Монархия - как обычно, пытаясь добиться более жесткого контроля на американском континенте, чем у себя дома, - пыталась следить за назначением духовенства и контролировать его деятельность, но церковно-миссионерская система и административная иерархия никогда не совпадали. После 1571 года государство освободило индейцев от инквизиции, но поощряло другие институты, направленные на принуждение и распространение веры среди коренных народов: Провизор туземцев, Трибунал по делам веры индейцев, Суды туземцев. Африканские ритуалы среди рабов также стали объектом репрессий со стороны церкви и государства.
Обращение не обязательно приводило к появлению пассивных индейцев-христиан, к которым стремились миссионеры. Местные религиозные практики оказались более долговечными, чем королевские культы, подобные культу инков. Взаимодействие привело не столько к общему синкретизму католических и туземных религиозных практик, сколько к крайне неравномерной географии религиозных верований и практик. Индейцы-политеисты могли включать элементы христианства, такие как культы святых, в свою практику. Как ни ограничено было миссионерское образование, оно дало некоторым индейцам навыки, которые можно было использовать не только для попыток пробиться в церковную иерархию, но и для переписывания песнопений на языке науатль римскими буквами или переработки перуанских хроник на язык, в котором смешались испанский и кечуа. Некоторые люди коренного происхождения стали учеными католическими теологами. В условиях принудительного колониального режима религиозное обращение могло способствовать адаптации к культурной системе, в которой доминировали испанцы, или сохранению воспоминаний и коллективных ритуалов, которые опровергали неизбежность и нормальность испанского господства.
Испанская корона создала институты и правила государства в Америке более эффективно, чем в Европе. Она создала территориальную администрацию, разделенную на вице-королевства и, в свою очередь, на аудиенсии (см. карту 5.2). Эти должности находились в руках кастильцев, теоретически подчинявшихся королю. Его многочисленные законы и указы, скрепленные печатью короля, проникали через Атлантику и спускались вниз по иерархической лестнице. Юристы в Испании, во многом под влиянием римского права, теперь проникнутого христианскими целями, интерпретировали такие законы и институты в связи с концепцией imperium (глава 2). Индейцы были включены в символические и институциональные структуры империи и могли пытаться - с ограниченным успехом - использовать их для борьбы с неправомерным сбором налогов или рабочей силы. Угроза восстания таилась на заднем плане и временами вырывалась наружу. Это тоже заставляло чиновников осознавать пределы своего господства.
Колониальный мир постепенно менялся под влиянием растущего присутствия переселенцев из королевства Испания. В период с 1500 по 1650 год в Новый Свет отправились 437 000 испанцев и 100 000 португальцев - гораздо больше, чем в азиатские форпосты этих империй. Работорговля также изменила демографию Северной и Южной Америки: к 1560 году число африканцев в Испанской Америке превысило число испанцев, а работорговля в Бразилии была еще более масштабной. Рабы попадали во многие части Пиренейской Америки, но концентрировались в нескольких плантационных районах, таких как Карибские острова и северо-восточная Бразилия. Различные фрагменты колониального общества опирались на разные воспоминания - об Африке, об империях коренных народов, об Испании.
Эксплуатация завоеванного коренного населения была поставлена под сомнение вскоре после ее начала: священники убеждали королеву Изабеллу прекратить порабощение индейцев на островах. Наиболее продолжительные и широко известные нападки на обращение Испании с индейцами были сделаны в 1510-1560-х годах монахом-доминиканцем Бартоломе де лас Касасом. Он полагал, что колонии и метрополия вместе представляют собой единое государство, моральное пространство. Его аргументы основывались как на лицемерии католической монархии, которая провозглашала обязанность спасать души индейцев и при этом издевалась над их телами, так и на позиции сочувствия к индейцам. Лас Касас много говорил о цивилизационных достижениях индейцев, в частности об их империях. Его аргументы не распространялись на африканцев, которые, по его мнению, не достигли того же, и не подразумевали, что все подданные короля равноценны. Но Лас Касас не считал колонии резко разделенными на тех, кто был их истинными членами, и тех, кто служил этим членам. Он представлял себе империю подданных - человеческих существ, которые находились в разных и неравных отношениях с монархом и христианской цивилизацией.