Разочарование фанатической одержимостью гугенотов и личные обиды, нанесенные ему вождями партии, побудили Жоржа перейти на сторону католиков и принять их вероисповедание. Ему казалось к тому же, что таким образом он сможет лучше оградить свою внутреннюю свободу: католическая церковь требует по преимуществу соблюдения внешней обрядности и не особенно вмешивается в личную жизнь своих приверженцев. Жорж не может, однако, примириться с совершенным им поступком: ведь в его поведении существенную роль сыграли мотивы эгоистического порядка. Однако дальнейший ход событий выявляет присущую его натуре принципиальность. Жорж де Мержи отвергает преступные поручения, с которыми к нему обращается король Карл IX. В страшную Варфоломеевскую ночь он отказывается принимать участие в кровавой резне и с оружием в руках обрушивается на убийц, расстреливающих беззащитную женщину с ребенком. Его бросают в тюрьму. Выйдя на свободу, он дает себе слово не вынимать больше шпаги из ножен и не участвовать в религиозной смуте, ибо он достаточно убедился в ее пагубности и в изуверстве обеих сторон.
Как развивались бы дальше искания Жоржа, этого опередившего свое время гуманиста-одиночки, мы не знаем. Под стенами Ла-Рошели Бернар вовремя не опознает брата, и тот гибнет, сраженный пулей. Сцена кончины Жоржа, преисполненная стоического величия и мужества, заключает действие романа. Развитие сюжета на ней обрывается. Повествование о дальнейших судьбах персонажей уже не интересует автора, так как оно — Мериме в этом убежден — не может обогатить ничем принципиально новым идейный смысл его произведения. В братоубийстве, совершаемом главным героем, бесчеловечность и жестокость гражданской междоусобицы, развязанной от имени религии и церкви правящими кругами страны, находит свое предельное, почти символическое по своему звучанию, выражение.
Трагический конец «Хроники» вносит новые акценты в авторское отношение к обоим героям. Если на протяжении ряда глав фигура Жоржа находилась в тени, была заслонена более цельным, мажорным и вместе с тем прямолинейным образом Бернара, то в заключительных частях романа она (вероятно, в разрез с первоначальным замыслом) выдвигается на первый план. Возможно, что в ходе работы над «Хроникой» этот персонаж объективно оказался более близким духовному складу самого Мериме.
«Хроника царствования Карла IX» — произведение, свидетельствующее об абсолютной зрелости художественного мастерства писателя. В нем достигнуто поразительное соответствие формы и идейного содержания. Художественные приемы Мериме определяются в конечном итоге концепцией произведения: стремлением всесторонне и объективно охарактеризовать общественную атмосферу, господствовавшую в стране в годы религиозных войн, выдвинуть на первый план изображение нравов и настроений рядовых людей.
Такой подход обусловил особенности композиции романа, близость ее жанру исторической хроники (эта черта не случайно выделена автором в заглавии произведения). В романе Мериме отсутствует единый, резко выраженный сюжетный стержень, автор издалека и исподволь подводит читателя к кульминационному моменту — описанию Варфоломеевской ночи, постоянно переносит действие из одного места в другое, отдельные главки романа как бы обособляются, приобретают характер небольшого законченного целого. Композиция «Хроники» к тому же очень динамична. Быстрая смена эпизодов, стремительный темп повествования способствуют созданию атмосферы напряженной и ожесточенной борьбы противодействующих сил, горячего накала страстей.
В работе над своим романом Мериме использовал большой драматургический опыт, который он накопил в течение предшествующих лет. Писатель стремится быть предельно лаконичным, избегает присущих романтикам пространных описаний и лирических отступлений. Рисуя внешний облик своих персонажей, он строит эту характеристику, как правило, на основе какой-то одной особенно выразительной художественной детали. Подобный прием позволяет ему создать целую галерею запоминающихся фигур, составляющих тот пестрый и живой бытовой и исторический фон эпохи, на котором более рельефно выступают фигуры основных протагонистов романа, скупо, но четко и изящно очерченные.