Летом 1484 года в Милане вновь разразилась чума, которая бушевала почти два года и унесла тысячи человеческих жизней. «Черная беда», как прозвали этот бич в народе, был завезен в середине XIV века из стран Востока и, убивая практически каждого десятого, выкосил в то время в общей сложности треть населения Европы. Уже с 1346 года, когда чума начала свое шествие по Европе, на протяжении целых десятилетий она лихорадила как христианский, так и исламский мир. Начиная с так называемых доисторических времен, в Китае следили за тем, как постепенно из Азии на Запад она распространялась с монгольскими войсками. Кроме этого, ее носителями стали полчища крыс и блох, сопровождавшие караваны, которые устремились в сторону земель заходящего солнца, а средневековые города к этому не были гигиенически достаточно подготовлены. Милан, где Леонардо стал свидетелем эпидемии чумы, не был исключением. Нерешенные проблемы удаления отходов открыли ворота и двери для распространения эпидемии, и, как сообщается органами здравоохранения того времени, ямы с отходами, которые находились в подвалах жилищ, опорожнялись только один раз в год, что считалось нормальным и само по себе не могло восприниматься в кризисное время как достижение. Так как врачи того времени не были еще знакомы с возбудителем чумы и в связи с этим не могли проводить необходимые мероприятия (например, осуществление карантина), то все полагали, что необходимо читать молитвы, которые не были знакомы инфицированным крысам. Религиозные фанатики говорили о божественном наказании и верили, что добиться божьей милости можно только публичным самобичеванием во время шествия через весь город.
Бессилие врачей остановить чуму произвело на Леонардо сильное впечатление. Он установил, что предписываемые лекарства (терьяк и другие таинственные «эликсиры») только ускорят смерть больных чумой. Это относилось и к слабительным средствам и осуществлявшимся часто кровопусканиям. И нет ничего удивительного в том, что Леонардо, изучавший человеческое тело, делает мрачные и правильные с точки зрения врача-терапевта иронические замечания: «Каждый человек ищет возможность оплатить хлопоты врача, чтобы тот смог дать отпор приходящему разрушению жизни. Итак, по всей видимости, врачи — состоятельные люди… Беспокойся о своем здоровье, и это будет наилучший способ твоей защиты от врачей. Ибо их микстуры всего лишь разновидность алхимии».
Боккаччо, осознав беспомощность врачей, заметил, что уберечься от чумы можно, удалившись от городских поселений и уединившись в горах, где воздух чище. Его девиз звучал так: «Бежать, оставив и забыв про все, пока эпидемия сама собой не исчезнет». Этому совету последовал и Людовико иль Моро. Он сбежал в свою главную резиденцию, расположенную среди ломбардских полей, откуда отсылал деньги для миланской больницы, а сам жил в стороне от зоны заражения. И чума его пощадила, но, по его мнению, спасение заключалось в том, что он точно следовал рекомендациям своего врача и астролога Амброджио де Розате, запрещавшего ему есть устриц и другую рыбную пищу, а также требовавшего сжигать письма, полученные из мест, зараженных чумой.
Поразительно, но факт: Леонардо ни разу не упомянул и словом об ужасных сценах, происходивших во время эпидемии чумы в Милане, и 16 марта 1485 года, когда катастрофа достигла своего наивысшего подъема, ничего существенного не предпринял. А в день, в который, как свидетельствует хроника, можно было наблюдать полное солнечное затмение, которое так пленило его, что он нарисовал на листе бумаги из рабочей тетради приспособление, с помощью которого можно было наблюдать это астрономическое явление непрерывно без ущерба для глаз. Здесь невольно напрашивается сравнение его манеры поведения с манерой поведения Гете во времена французской кампании. Хотя Леонардо с детства не мог выносить вида находящихся в клетке птиц, он все же оставался явно равнодушным к неописуемой нищете и просто отвратительным сценам, разыгрывавшимся в кварталах бедноты. Более того, все вопросы, связанные с изменением градостроительства и улучшением гигиенического положения в городе, он осмысливал исключительно с точки зрения повышения качества жизни богатых людей. Из его элитарных намерений следовало лишь то, что жизнь города в связи с угрожающим перенаселением столицы должна быть поделена на две плоскости: верхняя закрепляется за богатыми и знатными людьми; а нижняя отводится под жилища обычных горожан: торговцев и ремесленников, которые здесь же, равно как и животные, осуществляют свои передвижения. Под нижними этажами протекают каналы, которые напрямую связываются с ними; верхние этажи также соответствуют этой схеме. В его утопической модели осмысливаются даже некоторые способы вывоза мусора из беднейших кварталов и обустройство приемлемых по своему качеству туалетов. Но если бы даже этот проект градостроительства был предложен Людовико иль Моро, то вряд ли он получил бы от него соответствующий отклик.