Генерал Жанен познакомился с Жильяром в 1915 году в Могилёве, в Ставке Императора Николая II. Жильяр проводил там много времени со своим учеником, наследником престола великим князем Алексеем Николаевичем, а также с русскими генералами и офицерами. В 1918 году Союзнический совет назначил Жанена главнокомандующим союзными войсками в Сибири и на Дальнем Востоке. Когда Жильяр присоединился к нему в 1919 году, Жанен имел в своем распоряжении чешские части, в которых большинство сочувствовало социалистам. После перемирия в ноябре 1918 года Чехословацкий корпус, прекрасно подготовленный, с отличным командованием, объявил нейтралитет. Основной задачей Жанена с этого момента была эвакуация войск Чехословацкого корпуса во Владивосток и отправка их в Европу для пополнения сил союзников на Западном фронте. С особым упорством чехи отказывались сражаться за Колчака: «В декабре (1918-го) мы узнали, что адмирал Колчак только что сверг правительство социалистов-революционеров, образовавшееся в Омске. Колчак провозгласил себя «Верховным правителем России». Этот государственный переворот стал причиной открытого недовольства передовых русских и чешских частей, видевших в этом начало реакционного правления, которое привело, как мы увидим, к еще более пагубным последствиям». Жильяр далее поясняет, что он имел в виду. «Опьяненный властью, проводя все более авторитарную и реакционную политику» в окружении министров, думавших только о своем личном обогащении, и о том, как получить помощь от Японии и союзников, позволяя своим опричникам грабить и убивать мирных жителей, адмирал своими действиями спровоцировал настоящий бунт. Жанен с горечью скажет позже, что местное население воевало не за большевиков, но против Колчака.
Пьер Жильяр (первый справа) с царевичем Алексеем в Ставке. Могилёв, осень 1915 г.
Под личным командованием Колчака находились части, состоявшие из казаков, жаждавших реванша монархистов, авантюристов, готовых на все ради денег, и 200 тыс. новобранцев, призванных на службу при помощи обмана или насильно. Подвергаясь издевательствам, полуголодные, они при первой же возможности переходили на сторону противника. Жильяр пересказывал отчеты, содержащие описания складов, обнаруженных большевиками в ходе наступления в конце 1919 года, на которых хранилось то, что было украдено у союзников окружением Колчака: тысячи седел, сотни тысяч пар сапог и предметов обмундирования, поставленных англичанами, тонны провианта, боеприпасов, оружия и даже денег, присланных микадо по линии военной помощи.
В конфиденциальном рапорте, составленном Жильяром для швейцарского Департамента иностранных дел после своего возвращения на родину в 1920 г., он резко критикует англичан и французов: «Если бы в Сибири нашлись представители Антанты, разбирающиеся в политике, они поняли бы, что только правительство с левым большинством смогло бы предоставить населению достаточные гарантии и сумело бы объединить все общественные силы в борьбе против большевизма». Жильяр вспоминал, что в правительства Самары и Омска, свергнутые Колчаком, «входили члены Учредительного собрания, избранного в правление Керенского» и что сам Колчак окружил себя либо людьми, «которые ничего не забыли и ничему не научились с 1917 года, либо обыкновенными казнокрадами, которые совершали преступления сами и покрывали преступления, совершенные их подчиненными».
Весной 1919 года, после эвакуации французских и английских частей, Жильяр стал подумывать о возвращении в Швейцарию. «Чувствуя себя больным и уставшим, я решил больше не оставаться в Омске и как можно скорее уехать», – напишет он отцу, от которого не получал вестей более полутора лет. И все же у него были веские причины задержаться в России еще на некоторое время. Он принял активное участие в расследовании по делу об убийстве Императорской Семьи, которое вел следователь Николай Соколов, ставший впоследствии его другом: «Мне не хотелось бы покидать Россию, пока не завершится расследование этого преступления. На самом деле, эта ужасная трагедия пока не разъяснилась окончательно, есть еще много неясностей, и все еще неизвестны обстоятельства гибели Императорской Семьи. Тем не менее я верю в то, что расследование вскоре успешно завершится, и все станет ясно».
Жильяра разместили в Омске, в Генеральном штабе, под присмотром генерала Михаила Дитерихса (он являлся правой рукой Колчака). Дитерихс лично просматривал материалы следствия, поскольку намеревался прибрать к рукам драгоценности Романовых, по крайней мере, те из них, что не достались большевикам, и которые были надежно спрятаны. В последнем он не ошибся.
В сентябре 1919 года Жильяр был уже готов уехать из Сибири, но еще раз отказался от этой затеи по настоятельной просьбе генерала Жанена, у которого было очень мало офицеров, в совершенстве владеющих русским языком.
В Сибири Жильяр испытывал большие денежные трудности, так как все стоило очень дорого. Он сильно поиздержался во время своего заточения в Тобольске с Императором и его Семьей. Кроме того, он помогал своим друзьям, оставшимся в Петербурге, покупая и пересылая им то из необходимого для жизни, что удавалось достать. Возвращение в Европу на корабле из Владивостока, если каким-то чудом он приставал к берегу, стоило, по крайней мере тысячу рублей, что было в десять раз дороже, чем обычная железнодорожная поездка из Москвы в Лозанну!
Жильяру нужно было два билета, так как он возвращался не один. Он хотел увезти свою подругу Александру Александровну Теглеву. Его спутница оказалась в весьма опасном положении, поскольку проработала у Романовых более десяти лет. Жизнь Теглевой находилась под угрозой, так как никого из приближенных к Императорской Семье большевики не щадили. Жильяр с большим трудом получил для Теглевой паспорт для отъезда за границу. В своих мемуарах, хорошо зная методы работы ЧК, Жильяр почти нигде не упоминает аб Александре, с которой они обвенчались в 1922 году в красивейшей церкви в Грандсоне, в нескольких километрах от родового поместья Жильяра в Фиезе.
Александра Теглева была гувернанткой великих княжон, которые звали ее Сашей. Анастасия, которую та должна была еще и учить, называла ее Шурой. На службе у Императора соблюдалось неизменное правило безбрачия для доверенных лиц, нанятых Царской Семьей и живших вместе с ней. Вероятно по этой причине, несмотря на то, что Теглева была близка с Жильяром все эти годы, он ни словом не обмолвился об их отношениях. При всем том он много ее фотографировал.
После Февральской революции 1917 года Александра Теглева добровольно разделила с Романовыми их заточение в Царском Селе, а затем в Тобольске. Впоследствии она жила с Жильяром в Тюмени, сначала в вагоне поезда, стоящего на запасном пути, а потом, заболев, у какого-то лавочника, их приютившего. Затем они перебрались в Омск и находились там до тех пор, пока Александра не переехала в Верхнеудинск – город, расположенный на Транссибирской магистрали. Верхнеудинск в ту пору контролировали японцы. Там она была в безопасности вместе с женой генерала Дитерихса. Обе они опекали сиротский приют, пока бои не разгорелись под самым Омском.
Жильяр, находясь в непосредственной близости от Транссибирской магистрали, надеялся, если повезет, увидеться с Александрой после долгой разлуки. В Новониколаевске, что в 500 км от Омска, большевики уже захватили 22 эшелона и за несколько следующих недель завладели, по крайней мере, еще 160 железнодорожными составами. Вооруженные нападения, забаставки и нехватка угля также препятствовали движению поездов. 16 декабря 1919 года Жильяр вместе с Жаненом застрял на вокзале в Иркутске из-за восстания, поднятого эсерами. Стычки продолжались много дней, «потом правительственные части стали одна за другой переходить на сторону восставших».