Подход монголов к взысканию ресурсов был прагматичным - они могли отменить налоги, чтобы помочь одной группе, увеличить их, чтобы наказать другую, но почти во всех случаях им требовались посредники из завоеванных областей, которые могли бы выполнять их приказы, собирать доходы или товары и доставлять их. Для кочевых вождей опасность, которую представляли собой местные власти, была очевидна - они могли выйти из подчинения и перейти во владычество. У монголов был стратегический ответ на обоюдоострый меч непрямого правления: военные чины в основном были зарезервированы за монголами, в то время как чиновничество было открыто для гражданских лиц, а слуги обоих видов были связаны с высшими властями личными связями. Эти системы разделения и зависимости позволяли монголам использовать знающих людей из разных областей, но не передавать им слишком много власти.
Монгольская манера управления посредниками включала их перемещение по империи, в то же время подстраивая их административную практику под требования конкретных областей. После первых опустошительных набегов Чингиса на территорию современного Ирана персы, уйгуры, вожди монгольских подплемен и евреи были направлены в качестве высокопоставленных чиновников в этот регион. Но позже, при Иль-ханах, большая часть управления вернулась в руки старых персидских семей. В Китае монголы были более осторожны, полагаясь на китайских посредников с их хорошо развитыми административными традициями. Юаньские правители оставили чиновников низшего звена за выполнение жизненно важной задачи по сбору налогов в местных районах, а в качестве высших администраторов привлекли иностранцев - мусульман из Центральной Азии и Ближнего Востока, уйгуров и представителей монгольских подплемен. Сохранение высших должностей за некитайцами, возможно, подтолкнуло китайскую элиту к занятиям искусством и литературой, которые процветали во времена правления Юань. В знак протеста против чиновничества и за личную преданность система экзаменов для поступления на китайскую государственную службу была приостановлена с 1238 по 1315 год.
На высшем политическом уровне монгольские империи оставались верны евразийскому династическому принципу. Император - хан - должен был быть чингисидом, потомком семьи самого Чингиса. Но люди, служившие династии, не были связаны этим правилом. Аппарат управления был открыт для людей разного происхождения и вероисповедания, которые могли соперничать друг с другом - как это делали военачальники - за то, чтобы быть наиболее полезными своим правителям.
Во время своих завоеваний монгольские вожди казались равнодушными к религии, конечно, по сравнению с византийскими, исламскими и каролингскими императорскими правителями. То, что некоторые европейцы гораздо позже интерпретировали как монгольскую "терпимость" к многочисленным религиям, проистекало из условий, совершенно не похожих на монотеистические постулаты: интерес евразийцев к духовным советникам, множественность верований на завоеванных монголами территориях и прагматическая политика союза через экзогамные браки. Чингис, например, в одном из своих поселений после победы устроил так, что его сын Толуй женился на племяннице хана Онг (Общего). Эта женщина, Сорхохтани, принадлежала к христианской группе, известной как несториане, проигравшие в одной из конфессиональных ссор византийцев. Она стала матерью великих ханов Монгке и Хубилая, а также Хулегу, завоевателя Ирана. Монгольские вожди поддерживали контакты с религиозными лидерами, привлекали их к своим дворам и не облагали церковные доходы. При иль-ханах в первые годы монгольского правления процветали буддисты, христиане разных вероисповеданий, иудеи и мусульмане.