В это-то тревожное для католической церкви время Лойола поселился в Венеции, ожидая товарищей. Вид республиканского и торгового города напомнил ему минувшие годы, когда он ездил в Иерусалим, и ему очень не хотелось предпринимать поездки в Святую землю, где гордого и самолюбивого васкона могли опять встретить унижения и оскорбления. В конце концов он решился не ездить туда. Когда прибыл Лефевр с товарищами, Лойола представил им трех новых сочленов, завербованных в самой Венеции его стараниями; это были два зажиточных брата из испанской Наварры, Эстебан и Хаим Эгвиа, и талантливый богослов Госец, родом андалузец из полумавританской Малаги. На расспросы прибывших Лойола рассказал, что, покончив дела в Испании, он заехал почему-то в Валенсию, оттуда на корабле достиг Генуи, а затем пешком, побираясь Христовым именем, поплелся на место свидания; так как подаяния были очень скудны, то часто приходилось Лойоле голодать, а под Болоньей он едва не умер от истощения. Трудно верится этому рассказу, так как известно, что у Лойолы были в это время значительные деньги, собранные с собственного наследства и после ликвидации имущества Ксавье, Лайнеса и Сальмерона. На вопрос товарищей, когда же они отправятся в Палестину, он уклончиво объяснил, что теперь зима и потому переезд может быть крайне тяжелым, а лучше всего дождаться весны, то есть марта и апреля. Вслед затем Лойола предложил членам братства не терять даром времени, а принять на себя уход за больными в госпиталях св. Иоанна, св. Павла и для неизлечимых; те последовали безропотно этому приказанию и усердно взялись за дело, причем больше всех прославился Ксавье. Оставшись один, Лойола принялся исправлять и наставлять в делах веры венецианцев, когда-то осмеявших его.
Такое специальное занятие для светского человека не могло остаться безнаказанным. Встревоженные вторжением какого-то иностранца в их область, венецианские священники ополчились против Лойолы и привлекли его к ответу перед духовным судом. Однако глава зарождающейся новой общины не был уже тем наивным рыцарем Св. Девы, который заставлял смеяться судей над своими выходками; он быстро сообразил шансы борьбы и тайно вступил в переговоры с архиепископом театинским Караффой. В чем состояли эти переговоры, осталось тайною, но только талантливый и образованный Караффа принял сторону васконского идальго против венецианских священников и в этом смысле подействовал на папского нунция при республике, Вералли, который председательствовал в суде. Когда наступил день разбирательства, священники просили запретить Лойоле поучать в их приходах, тем более что он не духовное лицо и, кроме того, отъявленный еретик, с позором уже изгнанный из Франции и Испании. Обвиняемый представил свои объяснения, Караффа официально подтвердил их, и Вералли торжественно произнес оправдательный приговор; Лойола вышел из суда с гордо поднятой головой. Вскоре затем Караффа, основавший незадолго на средства графа Гаэтано Тини орден театинцев, или “настоящих клириков”, в видах исправления приходского духовенства, начал убеждать Лойолу поступить со всеми его товарищами во вновь учрежденный орден, так как их цели казались одинаковыми. Но Лойола сам желал основать орден, в котором он был бы полным хозяином, а потому ответил архиепископу решительным отказом. Дружба с прелатом кончилась, но Караффу вскоре вызвали в Рим, сделали кардиналом и назначили в комиссию, о которой было говорено раньше; поэтому размолвка его с Лойолой кончилась пока ничем.
Подошла весна, и члены кружка снова заговорили о поездке в Иерусалим. Зная через Караффу, что на море вскоре возгорится серьезная война против мусульман и, следовательно, переезд будет немыслим, Лойола не противоречил, но доказал на общем собрании, что без благословения святейшего отца предприятие невозможно, иначе в Палестине им будут мешать на каждом шагу. С такими доводами пришлось согласиться, и сообща постановили командировать в Рим Лефевра и Ксавье за благословением всей общине и за разрешением рукоположения в священники светским членам этой общины. Сам Лойола побаивался ехать в Рим, не зная, как отнесется к нему кардинал Караффа. Посланцы прибыли ввечный город и обратились за содействием к имперскому уполномоченному Ортицу, которого Лефевр знал лично. Ортица принял их очень ласково и выхлопотал им аудиенцию у Павла III, рассказав ему, вероятно, о подвигах Лефевра с товарищами в Германии. Первосвященник принял Лефевра и Ксавье благосклонно, благословил их на миссионерский труд в Палестине, подарил им на дорогу 60 дукатов и разрешил принять рукоположение у любого епископа. Вполне довольные посланцы стали собирать деньги на дорогу, преимущественно среди испанских купцов, живущих в Риме, набрали около 150 дукатов и радостно возвратились в Венецию к Лойоле.
Решено было без промедления всем принять священнический сан, кроме Лефевра и Лайнеса, которые были рукоположены еще во Франции. Однако сделавшийся подозрительным Лойола не хотел обращаться к подчиненным Караффе епископам и воспользовался приездом в Венецию арабского епископа из Далмации; тот немедленно согласился, и 24 июня 1537 года состоялось торжественное рукоположение в священники самого Лойолы, Ксавье, Сальмерона, Бобадильи, Родригеца, ле Жэ, Кодюра, Бруэ, Госеца и братьев Эгвиа. Тринадцать священников, связанных между собою клятвою в монмартрском подземелье, были готовы ехать в Обетованную землю проповедовать сарацинам учение Христа, но в это время наступательный союз папы, венецианского дожа и Карла V был формально заключен и турецкому султану объявлена война. Хитрость Лойолы удалась, так как пассажирское сообщение с Азией было прекращено и нежелательная для него поездка отлагалась на неопределенное время. Тогда Лойола предложил рассеяться по всей Италии для вербовки новых членов, а затем, выбрав удобное время, отправиться в Рим и исполнить вторую часть монмартрского договора, то есть поступить в полное распоряжение папы. В скором времени последователи Лойолы появились в Виченцо, Тревизо, Бассано, Падуе, Вероне и других городах, проповедуя против ересей, волнующих католический мир, против распущенности духовенства, против индифферентизма светских лиц и вербуя в то же время новых сочленов в свой кружок.