20 августа 1498 г. показался южный берег Эспаньолы. Адмирал застал там полный развал. "Благородные" идальго отказались повиноваться Варфоломею Колумбу. Они для потехи превращали несчастных индейцев в мишени для стрел, изнуряли своих новых "подданных" работой на плантациях, жили с захваченными ими насильно индианками "в наглом многобрачии", как выражается один испанский историк.
Мятеж закончился унизительным соглашением для Колумба, получившего в это время дурные вести из Испании. Мятежникам была гарантирована уплата жалованья за все время восстания. Каждому мятежнику отводился большой участок земли, к которому для обработки прикреплялось определенное число индейцев. Так Колумб санкционировал широкое распространение той, характерной для начального периода испанской колонизации системы закрепощения индейцев, которая получила название репартимьенто (буквально - распределение, раздел). За побег, по усмотрению владельца, полагалась смертная казнь или обращение в рабство.
Королевская казна продолжала получать ничтожные доходы от "Западной Индии". А в это время португалец Васко да Гама обогнул с юга Африку, открыл путь в подлинную Индию, завязал с ней торговлю и вернулся на родину с богатым грузом (1499). Он действительно видел густо населенную страну высокой культуры, большие города со зданиями чудесной архитектуры, оживленные порты, прекрасно возделанные поля и сады.
Земли, открытые Колумбом, - теперь это было уже вполне очевидно, - не имели ничего общего с богатой Индией. Сам Колумб казался болтуном и обманщиком. Возможно, что и "католические короли" расценивали как неискусный обман его сообщения об открытых им подступах к земному раю. На Колумба посыпались новые доносы и самыми опасными из них были обвинения в утайке королевских доходов. Из Эспаньолы поступили сведения о мятежах и казнях. Испанские дворяне, вернувшиеся ни с чем на родину из колумбовой "Индии", всенародно обвиняли адмирала, открывшего "страну обмана и несчастий, кладбище кастильских дворян".
Испанское правительство прежде всего (к 1499 г.) отменило монополию Колумба на открытие новых земель, чем немедленно воспользовались некоторые из его прежних спутников, ставшие его соперниками. А в 1500 г. на Эспаньолу был отправлен - с неопределенными, но, повидимому, неограниченными полномочиями - Франсиско Бовадилья. Колумб должен был сдать ему все крепости, корабли, лошадей, оружие и запасы. Бовадилья действовал очень решительно. Он поселился в доме Колумба, завладел его вещами и документами. Из денег, найденных у Колумба, он выплатил всем колонистам задержанное жалованье, что, конечно, еще больше расположило колонистов в его пользу. Он арестовал адмирала, его братьев, Варфоломея и Диего, и заковал их в кандалы.
После двухмесячного следствия Бовадилья пришел к заключению, что Колумб был человек "жестокосердный и неспособный управлять страной", и отправил его вместе с братьями в кандалах в Испанию.
В октябре 1500 г. корабль с тремя братьями, закованными в кандалы, вошел в гавань Кадиса.
Очень влиятельные лица, финансировавшие экспедиции Колумба и заинтересованные поэтому в его судьбе, сумели "мобилизовать общественное мнение" в пользу разжалованного, униженного и закованного в кандалы "адмирала моря-океана". Повидимому, до Изабеллы дошли слухи о негодовании в андалузских городах по поводу того, что человек, открывший "Западную Индию", вернулся в Испанию в оковах. Король и королева приказали немедленно освободить Колумба, письменно выразили ему свое сочувствие, лицемерно негодовали против недостойного обращения с ним, приказали выдать ему две тысячи золотых, чтобы он мог явиться ко двору "в приличном виде". Словом, королевская чета поспешила оправдать себя, взвалив всю ответственность за обращение с великим мореплавателем на Бовадилью, который от нее же получил тайные инструкции.
Произошла мелодраматическая сцена, когда Колумб - уже без оков - снова явился перед обоими монархами и упал к ногам королевы. Изабелла будто бы даже разрыдалась, а Фердинанд казался потрясенным. Короли надавали Колумбу много обещаний, но так и не выполнили их. Королевским наместником назначен был Николас Овандо: Бовадилья, повидимому, рассматривался как временный исполнитель королевских поручений.
Между тем в Испанию начало прибывать значительное количество золота, добытого на Эспаньоле, и жемчуга, собранного на Жемчужном берегу. Поэтому сотни новых искателей приключений и легкой наживы устремились в "Западную Индию". Около трех тысяч человек изъявило желание отправиться вместе с наместником Овандо "на ловлю счастья". 23 корабля понадобилось для того, чтобы перевести через океан новых колонистов. В апреле 1502 г. флотилия Овандо достигла Эспаньолы. С этого времени началось массовое заселение испанцами Антильских островов и в невиданных ранее размерах истребление их коренного населения, завершившееся почти полной его гибелью.