Кроме произвольного характера, существенным недостатком Дионисиевой системы является то, что она искажает основное направление, которому следовала экклезиология в течение первых пяти веков. Заключенные в рамки иерархических структур, отношения между Богом и человеком трактуются в чисто индивидуалистическом смысле. Епископат, например, определяется не как элемент внутренней структуры церковной общины, член Тела Христова, а как личное состояние человека. Дионисий пишет:
Если кто произносит слово «иерарх», то он говорит об обоженном и божественном человеке, овладевшем всем священным знанием, в котором вся подчиненная ему иерархия обладает наилучшим средством совершенствования и самовыражения.
Богоподобный иерарх (qeoeidhs ierarchs), целиком и полностью причастный иерархической власти, не только не довольствуется получением посредством Божественного просвещения истинного значения всех ритуальных слов и иерархических таинств, но более того, именно он передает их другим в соответствии с их иерархическим статусом, и именно он, будучи наделен вершиной божественного ведения и наивысшей властью духовного вознесения, производит наисвятейшие посвящения в иерархические чины.
Дионисиев иерарх (а нужно заметить, что это слово означает не только епископа, но и великие персоналии Писания, такие как Мелхиседек, Моисей, Захария, Серафим из 6–й главы книги пророка Исайи) — в сущности понятие гностическое, оно обозначает человека, посвященного в тайну, передающего знание и свет отдельным людям. Концепция церкви–общины, о которой Дионисий должен был знать, отсутствует в его учении. Понятие таинства, таким образом, сводится к передаче личного озарения. Правда, Дионисий использовал для обозначения Евхаристии традиционный термин «синаксис», подразумевающий собрание верных и общественное служение, но это понятие не нашло отражения в его концепции таинства; обряд имеет лишь символическое и нравственное значение: «Само божественное раздаяние одного и того же Хлеба и одной и той же Чаши, совершаемое сообща и мирно, предписывает им, поскольку они вкусили одну и ту же пищу, объединиться нравственно и жить совершенно в Боге». И Дионисий тут же ограничивает значение таинства:
Но оставим для несовершенных эти знаки, которые, как я уже говорил, прекрасно изображены в притворах и святилищах; они годятся лишь для того, чтобы питать их зрение. А мы в том, что касается святого синаксиса, вернемся от внешних проявлений к их причинам, и благодаря свету, который ниспошлет нам Иисус, сможем в гармонии созерцать умопостигаемые вещи, в которых ясно отражены благословенные достоинства первообразов.
Труды Ареопагита представляют важное историческое свидетельство о литургической практике Восточной Церкви в пятом и шестом веке. Например, включение монашеского пострига и похоронных обрядов в число таинств Церкви напоминает современным литургистам и богословам, что учение о седмеричном числе таинств — сравнительно недавнее, оно было довольно поздно принято некоторыми византийскими авторами и до сегодняшнего дня формально не получило на Востоке всеобщего признания. Однако интерес Дионисия к истории литургии и таинств не ограничивается областью фактов. Учение об иерархиях, с его дихотомией чувственного и умопостигаемого, диктовало Дионисию такое представление о таинствах, которое соответствовало бы всей его системе, — для тех, кто видел в нем ученика ап. Павла и воспринимал его труды как неотъемлемую часть предания, это создавало проблемы истолкования и отбора.
Так, таинство причащения, чинопоследование которого истолковывается как урок нравственности, необходимый лишь для «несовершенных», представляется по существу «образом» невещественного причастия. Описав, как епископ раздает Евхаристии верным, Дионисий комментирует: «Предлагая Иисуса Христа нашим очам, он показывает нам вещественно и образно нашу умопостигаемую жизнь».
Хлеб и вино являются для Ареопагита не более чем «священными символами, которыми Христос обозначает и сообщает себя». Можно было бы умножить цитаты подобного рода, но достаточно привести заключение Р. Рока: «Высший смысл Евхаристического действия и самого Святого Причастия состоит в том, что оно символизирует союз нашего ума с Богом и Христом… Дионисий никогда формально не представляет Евхаристическое общение как причастие Тела и Крови Христовых». Следовательно, всякая осязаемая, обрядовая или вещественная реальность имеет, согласно Дионисию, лишь символическую связь с умопостигаемым миром.