Руководствуясь такой точкой зрения, Мериме и осмысляет события гражданской войны XVI века. Варфоломеевская ночь для него — это своего рода государственный переворот, осуществленный сверху, но государственный переворот, ставший возможным лишь благодаря тому, что он был поддержан широкими кругами рядовых французов. Что же побудило их решиться на жестокое избиение гугенотов? Истинные корни Варфоломеевской ночи заключаются для Мериме не в коварстве и безжалостности отдельных представителей правящих кругов Франции XVI века, не в чудовищной аморальности и преступности Карла IX, Екатерины Медичи или Генриха Гиза. Основная вина за совершившееся кровопролитие, за братоубийственную смуту, принесшую Франции неисчислимые бедствия и поставившую ее на грань национальной катастрофы, падает на религию и ее фанатических служителей, которые разжигают в народе предрассудки и изуверские инстинкты. В этом отношении для Мериме нет никакого различия между благословляющими человеческую бойню католическими священниками и обезумевшими от ненависти, исступленными протестантскими патерами. «Хроника царствования Карла IX» — одно из наиболее глубоких проявлений страстного антиклерикализма Мериме.
Нетерпимость, насаждаемая церковью, находит особенно благодарную почву в дворянской среде — этом скопище воинственных рубак, готовых по любому поводу хвататься за оружие. Варфоломеевская ночь, как показывает Мериме, была порождена не одним лишь религиозным фанатизмом, но одновременно и язвами, разъедавшими дворянское общество.
Однако дворянство XVI века — не только кружки циничных прожигателей жизни и отряды отчаянных головорезов. Это не только толпа придворной знати, развращенной бездельем и властью. Дворянство выдвигает из своей среды и благороднейших людей эпохи. Они мечтают о прекращении братоубийственной гражданской междоусобицы, об установлении в стране мира и единства, о победе принципов веротерпимости и свободы совести. Таковы, например, взгляды командующего гугенотской крепостью Ла-Рошель военачальника Лану.
К лучшим, наиболее сознательным представителям французского дворянства второй половины XVI века принадлежат и главные действующие лица романа, братья Бернар и Жорж де Мержи. В соответствии со своими эстетическими воззрениями Мериме выдвигает в качестве героев повествования не знаменитых исторических деятелей, а рядовых людей. Братья де Мержи — выходцы из кругов бедного провинциального дворянства. Бернар и Жорж глубоко привязаны друг к другу, но им суждено оказаться в противоположных, враждебных общественных лагерях. Таким образом, уже с самого начала жестокий общественный конфликт эпохи придает трагический оттенок личной судьбе героев.
В этой связи следует отметить и еще один момент. Контрастное противопоставление двух образов, внутренне между собой связанных и как бы родственных, но своеобразно «расщепленных», возникает в «Хронике царствования Карла IX» не случайно. Оно характерно для художественных замыслов Мериме в конце 20-х годов. Мы встречаем этот мотив и раньше, в «Жакерии». Между двумя главными действующими лицами исторической драмы — латником Пьером и монахом братом Жаном — существуют тесные узы духовной общности (Пьер — воспитанник и друг брата Жана). Много сходного и в их общественной судьбе: эти незаурядные, талантливые люди — жертвы сословного неравенства. Однако жизненные пути их, в конце концов, расходятся в диаметрально противоположных направлениях.
По замыслу автора, основным героем романа должен был стать младший из братьев де Мержи — Бернар. История его любви к Диане де Тюржи занимает существенное место в сюжетной канве «Хроники царствования Карла IX». Рассказ о приключениях, пережитых неопытным провинциальным дворянином на пути в столицу, потом в самом Париже, а затем во время бегства в Ла-Рошель, и позволяет Мериме нарисовать яркие картины французского общества XVI века. Юный гугенот — натура чистая и цельная. Несмотря на все испытания, соблазны и опасности, он остается верным своим унаследованным от отцов убеждениям и своему делу. Однако само дело, которому он так преданно и ревностно служит, несет на себе печать религиозного фанатизма и исторической ограниченности.
Старший брат Бернара, Жорж — натура интеллектуально более сложная. Если Бернар — это прежде всего человек действия, то Жорж — человек мысли. Упорные размышления привели его к выводу, что всякая религия есть заблуждение, сделали его атеистом. Жорж стал последователем возрожденческого вольномыслия. Его настольная книга — преисполненный бунтарского духа народный роман Рабле. Он тонкий ценитель искусства, влюбленный в чувственную красоту мира эпикуреец. Жорж поглощен непрестанными поисками истины. Его образ дан писателем в перспективе сложного внутреннего развития и только в свете этого развития может быть понят.