Христианское милосердие, проявленное Оттоном III в 996 году по отношению к Кресценцию, оказало ему плохую услугу. Императору пришлось стать жестоким. А в Энгельсбурге с нарастающим в душе страхом Кресценций наблюдал за подготовкой осадных машин, с помощью которых должна была быть взята крепость. Еще до начала атаки он выразил императору свое желание сдаться, в чем властелин ему жестко отказал. Сразу вслед за тем императорские войска начали штурмовать крепость. Руководил ими испытанный воин Экгард Мейсенский. Кресценция, тяжело раненного в ходе осады, тотчас обезглавили. Его труп и тела еще двенадцати его приверженцев, убитых в ходе осады, вывесили на крестах на площади Монт-Марио вниз головой на всеобщее обозрение.
Таким образом Оттон III продемонстрировал стремление окончательно и бесповоротно господствовать в Риме. Всех бывших приверженцев Кресценция и его семью выдворили из поместий. На посты, занимаемые прежде его соратниками, посадили тех, кто противостоял ему в борьбе за власть. Герберт фон Ауриллак, из-за пошатнувшегося здоровья появлявшийся при дворе лишь периодически, а большую часть времени проводивший в своем поместье в Эльзасе, подаренном ему Оттоном III, находился тем не менее снова при деле и получил от императора назначение на пост архиепископа Равенны. Оттон III приказал воссоздать на Палатинском холме дворец. Нет сомнений – император видел местом своего правления Рим, избрав тем самым стратегически ошибочный путь управления империей. Стало очевидно – монарх считал себя воссоздателем Великой Римской империи, поэтому решил не принимать близко к сердцу преодоленные притязания Византии. Кумиром Оттона III являлся Карл Великий.
До начала июня 998 года император со свитой оставался в Риме, где принимал самое деятельное участие в руководстве строительством дворца и нескольких храмов в городе.
Одновременно он в тесном контакте с папой трудился над созданием предпосылок для ввода разработанной им новой системы государственного правления. Отчужденные ранее церковные имения он повелел вернуть епископам и монастырям в Италии, надеясь таким способом стабилизировать свое положение. В мае Оттон III провел заседание собора совместно с Григорием V, где впервые вплотную столкнулся с ситуацией, сложившейся в испанской церкви, особенно той ее части, что проповедовала христианство. Для понимания происходящего там мог оказаться бесценным совет Герберта фон Ауриллака, ведь тот, будучи студентом, жил в Испании. Летнюю жару придворные провели в прохладе апеннинских горных высот, а осенью герцог Генрих отправился в Павию и назад, в Рим, возвратясь лишь в ноябре. К новому, 999 году возникла необходимость созыва обновленного римского собора, на котором речь должна была идти о решении так называемых французских вопросов, а также об обновлении епископства Мерзебург. Согласно канонам Средневековья, пастырь не мог покинуть свой приход, и император Оттон II смог заменить архиепископа Мерзебурга удобной ему кандидатурой епископа Гизелера в 981 году только на том основании, что Гизелер епископство распустит. Так вопреки желанию подавляющего большинства духовенства Гизелер стал архиепископом Магдебурга. Мнение герцога Генриха по данному поводу со временем только укрепилось.
В 999 году двор в подавляющем большинстве оставался в Риме, лишь на короткое время отъезжая в ближайшие окрестности. Однако год был отягощен кончинами весьма значительных особ. Сначала 4 февраля 999 года умер папа Григорий V. Император немедленно дал указание назначить его преемником Герберта фон Ауриллака, занявшего высший церковный пост под именем папа Сильвестр II. Сотрудничество, и без того очень хорошо налаженное между Оттоном III и папой Григорием V, поднялось на еще большую высоту. Выбор римской резиденции с императорским дворцом на Палатине и введение римских придворных церемоний обозначили новый статус Оттона III. Вместо существовавших отдельно итальянской и немецкой канцелярий была произведена и централизация придворной канцелярии под управлением канцлера архиепископа Герберта Кельнского.
