Империя стала административно-правовой структурой и комплексом торговых связей и чувств. Управление этим растущим заморским предприятием, а также Священной Римской империей и различными государствами Европы Габсбургов было сложной задачей, которая осложнялась неспокойной обстановкой в Нидерландах и протестантскими проблемами в немецкоязычных областях. В 1556 году, за два года до своей смерти, Карл V решил отречься от престола и разделить свое королевство. Его брат Фердинанд получил старые земли Габсбургов в Центральной Европе. Впоследствии эта ветвь империи Габсбургов была разорвана религиозными войнами и потеряла значительные территории в пользу протестантских монархов, но в итоге она перешла к более космополитичному образу существования и просуществовала до 1918 года (глава 11). Остальные владения Карла V перешли к его сыну Филиппу; они включали Кастилию, Арагон, Милан, Неаполь, Сицилию, Нидерланды и Америку.
Филипп II, в отличие от своего отца, в основном проживал в Испании. Он не называл себя императором. В 1554 году, незадолго до своего восшествия на престол, он женился на Марии Тюдор, дочери Генриха VIII, которая годом ранее стала королевой Англии. До преждевременной смерти Марии в 1558 году Филипп мог называть себя королем Англии, хотя он не правил ею и по брачному договору не мог передать титул. Повороты династического престолонаследия и интриги внутри Англии привели к тому, что на трон взошла Елизавета - она стала врагом Филиппа. В результате династического кризиса в Португалии важная часть Европы и значительные заморские колонии (глава 6) перешли к Филиппу в 1580 году, но он и его преемники правили ими отдельно, а не как составными частями Испании, до 1640 года. Филиппины были завоеваны во время правления Филиппа. Теперь одна династия управляла Португалией, Испанией, частью нынешних Италии и Нидерландов, портовыми городами в Атлантическом, Тихом и Индийском океанах, а также американскими землями от Бразилии до Мексики - в результате чего под властью католической монархии оказались те, кого современники называли "четырьмя углами света". Не только монархия, но и миссионеры, торговцы, чиновники и авантюристы теперь действовали в глобальных сетях, управляя, торгуя и обращая в свою веру самые разные народы и наталкиваясь на пределы собственной способности навязывать свое видение другим.
Филиппу было что защищать. Против османов в Средиземноморье его флот с помощью союзников выиграл крупное сражение при Лепанто в 1571 году, но это поражение не надолго ослабило османскую мощь. Филипп столкнулся с восстаниями у себя дома, в Арагоне в 1580-х и 1590-х годах (его преемники столкнутся с другими восстаниями в Каталонии), и, начиная с 1566 года, с восстаниями в Нидерландах, которые продолжались в течение восьмидесяти лет. Восстание протестантов против католиков, в котором участвовало как воинственное население, так и стремящаяся к автономии элита, угрожало как системе составной монархии, так и доступу Испании к зерну, древесине и другим товарам из Северной Европы. Оппозиция в Нидерландах кипела и временами вспыхивала на протяжении десятилетий, и хотя она не всегда блокировала торговлю, но всегда была дорогостоящей.
"Испания держала корову, а остальная Европа пила молоко".
-Самуил Пуфендорф, юрист и философ XVII века
Самой впечатляющей попыткой Филиппа перекроить европейскую карту была его попытка устранить протестанта, который начинал заявлять о себе на волнах - Англию. История выглядела бы иначе, если бы Армада 1588 года была успешной, а она была близка к этому. Но она потерпела неудачу в борьбе с английским флотом. Тем временем Филипп укрепил кастильское господство в Американской империи, контролируя губернаторов и поселенцев. Самой серьезной проблемой для него была оплата всего этого, особенно сражений с Англией и обороны Нидерландов. Серебро Северной и Южной Америки имело решающее значение для его финансов, но к 1590-м годам нехватка рабочей силы в Америке (после больших потерь населения), а также растущая склонность поселенцев вести дела друг с другом или обходить испанские попытки монополизировать торговлю привели к сокращению королевских доходов. В 1596 году Испания перестала платить своим банкирам (это был не первый подобный случай), и в итоге была заключена сделка, в результате которой она оказалась обременена долговыми обязательствами.
В 1598 году Филипп II умер, оставив после себя огромную трансокеанскую империю. В большей степени, чем торговые анклавные империи Португалии и позднее Нидерландов (глава 6), она объединяла внеевропейские территории и неевропейские народы под властью монархии, базирующейся в Европе и стремящейся сохранить свое центральное положение. Но в самой Европе у этой империи было мало пространства для маневра.