской истории от либеральных и западнических наслоений. Среди них можно указать таких известных ныне в православно-патриотической среде историков и публицистов, как К. Душенов, С. Фомин, А. Хвалин, Л. Болотин.
В октябре 2002 года в Москве прошла конференция «Исторические мифы и реальность», посвященная, в том числе, и различным аспектам истории царствования Иоанна Васильевича Грозного. Конференция была организована по благословению весьма почитаемого в Православной церкви старца Николая (Гурьянова). Известно, что он не только положительно отзывался о царе Иоанне IV, но и имел в своей келье его икону.
Конференция стала смотром патриотических сил России, в ней приняли участие известные православные историки, публицисты, писатели и общественные деятели: диакон Евгений (Семенов), Т. Миронова, С. Фомин, Л. Болотин, А. Хвалин, И. Евсин, В. Саулкин, Ю. Самусенко, А. Сенин, В. Осипов (не путать с профессором А. Осиповым!) и многие другие, в том числе и автор этой книги. Среди тех, кто продолжает труды свт. Иоанна (Снычева), можно назвать таких разных людей, как политолог С. Шатохин, глава православных хоругвеносцев Л. Симонович-Никшич, игумен Алексий (Просвирин), юрист В. Ерчак (Белоруссия), канд. ист. наук Н.Н. Скуратов, историк и канд. филос. наук Н.И. Виноградов.
Поэтому попытка механически соединить в некое единое маргинальное движение и загнать в социальную резервацию столь широко представленные, но весьма различные слои патриотической общественности была заранее обречена на провал.
Как замечает один из «наблюдателей» со стороны антицарского лагеря Б. Кнорре, «…жизнь показывает, что почтение к фигуре Ивана Грозного растет в обществе не только на периферии российской политики… Фигура Грозного становится все более заметной в общественно-политическом пространстве, причем с явной положительной переоценкой, в особенности, когда нужно подчеркнуть имперскую сущность России и указать на пагубность для России «ненавистного сепаратизма»».
Действительно, с начала 2000-х годов различные общественные и политические движения все чаще говорят о необходимости пересмотра в сторону положительной оценки идейного и политического наследия Иоанна Грозного.
Так, одной из партий, декларирующих обращение к опыту Грозного царя для возрождения современной России, было «Международное евразийское движение» Александра Дугина, указывающего на необходимость создания параллельной иерархии и элиты ввиду загнивания ныне существующей. По его мнению, эта иерархия должна представлять собой «Русский Орден» новых опричников.
Появляются и статьи светских авторов, которые (без обращения к религиозным аспектам) дают высокую оценку правлению царя Иоанна Васильевича. Такова, например, статья политолога М. Брусиловского «Грознодицея» в которой он крайне положительно оценивает правление Иоанна Грозного как победителя сепаратизма, основателя империи, которая смогла устоять в период Смуты.
В октябре 2013 г. газета «Московские ведомости» провела круглый стол по теме «Защита русских национальных святынь», в рамках которого обсуждался вопрос об установке памятника Ивану Грозному в центре Москвы.
Передачи, ставящие вопрос о положительной переоценке роли Грозного царя, неоднократно транслировались на радио (несколько прямых эфиров на «Радио FM» с участием В. Мединского, радио «Комсомольская правда») и на телевидении: трехсерийный документальный фильм «Иван Грозный. Портрет без ретуши» (телеканал «Звезда»), «Черные мифы о Руси. От Ивана Грозного до наших дней» (РТР) и многие другие.