Следует обратить внимание, что были изучены как протоколы, направленные после их утверждения в регионы, т. е. копии, так и оригиналы, оставшиеся в центральном аппарате НКВД СССР. Разница между ними существует, и выражается она в рукописных пометках, которые имеются только в протоколах, хранящихся в региональных ведомственных и государственных архивах. Чаще всего вписано полностью или сокращенно место жительства осужденного на момент ареста – Бийск, Барнаул, Славгород, Ойротия, Харьков, Одесса, Аджария и т. д., т. е. таким образом определялось, кто проводил арест отдельно взятого человека (областной или районный отдел НКВД). В некоторых случаях указывалась национальность осужденного, особенно это характерно для Армении и Грузии. Иногда, когда Комиссия НКВД и Прокурора СССР не выносила приговор, в копиях протоколов указывалась дальнейшая судьба арестованного (дело прекращено, осужден другим органом, умер, выслан из страны и т. д.). Кроме того, подлинники протоколов подписаны наркомом внутренних дел Н.И. Ежовым и прокурором СССР А.Я. Вышинским.
Весь массив решений Комиссии НКВД и Прокурора СССР по регионам Советского Союза обработан (Приложение Б). Данные протоколов дают богатый материал для изучения «харбинской» операции. В них указан не только орган, представивший список репрессированных (территориальные органы НКВД или ДТО ГУГБ НКВД), но и республики, края и области, приславшие списки, что позволяет детально воспроизвести региональную статистику чисток по приказу № 00593. Кроме того, на их основании можно проследить динамику утверждения приговоров, работу Комиссии НКВД и Прокурора СССР, а также сосчитать количество приговоров о расстреле, лагерном заключении (от 3 до 10 лет), ссылке, высылке из страны, сколько дел было передано на доследование, на рассмотрение Военной коллегии Верховного суда СССР, в военные трибуналы, суды, под гласный надзор. К протоколу прилагалась краткая справка-инструкция, которая обобщала статистические данные, а также указывала на ошибки, обнаруженные в «альбоме», в частности неверное написание ФИО репрессированного, повторное включение уже осужденных лиц и т. д. В целом протоколы Комиссии НКВД и Прокурора СССР в своей массе уникальной источник по изучению «национальных» операций Большого террора, позволяющий восстановить механизм обработки «альбомов» в Центральном аппарате НКВД СССР, технологию составления и утверждения протоколов Комиссии НКВД и Прокурора СССР, разграничить репрессивные полномочия «двойки» и Особого совещания при НКВД СССР. А изучение копий и оригиналов протоколов позволяет уточнить деятельность территориальных органов НКВД СССР.
С сентября 1938 г. репрессивные решения по «национальным» операциям выносили Особые тройки. Протоколы оформлены единообразно: номер протокола, дата заседания, состав тройки, справа – «слушали», слева – «постановили». В левой колонке указывали номер следственного дела, название районного, областного отдела НКВД или ДТО ГУГБ НКВД, оформившего дело, фамилию, имя и отчество обвиняемого, краткие биографические сведения, суть обвинения, признал себя виновным или отрицает свою вину, наличие изобличающих его показаний других обвиняемых или свидетелей, место временного содержания и дату ареста, т. е. все то же самое, что и в «альбомной» справке. В правой колонке прописывали утвержденный приговор. Протоколы заверены подписями председателя, членов и секретаря Особой тройки. В протоколах имеются рукописные пометки. Иногда от руки подчеркнуты «компрометирующие» факты биографии обвиняемых («харбинец», китаец, кореец, служил в белой армии, раскулачен, казак, судим, перебежчик). Встречались протоколы, где напечатанный на машинке приговор был зачеркнут, а от руки вписана другая, более мягкая мера наказания. Последнее репрессивное решение соответствовало действительности. Были обработаны протоколы Особых троек по Алтайскому, Красноярскому краям, Новосибирской, Читинской, Омской, Киевской, Восточно-Казахстанской областям, Армянской, Грузинской, Украинской ССР.