В 1954 году Андрей Петрович окончил университет и стал аспирантом Ляпунова.
В 1958 году Андрей Петрович, занялся теорией программирования написал книгу в Академии наук «Программирующая программа для БЭСМ». Она быстро была переведена на английский и на китайский язык. Тогда наша страна дружила с Китаем и много им помогала и первые вычислительные машины китайцы делали по нашим чертежам. В то время в Китай в большом объеме везли микроэлементы, оборудование, техническую документацию. Машина БЭСМ, ЭМ-3, Урал были сделаны китайцами по наши технологиям.
В 1957 году, когда в Новосибирске создается Сибирское отделение Академии наук, Андрей Петровича приглашают возглавить отдел программирования в будущем Вычислительном центре. Еще самого Вычислительного центра не было в проекте, но был Институт математики и по началу Отдел программирования был там. В это время некое противостояние математиков и программистов уже имело место. Когда программисты стали заявлять свою научную составляющую, математики очень сильно противились. Их возмущали диссертации, в которых нет форм. У программистов не было форм, в их работах были только какие-то языковые конструкции.
Вычислительный центр как организация появился в 1962 году, начал работать в 1964. Это здание было предназначено совершенно для другого института, но в итоге здесь разместился ВЦ. Машины, которые в нем были: ЭМ-20, затем появились машины второго поколения Минск-22, потом Минск-222, БЭСМ, Урал-14 и т. д. Т. е. в здании ВЦ находилась масса огромных машин. Директором Вычислительного центра стал академик Гурий Иванович Марчук.
Андрей Петрович в 1962 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1967 — докторскую и впервые тогда, в конце, 60-х заговорили о Школе программирования Ершова.
В чем же состояла работа программистов Вычислительного центра? Это создание трансляторов различных языков программирования для различных архитектур. Сейчас очень сильно унифицировано программное обеспечение, информация может быть переносима с одной машины на другую (но и сейчас есть особенности). А тогда, машины, даже выпускающиеся серийно отличались друг от друга по конструкциям, каким-то элементам и нужно было переписывать или подстраивать программы под каждую архитектуру. Этим и занимались программисты Вычислительного центра.
В это время были особенности в написании алгоритмов этих программ, в частности алгоритма оптимизации. Скорость программ, при такой маленькой памяти машин зависела от качества алгоритма, на сколько быстро алгоритм мог решить какую-то задачу.
В этот период в нашей стране довольно часто проводились конференции по программированию. Андрей Петрович сам участвовал в организации пяти подобных конференций. Это и сейчас важно, но тогда это было еще важнее, потому что одни программисты работали в Академии наук, другие работали в каких-то закрытых предприятиях, очень много было так называемых «почтовых ящиков», заводов, институтов, информация о работе которых была закрыта. Но обмен научной информацией должен был происходить. Для этого и собирали такие конференции. В феврале 1970 года подобная конференция проходила в Новосибирске и собрала больше 1000 участников в Академгородке, в котором на тот момент еще толком нет гостиниц для такого количества участников, нет залов заседаний. Поэтому размещали гостей в студенческих общежитиях (поэтому и проходила в феврале, потому что студенты были на каникулах), заседали в университете в поточных аудиториях, в Доме ученых. Приезжал глава Московской школы программистов Михаил Романович Шура-Бура.
Свыше 50-ти раз Андрей Петрович выезжал на зарубежные конференции. Для него и для всех остальных это было нечто вроде промышленного шпионажа. Публикации из зарубежных журналов и отчетов это одно, и их приходило много в библиотеку Вычислительного центра. Библиотека была очень востребована, программисты со всей страны приезжали в Новосибирск, чтобы просто поработать в ней, посмотреть новые книги и отчеты из-за рубежа. Но когда знающий человек поедет, посмотрит, поговорит со специалистами, а потом приедет и сделает соответствующий доклад, это совершенно другое. И когда он возвращаясь из очередной командировки говорил, что скоро вы все будете работать на персоналках на него смотрели не то, что как на мага и чародея, а как на фантаста, вроде Герберта Уэллса. А теперь, мы ничему не удивляемся и работаем на персональных компьютерах, которые даже лежат у нас в кармане. Но тогда это было равносильно чуду, и никто не мог подозревать такое мощное развитие электронных технологий, что за какие-то 60 лет они сделают такой гигантский скачок.