В соборном послании 400 г. Феофил Александрийский указывал на то, что для оригенистов «Слово Живого Бога не приняло человеческой плоти», и что Христос, «Который имел вид Бога, был равным Богу, был не Словом Божиим, но душой, которая, снизойдя с небесных высот и совлекшись вечного величия, восприняла человеческое тело». Различие между Христом и Словом, предполагаемое этой странной христологией, не могло не напомнить христианам VI в. несторианского различия между Словом и воспринятым человеком. В обоих случаях, в совершенно разных метафизических системах, существо Христа представляется раздвоенным. Поэтому неудивительно, что биограф св. Саввы несколько раз называл его защитником православия «от лжеучений Оригена и Феодора Мопсуэстийского». Это неожиданное объединение представителей и вождей александрийской и антиохийской школ было возможным лишь в контексте богословских споров VI в., в то время, когда Юстиниан был более всего озабочен тем, чтобы явить тождественность халкидонской веры христологическому учению св. Кирилла о единстве предсуществовавшего и воплотившегося Логоса.
Долгое время вопрос ставился так: является ли оригенизм VI столетия подлинным учением великого александрийского богослова? Опубликованные в последнее время тексты, кажется, дают возможность решить эту проблему.
Большинство историков, посвятивших себя изучению наследия Оригена, относятся к нему с нескрываемой симпатией и даже с восхищением. Сознательно или несознательно поставленные перед проблемой христианского свидетельства в нехристианском мире, они восхищаются тем, что Оригену удалось создать научную систему христианского богословия, выразив ее в приемлемых для нехристиан философских категориях, понятных эллинам–язычникам. Отрицать выдающиеся заслуги Оригена в этом отношении невозможно. В историческом плане личная реабилитация Оригена ставит вопрос о различии между его собственными идеями и взглядами его учеников. Кто явился причиной конфликтов IV и VI веков: сам ли Ориген или некоторые его последователи? Проблема заключается в том, чтобы выяснить, насколько точно последователи придерживались учения Оригена и в какой мере они могли исказить его.
Некоторые историки стремятся представить дело таким образом, что спорные вопросы, поднятые в IV и окончательно осужденные в VI столетии, никоим образом не были связаны с самой личностью Оригена. Они возникли как домыслы полемистов, охотников за еретиками, заинтересованных в компрометации памяти Оригена. Однако объективное изучение фактов и особенно прочтение Peri arcwn (De principiis, «О на–чалах»), труда, который современные апологеты Оригена обычно обходят вниманием, позволяет сделать совершенно иные выводы. Например, М. Арль в своем блестящем анализе Peri arcwn выявляет те положения учения Оригена, которые христианская традиция формально отвергла: они были осуждены при Юстиниане. Согласно М. Арль, споры, возникшие в VI веке в связи с этими положениями, были обусловлены тем, что «ученики, не столь талантливые, как их учитель, вместо того, чтобы оставаться верными главным идеям и принципам мысли Оригена, отстаивали наиболее спорные его теории». Хотя подобное рассуждение и допускает, что собственное учение Оригена не во всем соответствовало православию, все же оно не в состоянии объяснить судьбу оригенизма в христианской традиции. Осуждение, объектом которого стал Ориген в VI в., касалось не только случайных черт его учения, «развитых» учениками; осуждению подверглись именно главные идеи Peri arcwn, в особенности космология и антропология Оригена. К таким выводам приходят исследователи оригенизма, в частности, ученый издатель Peri arcwn П.Кетшау.
Если как экзегет и мистик Ориген не был осужден в VI в., то совсем иначе обстоит дело в отношении его богословия; учение оригенистов, вошедшее в конфликт с Церковью во времена Юстиниана, совершенно соответствовало идеям Оригена, нисколько их не искажая. Тринитарное учение Оригена не привлекало учеников, поскольку его троичные формулы были вытеснены и заменены терминологией Никеи и каппадокийских Отцов, и никто из оригенистов эпохи Юстиниана не помышлял о возвращении к ним.