Активные боевые действия происходили на берегах и водах Немана. Однажды комтур Рагнита придумал построить большой корабль с высокими бортами и поплыл на нем вверх по Неману в поход. В одном месте корабль сел на мель. Сжигать его было жалко (строительство обошлось недешево), комтур надеялся стащить судно на глубокую воду. Оставив четырех лучников в карауле, он отправился за помощью. Литвины окружили корабль на лодках. В это время он каким-то образом сам сошел с мели и поплыл по течению. Лучники беспрерывно отстреливались, но были убиты, а корабль сожжен.
Войну с Литвой в то время вели главным образом комтуры пограничных замков. Хохмайстер был занят Польшей. Тяжелую потерю понес орден в 1320 году — погиб великий маршал Генрих фон Плотцке. Во время похода на Медники, что в Жамойтии, его окружили литвины и жмудины. Маршал отступал по единственной свободной дороге, но вскоре оказался перед завалом из поваленных деревьев. Здесь вместе с маршалом погибли в отчаянной схватке 20 рыцарей и много конных воинов. Среди пленных оказался войт Самбии. Он пытался соблазнить жмудинов большим выкупом. Но те подошли к делу принципиально. По сообщению орденского хрониста, его в полном доспехе привязали к собственному коню и сожгли живьем в качестве жертвы языческим богам.
Немалые потери крестоносцам нанес литвинский князь Давыд Гродненский (ок. 1283–1326), зять великого князя Литвы Гедемина.
Литвины ходили походами не только в Пруссию, но и в Польшу. Король Владислав Локеток, считая крестоносцев главными своими врагами, решил вступить в союз с ВКЛ. Он направил к Гедемину послов с предложением мира и просьбой руки его дочери Альдоны для своего сына Казимира. Гедемин дал согласие и в качества приданого дочери отпустил тысячу пленных поляков.
Локеток, не ожидая окончания срока перемирия с крестоносцами (до Рождества 1326 г.), начал громить их союзников. Сначала опустошил земли мазовецкого князя. Затем настала очередь маркграфства Бранденбургского. В 1326 году вместе с дружиной Давыда Гродненского поляки опустошили окрестности Франкфурта-над-Одером. На обратном пути на одном из привалов мазовецкий шляхтич Андрей Гост, подкупленный крестоносцами, убил Давыда ударом в спину.
Крестоносцы в 1327 году вместе с мазовецким князем Вацлавом опустошили Куявы. В 1331 году король Локеток преградил путь орденскому войску, возвращавшемуся из Великой Польши. Возле деревни Пловцы в Куявии поляки и тевтонцы впервые сразились в открытом поле. Эта битва не принесла явной победы ни одной из сторон, однако поляки считают, что выиграли они.
В 1338 году магистр Ливонии заключил мирный договор с великим литовским князем Гедемином. По условиям соглашения, в полосе земли, разграничивающей оба государства, должен был царить «вечный мир», а войска сторон — воздерживаться от вступления на эту пограничную территорию. Литовским и ливонским купцам разрешалось свободно плавать по Западной Двине, а также выходить на ее берега, на расстояние «брошенного копья» от уреза воды. Но договор соблюдался недолго, вскоре взаимные нападения возобновились.
В 1341 году во время осады одного из замков крестоносцев в Пруссии выстрелом из бомбарды был убит великий литовский князь Гедемин. Войну с орденом продолжили его сыновья Кейстут и Альгерд, разделившие территорию Великого Княжества Литовского между собой.
В том же 1341 году крестоносцы захватили Добжинь. В ответ польский король Казимир III (сын Владислава Локетка), получив помощь из Австрии, Литвы и Венгрии, пошел на Хелминскую землю. Но орденское войско не давало ему переправиться через реку Дрвенцу. Король 10 дней стоял на одном берегу, крестоносцы — на другом. Наконец поляки нашли новый брод. Возле него затаились несколько отрядов, остальные пошли берегом к Броднице, а орденские войска шли параллельным курсом по другому берегу. Спрятанные отряды Казимира перешли реку и дымом подали условный знак королю, тот резко повернул войско и помчался к броду. Крестоносцы тоже повернули, но их тяжелые кони не успели за легкими польскими и венгерскими, переправа произошла. Магистр отступил к Голубу. Снова было заключено перемирие, спор решили передать на суд чешского и венгерского королей. Тогда же крестоносцы заключили перемирие и с Литвой — орден обязался вернуть завоеванную часть Жамойтии.
Перемирие ордена с Польшей кончилось, а мирного решения споров не произошло. Война продолжалась дальше. Крестоносцы захватили всю Добжиньскую землю. Посредники — венгерский и чешский короли огласили приговор: Куявскую и Добжиньскую земли вернуть Польше, Поморье оставить ордену. Но крестоносцы не спешили с возвратом, требуя от короля Казимира III письменного согласия с приговором, а тот его не давал. Наконец в 1343 году Казимир подписал с орденом мир в Калише, по условиям которого отказался от всех прав на Поморье, Хелминскую и Михолавскую земли. Тогда крестоносцы вернули Польше Куявы и Добжинь.