Затем императрица Адельгейда прислала посланника с печальным известием, что ее дочь, регентша императора, аббатиса Матильда Кведлинбургская, скончалась 6 февраля 999 года. Одновременно Адельгейда просила признать наследницей ее одноименную внучку, сестру императора. Император охотно последовал ее желанию. Со смертью Матильды Кведлинбургской из окружения императора Оттона III ушла одна из наиболее значимых в его жизни личностей. Она всегда, еще со времен правления ее брата, императора Оттона II, и ее невестки, императрицы Феофано, имела огромный политический вес в рейхе и почиталась как одна из самых умных, лояльных и искусных представительниц династии Оттонов. Матильда Кведлинбургская после смерти Феофано стала для Оттона III – возможно, много больше, чем для его трех сестер, – человеком, способным заменить ему мать.
А вскоре, в ночь с 16 на 17 декабря 999 года, в Зельце умерла императрица Адельгейда, вдова Оттона I Великого и бабка императора Оттона III. Одна из немногих представителей семьи Людольфингов, она достигла после смерти Оттона I Великого сравнительно преклонного возраста, почти семидесяти лет. Она прожила чрезвычайно интересную и полную приключений жизнь. В первый раз она вышла замуж за итальянского короля, и дочь от этого брака стала французской королевой. После смерти мужа Адельгейда оказалась в заключении в крепости Гарда на берегу одноименного озера, откуда при драматических обстоятельствах бежала, после чего посчастливилось выйти замуж за Оттона I Великого. Будучи его женой, она получила императорскую корону. В последний год жизни Адельгейда совершила поездку в страну, где прошло ее детство, – в Бургундию. Там Адельгейда посетила могилы родителей: отца, похороненного в монастыре Святого Маврикия в Ронетале, и матери, похороненной вместе с братом, королем Конрадом III Бургундским, в монастыре Петерлин. Императрицу, без сомнения, можно отнести к выдающимся представительницам слабого пола X века. Ее смерть означала, кроме всего прочего, еще и то, что герцог Генрих остался самым старшим из представителей рода.
В голове императора созрел план паломничества на могилу своего друга, епископа Адальберта Пражского, погребенного в Гнезно и причисленного к лику святых. Незадолго до Рождества Оттон III отправился в это путешествие, и снова ему пришлось преодолевать перевал Бреннер зимой. В конце января 1000 года император прибыл в Регенсбург. Герцог Генрих находился в ближайшем окружении императора и в походе через Цейтц и Мейсен. В Эулау на Бобере князь Болеслав Храбрый торжественно встретил Оттона III и сопроводил императора в Гнезно и оттуда обратно до самого Магдебурга. Герцогу Генриху представилась прекрасная возможность во время путешествия как следует узнать своего будущего противника – князя Польши.
В Польше Оттон III принял решения, имевшие далеко идущие последствия, за которые его осуждали потом во все времена. Польские князья как христианские правители (князья) подчинялись саксонскому королевскому дому, а за это получали свои области, где правили, как ленники немецкого рейха. Основав архиепископство Гнезно и назначив Болеслава Храброго патрицием Великой Римской империи, что вполне сравнимо с возведением в королевский чин, Оттон III фактически избавил Польшу от подчинения немецкому рейху. Получив статус королевства, Польша стала напрямую подчиняться римскому императору и обрела правовое положение, равное тому, что имели Верхняя Бургундия и даже Франция. Аналогичный процесс повторился позднее с королевством Венгрия. Здесь критика герцога Генриха оказалось не столь острой, ведь его сестра Гизела была замужем за Стефаном I, королем Венгерским. Решения, принятые в Гнесене Оттоном III, критиковались не только его современниками, но и историками более поздних времен и до сих пор оцениваются весьма неоднозначно в исторических кругах.