Но Климент в 1534 году умер, и его место занял слабый Павел III, который под давлением Карла V, в 1536 году вторгшегося в Рим, уступил португальскому королю Жоану III, вновь восстановив инквизицию в Португалии. В португальских церквах был зачитан эдикт, дарующий срок евреям для самодоносов, после чего начались повальные аресты. Кстати, есть одна интересная деталь во всей этой королевско-папско-инквизиционной круговерти вокруг капиталов «новых христиан». Двадцатишестилетнего внука Павла III Жоан одарил крупной пожизненной рентой и доходным епископством в обмен на папскую санкцию об восстановлении инквизиции. Внук получил доход в общем чуть не полмиллиона крусадо и утверждал, что часть этих денег истратил на строительство собора св. Петра в Риме. Исследователь А. Эркулану подвергает сомнению такую щедрость, но если есть доля правды в словах папского внука, то святость собора, конечно, омрачена.
По сути дела, «новые христиане» находились в Португалии в качестве заложников. Почти все мировое еврейское сообщество, имея среди них родственников, вынуждено было постоянно выплачивать вошедшей во вкус португальской короне огромные суммы за послабление террора, за помилования и сокращение числа смертных приговоров. Можно сказать, всю политэкономику Португалии тех времен приняли на себя еврейские банкиры и просто объединившиеся состоятельные евреи. Конечно, все зверства в отношении португальских евреев можно легко списать на светские португальские и испанские власти, но они не были бы так разнузданны, не будь их действия освящены папским престолом — это совершенно очевидно.
До 1750 года инквизиция правила бал в Португалии. В этом году на португальский престол вступил король Жозе I. Первым министром был назначен Себастьян Жозе Карвалью-и-Мелу, вошедший в историю под именем маркиза де Помбала. Помбал не решился формально упразднить инквизицию, но своими реформами фактически прекратил ее деятельность. Именно Помбал решил наконец иудейскую проблему в Португалии. К 1774 году «новые христиане» были уравнены в правах с остальной частью населения, преследование их было прекращено. Спустя несколько десятилетий ассимиляции следы «новых христиан»-евреев в Португалии исчезли полностью.
Окончательно португальская инквизиция была упразднена лишь в 1821 году, после либеральной революции.
Имеют ли срок давности описанные выше преступления? Преступления, породившие не менее кошмарную аналогию в нацистской Германии. Призывался ли к милосердию Гитлер? Или был ли он отлучен папой, в то время как Сталин получил анафему от Патриарха Тихона? Ничего подобного. Гитлер заставил всех германских католиков-иерархов кричать «хайль Гитлер!», да они и не упирались. Папа Пий XII и католическая верхушка не осудили фашизм и после победы союзников. Достаточно ли обоснованным с моральной стороны был призыв папы к милосердию во время Нюрнбергского процесса? Или известные усилия Ватикана по спасению нацистов-преступников?