Однако в Британской Индии существовала и другая политическая партия, которая к концу Второй мировой войны стала влиятельной силой, хотя и имела религиозный характер. Это – Всеиндийская мусульманская лига, основанная в 1906 году представителями мусульманской помещичьей и торгово-компрадорской элиты. Она провозглашала своей целью развивать среди мусульман Индии чувство лояльности британскому правительству и защищать политические права мусульман Индии. Одним из основателей и первым председателем Всеиндийской мусульманской лиги стал Ага Хан III, глава секты исмаилитов, которых, собственно, многие мусульманские богословы даже не считают правоверными ни суннитского, ни шиитского толка. Полное имя Ага Хана было Ага Султан Мохаммед Шах (1877–1957), а титул «Ага Хан III» означал, что он является третьим главой так называемого Низаритского имамата исмаилитов в Индии и внуком его основателя. Ага Хан получил блестящее европейское образование, был способным предпринимателем, журналистом, драматургом, меценатом, спортсменом, и к тому же – давним другом англичан. В 1902–1904 гг., несмотря на молодость, он был удостоен чести входить в состав Совета при вице-короле Индии, в 1932 и 1934-37 гг. возглавлял индийскую делегацию в Лиге наций, а в годы Первой мировой войны призывал мусульман поддержать Англию. О своем отношении к «британскому раджу» Ага Хан весьма красноречиво заявил на открытии Всеиндийской мусульманской конференции в январе 1929 года: «Британия защищает нас от внешних врагов и поддерживает порядок внутри страны, и поэтому естественно, что она претендует на преимущественные права в управлении Индией». В 1930-е годы Ага Хан возглавлял делегацию Индии на так называемых конференциях круглого стола в Лондоне, призванных «обсудить вопросы свободного, демократического и независимого развития Индии». Именно он стал одним из авторов печально известной «теории двух наций», идеи раздела Индии с целью «решения религиозно-общинной проблемы» между индусами и мусульманами и образования отдельного государства мусульман – «Пакистана». Впервые само это понятие упоминалось в проекте, составленном в 1933 году группой обучавшихся в Лондоне индийских студентов-мусульман во главе с Чоудхури Рахматом Али. Буквально слово «Пакистан» означало «страна чистых», однако каждая его буква имела символический смысл, обозначая одну из провинций Индии. В его состав должны были войти: П – Пенджаб, А – Афгания (населенная пуштунами Северо-Западная Пограничная провинция), К – Кашмир (!), С – Синд, ТАН – Белуджистан.
К 1940-м годам главой Мусульманской лиги стал Мохаммед Али Джинна (1876–1948). (Ага Хан покинул этот пост в 1913 г. из-за включения в программу Лиги требования о предоставлении Индии автономии, а когда в 1917–1919 гг. Мусульманская Лига приняла участие в кампании гражданского неповиновения под руководством Ганди, Ага Хан вообще порвал с ней отношения). Как и Ганди, Джинна получил образование в Лондоне, а вернувшись в Индию, стал адвокатом и вступил в Индийский национальный конгресс. Биографы говорят, что к моменту возвращения в Индию он был «больше англичанином, чем индийцем». Джинна мало подходил на роль религиозного политика: он не был ревностным мусульманином, в мечеть не ходил, пил вино и ел свинину. Как мы видим, в конце XIX – начале XX веков отход от консервативных правил своей религии был нормой как для индусской, так и для мусульманской интеллигенции. Как политик Джинна формировался в духе умеренного «национализма» правых лидеров ИНК. (Заметим, что в Индии под «национализмом», как правило, понимается секулярное национально-освободительное движение, а все религиозно-общинные движения называются «коммуналистскими»). В 1910-е гг. Джинна был членом ИНК и сторонником соглашения с Мусульманской лигой, за что его называли его «посланником индусско-мусульманского единства». В годы Первой мировой войны Джинна стал одним из влиятельных лидеров Лиги, оставаясь одновременно активным членом Индийского национального конгресса. Но, выступая за сближение обеих партий, Джинна предлагал принять за основу принцип особого представительства для мусульман и для индусов в законодательных органах. Когда в 1918–1922 гг. среди индийских мусульман развернулось халифатское движение в защиту престижа турецкого халифа как духовного главы всех мусульман, и Ганди, и ИНК с самого начала одобрили его. Это означало объединение всех антиколониальных сил вне зависимости от их общинной принадлежности. Группировка Джинны, напротив, отказалась одобрить план сотрудничества ИНК и халифатского движения, так как представляла интересы мусульманских землевладельцев и предпринимателей. В 1921 году Джинна вышел из Конгресса. Он написал Ганди, что не поддерживает его программу, поскольку она рассчитана на участие в движении народных масс, что «приведет к полной дезорганизации и хаосу, мне страшно даже представить себе, какие могут быть последствия». С этого момента Мусульманская лига все более отдаляется от Конгресса, пока не превращается в его полную противоположность. Джинна все чаще начинает говорить о несовместимости индусской и мусульманской религий, о том, что индусы и мусульмане представляют собой «две разные нации». Он не раз повторял, что отличие между индуизмом и исламом состоит не просто в теологии. Индуизм и ислам, – заявлял он, – были больше чем двумя различными религиями, скорее – это две различные цивилизации, а индусы и мусульмане – это две различные нации, которые были «несовместимо объединены» под властью одного правительства.